نقشی برای BATF3 در تمایز Tu9 و آسیب شناسی های L MucOsal مبتنی بر سلول T (قسمت 2)

برای کسب اطلاعات بیشتر لطفا تماس بگیریدdavid.wan@wecistanche.com

بحث

سلول های T#9 برای ایجاد بیماری های التهابی و آلرژیک مهم هستند. با این حال، برنامه رونویسی و محرک‌های التهابی که باعث تمایز سلول‌های TH9 می‌شوند به طور کامل شناخته نشده‌اند. در این مطالعه، ما سیتوکین TL1A پیش التهابی را به عنوان یک القاکننده قوی تمایز T{4}} موش و انسان شناسایی کردیم و BATF3 را به عنوان یک فاکتور رونویسی مهم در تمایز سلول‌های TH9 شناسایی کردیم. شبکه رونویسی که توسط TL1A القا شد شامل فاکتورهای رونویسی BATF و BATF3 و چندین ژن تنظیم شده با BATF بود (شکل تکمیلی 7). در داخل بدن، در آزمایش‌های انتقال پذیرنده،سلول های Tμ9-TL1Aبسیار پیش التهابی بودند که منجر به التهاب روده و ریه شد. تمایل پیش التهابی سلول های T-9-TL1A وابسته به تولید IL-9 بود. انتقال سلول های Batf3-/T و 9-TL1A منجر به کاهش التهاب مخاطی و بیان سیتوکین در داخل بدن شد.

اگرچه سلول‌های Tμ9 به‌عنوان یک زیرمجموعه کمک‌کننده T مشخص شناسایی شده‌اند، یک فاکتور رونویسی که به‌عنوان تنظیم‌کننده اصلی عمل می‌کند یا صرفاً فنوتیپ TH9 را شناسایی می‌کند، شناسایی نشده است. در عوض، چندین فاکتور رونویسی به طور هماهنگ برای تنظیم تمایز سلول‌های T{3}} عمل می‌کنند. نشان داده شده است که BATF از نظر عملکردی با IRF4 همکاