برای اطلاعات بیشتر:ali.ma@wecistanche.com

بحث

زیربنای مولکولی تشکیل انگرام منطقه مورد توجه زیادی بوده است. در اینجا ما از مدل موش TRAP برای روشن کردن پویایی دسترسی کروماتین، 3-معماری ژنومی D، و بیان ژن در طول عمر یک سلول انگرام استفاده می‌کنیم. اول، ما مستقیماً آن را نشان می دهیمحافظهرمزگذاری تأثیر گسترده و طولانی مدتی بر دسترسی کروماتین دارد. هنگامی که این حالت کروماتین برقرار شد، رویدادهای بعدی مانندحافظهبه نظر می رسد تثبیت و یادآوری تأثیر جزئی بر چشم انداز کروماتین دارد. این امکان وجود دارد که نقطه زمانی انتخاب شده برای یادآوری، رویدادهای کروماتین سلول های فعال شده را به طور کامل نشان ندهد و تغییرات کروماتین بعدی ممکن است باحافظهتحکیم مجدد یا انقراض 8. نکته مهم، مطابق با انتشارات قبلی 12، 13،23، داده های ما نشان می دهد کهحافظهتشکیل تا حد زیادی یک پدیده تقویت‌کننده است.

برای حافظه روی Cistanche UK کلیک کنید

دوم، مطالعه ما اولین چشم انداز جامع معماری ژنوم سه بعدی را در طول مراحل مختلف ارائه می دهدحافظهشکل‌گیری، همانطور که مکان‌یابی مجدد بخش‌های کروماتین بزرگ و تعاملات پروموتر-افزایش‌دهنده خاص پویا در این بخش‌ها را نشان دادیم که تنظیم دقیق برنامه‌های رونویسی مختلف را امکان‌پذیر می‌سازد. علاوه بر این، ما نشان می‌دهیم که پروموترهای ژن‌های کاهش‌یافته بیشتر با تقویت‌کننده‌هایی که سرکوب‌کننده‌های رونویسی را در خود جای داده‌اند تعامل دارند و بالعکس.

در نهایت، کار ما اولین شواهد را برای یک رویداد آغازگر عملکردی ارائه می‌کند، که با افزایش اولیه در دسترسی تقویت‌کننده در طول رمزگذاری، بدون تغییرات رونویسی مورد انتظار مشخص می‌شود. تجزیه و تحلیل ما نشان داد که با فعال‌سازی مجدد، نورون‌های انگرام از زیرمجموعه‌ای از برهمکنش‌های denovopromoter-nhancer استفاده می‌کنند، که در آن تقویت‌کننده‌های اولیه با پروموترهای مربوطه در تماس هستند تا ژن‌های دخیل در انتقال mRNA و ترجمه پروتئین محلی در محفظه‌های سیناپسی را تنظیم کنند. این تغییرات با تغییرات مورفولوژیکی و عملکردی مورد انتظار مطابقت داشت. در مجموع، به نظر می‌رسد که سلول‌های انگرام در سطح اپی ژنتیک مشخص شده‌اند و تعامل بین دسترسی کروماتین، معماری ژنوم سه بعدی، و تعاملات پروموتر-افزایش‌دهنده یک سیستم هماهنگ شده را توصیف می‌کند که منجر به افزایش رونویسی تاخیری در طول فعال‌سازی مجدد انگرام می‌شود.

مانند هر کار دیگری، چندین محدودیت برای مطالعه وجود داشت. استفاده از موش‌های TRAP وابسته به تاموکسیفن امکان تفکیک زمانی را فراهم می‌کند اما یک پنجره برچسب‌گذاری حدود 12 ساعت باز می‌کند که می‌تواند منجر به برچسب‌گذاری غیر اختصاصی نورون‌هایی شود که بخشی از تجربه CFC نیستند. علاوه بر این، همانطور که قبلاً پیشنهاد شد، نورون های Arc-tagged ممکن است ناهمگن باشند و شامل مجموعه های مختلفی باشند که هر دو را تنظیم می کنند.حافظهتبعیض و تعمیم. علاوه بر این، هر نقطه زمانی قبل از 1.5-2 ساعت (اوایل)، برای ثبت رویدادهای رونویسی و ترجمه ناشی از نوترکیبی DNA، یعنی بیان Cre recombinase و بیان نهایی ژن 5 eYFP کافی نخواهد بود. از این رو، ما بر این باوریم که بسیاری از خوشه‌های زودگذر اولیه از DEG از دست رفته‌اند، زیرا قبلاً نشان داده شده بود که بسیاری از IEG‌ها پس از 2 ساعت به سطح پایه بازمی‌گردند (به جز Arc46). در نهایت، اگرچه مطالعه ما بر روی هیپوکامپ متمرکز بود، شکل پذیری ساختاری و سیناپسی با ذخیره سازی طولانی مدت اطلاعات در سایر مناطق مغز، مانند قشر جلوی مغز، آمیگدال 2 مرتبط است. مطالعات آینده باید مشخص کند که آیا این تغییرات اپی ژنتیکی ممکن است نشان دهنده یک فرآیند حیاتی جهانی باشد که در تشکیل و نگهداری طولانی مدت خاطرات دخیل است یا اینکه منحصر به مدارهای هیپوکامپ است.

مواد و روش ها

موش و رفتار

همانطور که قبلاً توضیح داده شد، موش‌های ArcCreERT2(+) با لاین هموزیگوت R26R-STOP-floxed- زرد رنگ پروتئین فلورسنت (eYFP) پرورش داده شدند. 140 فرزند پسر بعدی با استفاده از پروتکل ژنوتیپ آزمایشگاهی جکسون ژنوتیپ شدند. موش‌ها چهار تا پنج در هر قفس در یک اتاق کلنی تاریک تاریک 12 ساعته (06:{9}}–18:00) در دمای ۲۲ درجه با رطوبت ۴۰ تا ۶۰ درصد قرار گرفتند. غذا و آب به طور آزاد ارائه شد. تست رفتاری در مرحله نور انجام شد. 1 ساعت قبل از آزمایش رفتاری، موش‌ها یک دوز از 4-هیدروکسی تاموکسیفن ({18}} OHT, H6278, Sigma-Aldrich) دریافت کردند که یک پنجره برچسب‌گذاری 12 ساعته را باز می‌کند. به منظور به حداقل رساندن برچسب غیراختصاصی eYFP، یک روز قبل از انجام کار رفتاری (به عنوان مثال CFC)، موش ها در یک اتاق تاریک/تاریک 24 ساعته قرار گرفتند. علاوه بر این، برای کاهش سطح اضطراب، یک لوله برای سرپناه و لانه سازی به قفس اضافه شد. روز بعد، 1 ساعت قبل از CFC به موش ها TAM تزریق شد. پس از انجام وظیفه رفتاری، موش ها پس از 1.5-2 ساعت معدوم شدند و مغزها جمع آوری شد. یا به مدت 48 ساعت بعد در تاریکخانه قرار داده شود. پس از اینکه موش ها از تاریکی خارج شدند، در همان اتاق به چرخه عادی 12 ساعت (06:{31}}–18:00) بازگردانده شدند. 3 روز بعد (در مجموع 5 روز پس از CFC)، نیمی از گروه موش‌ها کشته شدند و مغز جمع‌آوری شد، در حالی که نیمی دیگر به اتاق آزمایش بازگشتند، جایی که در معرض نشانه‌های ترس‌آور (لحن و زمینه) قرار گرفتند. . تمام کارهای موش توسط کمیته مراقبت از حیوانات بخش پزشکی مقایسه ای در موسسه فناوری ماساچوست تایید شد. سیستانچ می تواند بهبود یابدحافظه.

سیستانچ می تواند حافظه را بهبود بخشد

شرطی سازی ترس زمینه ای

دستگاه شرطی سازی ترس متنی (CFC) و برنامه اکتساب از TSE- Systems بود. موش ها به محفظه CFC وارد شدند، پس از 3 دقیقه عادت اولیه، تون 3 کیلو هرتز با شدت 8{6}} DB به مدت 30 ثانیه ارائه شد و با شوک فوت 0.7 میلی آمپر به مدت 1 ثانیه همراه شد. 70 درصد ایزوپروپانول بین آزمایش برای تمیز کردن قفس استفاده شد. 5 روز بعد موش‌ها به بافت شرطی اصلی همراه با تن وارد شدند و سطوح انجماد به مدت 3 دقیقه اندازه‌گیری شد (پارامترهای پیش‌فرض نرم‌افزار TSE که برای نظارت بر رفتارهای انجماد استفاده می‌شود)، برای ارزیابی شرایط متنی.حافظه. زمینه B یک زمینه اصلاح شده A بود. میله های فولادی ضد زنگ با یک درج پلاستیکی سفید پوشیده شده بودند، دیواره های بیرونی محفظه ها با شکل هایی از نوار چسب پوشانده شده بود تا ظاهر محفظه را تغییر دهد. اتاق با عطر وانیل بود، نور اتاق بسیار روشن‌تر بود و موش‌ها در گاری متفاوت از بافت A به دستگاه منتقل شدند.

مواد مخدر

نوترکیبی در موش‌های تراریخته ArcCreERT2 × R26R-STOP-floxed-EYFP با استفاده از 4-هیدروکسی‌تاموکسیفن (4-OHT، H6278، Sigma-Aldrich) القا شد. 4-OHT در 2.5 میلی لیتر EtOH / 100 درصد حل شد و به مدت 30 دقیقه روی شیکر تکان داده شد. سپس 5 میلی لیتر روغن ذرت اضافه شد و به مدت 1 ساعت روی شیکر تکان داد. در نهایت، لوله‌ها به مدت 30 دقیقه در دمای 60 درجه قرار داده شدند تا تبخیر کامل EtOH فراهم شود. تزریق یکباره mg/kg 50 به صورت داخل صفاقی (IP) تزریق شد.

ایمونوهیستوشیمی (IHC)

موش‌ها با 25 میلی‌لیتر سالین بافر فسفات (PBS) و سپس 4 میلی‌لیتر 4 درصد پارافورمالدئید در PBS به صورت ترانس کاردیال پرفیوژن شدند. مغزها خارج شده و در 4 درصد PFA یک شبه در دمای 4 درجه ثابت شدند و تا زمان برش به PBS منتقل شدند. مغزها با استفاده از سوپرچسب روی مرحله ویبراتوم (Leica VT1000S) سوار شدند و با ضخامت برش 40 میکرومتر برش داده شدند. برش ها با PBS شسته و با استفاده از 1 درصد آلبومین سرم گاوی (BSA) تهیه شده در PBS حاوی 0.1 درصد Triton-X100 (PBST) به مدت 2 ساعت در دمای اتاق مسدود شدند. بافر مسدود کننده به بیرون آسپیره شد و برش ها با آنتی بادی اولیه مناسب (جدول تکمیلی 11) یک شب در دمای 4 درجه روی شیکر انکوبه شدند. سپس برش ها سه بار به مدت 15 دقیقه با بافر مسدود کننده شسته شدند و سپس با آنتی بادی های ثانویه کونژوگه الکسا فلور 488، 594 یا 647 به مدت 2 ساعت در دمای اتاق انکوبه شدند. پس از سه بار شستشو هر 15 دقیقه با بافر مسدود کننده و یک شستشو نهایی با PBS به مدت 10 دقیقه، برش ها با fluromount-G (علوم میکروسکوپی الکترونی) سوار شدند. سیستانچ می تواند بهبود یابدحافظه.

هیبریداسیون درجا (RNAscope®)

نمونه‌ها بر اساس دستورالعمل‌های سازنده برای سنجش فلورسنت مولتیپلکس V2 RNAscope® (تشخیص سلولی پیشرفته، ایالات متحده)، با تغییرات اندک و با پروتکل ایمونوهیستوشیمی (IHC) تهیه شدند. ابتدا نمونه ها برای آنتی بادی های اولیه (Arc و GFP) و ثانویه (به ترتیب الکسا فلور 488 و 594) رنگ آمیزی شدند (همانطور که در پروتکل IHC در بالا توضیح داده شد). برش های مغزی روی یک لام شیشه ای تعبیه شده بود و

به مدت 30 دقیقه در RT دهیدراته شد. سپس، یک مانع در اطراف هر بخش با قلم آبگریز Immedge کشیده شد و نمونه‌ها با پراکسید هیدروژن RNAscope® به مدت 10 دقیقه در RT تیمار شدند (هیچ بازیابی هدف و تیمار پروتئاز اعمال نشد). بر اساس دستورالعمل‌های سازنده، بخش‌ها تحت هیبریداسیون پروب (RNAscope® Probe-Mm-Gria1، 26241، تشخیص سلولی پیشرفته)، تقویت، و توسعه سیگنال HRP-C1 با استفاده از کانال TSA® Plus Cyanine 5 قرار گرفتند. سیستانچ می تواند حافظه را بهبود بخشد.

تجزیه و تحلیل تصویربرداری

تصاویر با استفاده از میکروسکوپ کانفوکال LSM 710 یا LSM 880 (Zeiss) با اهداف 10×، 20×، 40× یا 63× در تنظیمات یکسان برای همه شرایط به دست آمد. تصاویر با استفاده از ImageJ 1.42q یا Imarisx64 8.1.2 (Bitplane، زوریخ، سوئیس) اندازه‌گیری شدند. برای هر شرایط آزمایشی، پنج بخش تاج از حداقل پنج حیوان برای تعیین کمیت استفاده شد. سیستانچ می تواند حافظه را بهبود بخشد.

Quantification of tagged cells—The surfaces module was utilized to detect Arc+ and eYFP+ cells. Double positive cells (co-localization of Arc+/eYFP+) were then counted using the Surface-To-Surface Xtension module. After applying the 'area' filter (>6μM) برای حذف برچسب زدن غیر اختصاصی، کمی سلول های دو مثبت در CA1، CA3 و DG انجام شد. سیستانچ می تواند حافظه را بهبود بخشد.

کمی‌سازی پروتئین‌های Eif و Gria1/mRNA - ماژول سطوح برای شناسایی و ارائه سه‌بعدی آکسون‌های نورون‌ها بر اساس سیگنال GFP استفاده شد. سپس نقاط مثبت EiF2a، Eif4E، Eif3E و Gria{5}}با استفاده از ماژول نقاط شمارش شدند. در نهایت، ماژول Spots Close - To -Surface Xtension برای یافتن زیرمجموعه نقاطی که از آستانه تعریف شده 1uM به اشیاء سطح نزدیک‌تر هستند و نقاطی که خارج از این محدوده قرار می‌گیرند را حذف کرد، اجرا شد.

مورفولوژی ستون فقرات - بر اساس طول ستون فقرات (L)، قطر سر (Dh) و قطر گردن (Dn) خارها به سه نوع طبقه‌بندی شدند. خارهای کلفت – Dn=L، خارهای نازک – L > Dn و Dh بزرگتر از یا مساوی با Dn، خارهای قارچ – Dh بزرگتر یا مساوی 2Dn، خارهای قارچ بزرگ شده – Dh بزرگتر یا مساوی 2Dn.Cistanche می تواند حافظه را بهبود بخشد.

سیستانچ می تواند حافظه را بهبود بخشد

آماده سازی بافت

بافت هیپوکامپ استخراج و فلاش فریز شد. پس از استخراج، نمونه‌ها بلافاصله در {{0}}.5 میلی‌لیتر PBS سرد یخی با مهارکننده‌های پروتئاز (Pi) همگن شدند. ). برای کاهش تأثیر مرتب‌سازی تا حد ممکن، فقط در آزمایش‌های NC-RNAseq و capture-HiC، سوسپانسیون با 1 درصد (برای NC-RNAseq/HiC) یا 2 درصد (pc-HiC) پارافورمالدئید به مدت 10 دقیقه ثابت شد و خاموش شد. با گلایسین 2.5M به مدت 5 دقیقه و دو بار با 5 میلی لیتر PBS شسته شد. این فرآیند چشم انداز رونویسی و کروماتین را حفظ می کند و سوگیری مرتب سازی را به حداقل می رساند. برای ATACseq، RNAseq و capture-HiC، سوسپانسیون در 1200 گرم، 4 درجه، به مدت 5 دقیقه سانتریفیوژ شد و گلوله در 5 میلی لیتر NF{20}} بافر هیپوتونیک (0.5 درصد Triton X{23}}) مجدداً معلق شد. 0.1M ساکارز/5mMMgCl2/1mM EDTA/10mM Tris-HCl، pH 8.0، Pi). سپس سوسپانسیون با 30 ضربه هموژنیزه شد (پست A) و حشره با 5 میلی لیتر NF{36}} بافر اضافی برای مجموع 10 میلی لیتر شستشو شد. سوسپانسیون همه در یک لوله مخروطی 15 میلی لیتری جمع آوری شد، با فیلتر مش 70 میکرومتری (08–{41}}، فالکون) فیلتر شد و به مدت 30 دقیقه روی یخ انکوبه شد. هسته های پلت شده (همه سانتریفیوژها 4 درجه، 1600 × گرم به مدت 15 دقیقه بودند) در 10 میلی لیتر PBS به اضافه 1 درصد BSA به اضافه Pi مجدداً معلق شدند و به مدت 1 ساعت روی یخ انکوبه شدند. هسته‌ها چرخانده شدند و گلوله در 1 میلی‌لیتر PBST به اضافه 1 درصد BSA به اضافه Pi معلق شد و با آنتی‌بادی‌های اولیه NeuN، Arc و GFP به مدت یک شب در 4 درجه انکوبه شد. آنتی بادی های غیر متصل دو بار با 5 میلی لیتر PBS شسته شدند و در نهایت در 1 میلی لیتر PBS به اضافه 1 درصد BSA به اضافه Pi و آنتی بادی های ثانویه به مدت 2 تا 4 ساعت در 4 درجه معلق شدند. پس از دو شستشو، هسته ها در 0.5 میلی لیتر (PBS به اضافه 1 درصد BSA به اضافه Pi) معلق شدند و با فیلتر مش 40 میکرومتری برای مرتب سازی FACS فیلتر شدند. 4'،6-Diamidine-2'-phenylindole dihydrochloride (DAPI) مستقیماً به لوله‌های FACS اضافه شد (1:5000، 10236276001، Sigma-Aldrich). سیستانچ می تواند بهبود یابدحافظه.

فلوسیتومتری

برای فلوسایتومتری، هسته‌ها ابتدا با استفاده از پارامترهای ناحیه پالس پراکنده‌های جلویی و جانبی (FSC-A و SSC-A) به استثنای دبری‌ها، و به دنبال آن حذف سنگدانه‌ها با استفاده از عرض پالس (FSC-W و SSC-W) قرار گرفتند. سپس از رنگ‌آمیزی کنترل ایزوتیپ برای تنظیم گیت‌های NEUN plus، ARC plus و GFP plus استفاده شد. برای تأمین یک جمعیت عصبی همگن، جمعیت NeuN plus قبل از دریچه‌سازی جمعیت‌ها بر اساس ARC plus و GFP به علاوه فلورسانس دربندی شد. ما چهار جمعیت مختلف را از سه نقطه زمانی مختلف مرتب کردیم. تقریباً 1.5-2 ساعت پس از قرار گرفتن در معرض FS i) NeuN plus /GFP plus ii) NeuN plus /GFP-. پس از پنج روز، در غیاب بازیابی، iii) NeuN plus /GFP plus را جمع آوری کردیم. در یک گروه متفاوت، موش ها دوباره در معرض محرک شرطی قرار گرفتند. 1.5 تا 2 ساعت پس از قرار گرفتن در معرض مجدد، iv) NeuN plus /ARC plus /GFP plus را جمع آوری کردیم. تمام هسته ها در لوله های 1.5 میلی لیتری اپندورف حاوی. 500 ul PBS به اضافه 1 درصد BSA به علاوه Pi برای ATCAseq، 200 ul بافر هضم (RecoverAll™ Total Nucleic Acid Isolation Kit for FFPE, Cat. AM1975, Invitrogen) برای RNAseq، 500 ul یخ سرد بافر (10 میلی‌مولار Tris pH=8، 10 میلی‌مولار NaCl، 0.2 درصد Igepal CA{26}}، آب درجه Pi و PCR) برای Hi-C/capture-HiC. تجزیه و تحلیل داده ها با Flowjo (v10) انجام شد.

ChiP-qPCR

بلافاصله پس از مرتب سازی زیر، 10،000 سلول در دمای 4 درجه، 1600 × گرم به مدت 15 دقیقه پلت شدند و در بافر لیز SDS معلق شدند. تراشه بر اساس دستورالعمل های سازنده برای کیت ChiP-IT High Sensitivity® (HS) (کاتالوگ شماره 53040، Active Motif، ایالات متحده) با استفاده از آنتی H3K4me1 (Abcam، ab8895، 1:100) و ضد H3K27ac (Abcam، ab4729، 1:100) آنتی بادی ها. سنجش تراشه در یک واحد PCR بیدرنگ اتصال Bio-Rad CFX96 با استفاده از مخلوط معرف qPCR SsoFast™ EvaGreen® انجام شد (Bio-Rad، 172-5202). نمونه ها در سه تکرار مورد سنجش قرار گرفتند و نتایج به ورودی نرمال شدند. توالی جفت پرایمر برای سنجش ChIP-qPCR در جدول تکمیلی 12 فهرست شده است.

سیستانچ می تواند حافظه را بهبود بخشد

ATAC-seq

آماده سازی کتابخانه ها-کتابخانه های seq ATAC همانطور که قبلا در 49 توضیح داده شد با تغییرات جزئی تهیه شدند. 10،000 سلول از هر گروه، از 8 تا 10 موش مختلف کشیده شد و به عنوان N=1 در نظر گرفته شد. برای تهیه کتابخانه از 3-4 تکرار بیولوژیکی (N{8}}-4) استفاده شد. بلافاصله پس از مرتب سازی زیر، سلول ها چرخانده شدند (4 درجه، 1600 × گرم به مدت 15 دقیقه) و مجدداً در 50 لیتر بافر لیز سرد تازه (0.15 درصد NP{17}} به جای Igpal) معلق شدند و به مدت 10 دقیقه روی یخ تکان دادند. . سپس، واکنش قطعه‌بندی (Nextera نمونه آماده‌سازی نمونه DNA 24 واکنش، FC{20}}–1030، Illumina) در حجم 25 ul (12.5 ul TD، 1.25 ul TDE1، 11.25 ul آب بدون نوکلئاز) برای 30 میکرولیتر انجام شد. دقیقه در 37 درجه سانتیگراد با تکان دادن ملایم. قطعات DNA افزوده شده با استفاده از واکنش PCR تکثیر و بارکد شد (1 چرخه؛ 5 دقیقه - 72c، 30 ثانیه - 98c، 10 چرخه؛ 15 ثانیه - 98c، 30 ثانیه - 60c، 3 دقیقه - 72c). با پیروی از پروتکل سازنده، DNA تقویت شده با استفاده از دانه های 1.8x AMPure (دانه های AmpureXP، Beckman Coulter، A63880) تمیز و خالص سازی شد. پس از QC زیست آنالایزر برای اندازه و توزیع کتابخانه، کتابخانه ها بر روی پلت فرم Illumina Nextseq 550 در مرکز MIT BioMicro توالی یابی شدند. سیستانچ می تواند حافظه را بهبود بخشد.

تجزیه و تحلیل ATAC-seq—داده‌های سریع سریع 40-خواندن توالی‌های جفت پایان جفت با ژنوم مرجع mm9 موش با استفاده از Bowtie 20 در حالت جفت پایان0 تراز شد. مجموعه Samtools51 برای مرتب‌سازی، حذف نسخه‌های تکراری PCR (قرمز بالا)، فهرست‌بندی فایل‌های BAM (شاخص) و محاسبه آمار کتابخانه‌ای (فلگستات، جدول تکمیلی 13 را ببینید) استفاده شد. فایل‌های BAM از خوانش‌های مناسب، جفت‌شده و منحصربه‌فرد به 50M نمونه‌برداری شدند. پیک‌های کروماتین باز با استفاده از نرم‌افزار MACS252 تجزیه و تحلیل شدند. مناطق با دسترسی متفاوت (DARs) توسط Diffbind v1.16.353 با پارامترها و تنظیمات پیش‌فرض برای استفاده از DESeq2 شناسایی شدند (قطع؛ FDR <0.01؛ تغییرات="" تاشو=""> 1.5). ماتریس کامل شمارش نرمال شده (RPKM54) توسط بسته DiffBind بازیابی شد. برای نسلی از آهنگ‌های بیگ‌ویگ، فایل‌های سیگنال انباشته (تجمع قطعه در هر میلیون خواندن) در قالب بیوگرافی با استفاده از تابع پیک فراخوانی MACS2 با پرچم‌های -B-SPMR ساخته شدند. سپس با استفاده از تابع bdgcmp از MACS2 با تنظیم - m FE، غنی‌سازی عادی شده برابر (FE) روی مسیرهای لامبدا ورودی ایجاد شد. سپس فایل‌های bedGraph به فرمت bigwig تبدیل شدند. Cistanche می‌تواند حافظه را بهبود بخشد

ابزارهای IGV55 برای تجسم فایل‌های bigwig استفاده شد. ChromHMM56 برای ایجاد یک مدل حالت کروماتین از دو مطالعه مستقل که از بافت هیپوکامپ حجیم قبل و بعد از شوک پا استفاده می‌کردند، استفاده شد. تجزیه و تحلیل غنی سازی موتیف 57،58 و حاشیه نویسی قله ها توسط ابزار HOMER59 انجام شد. تمامی کدها در یک فایل نرم افزار تکمیلی موجود است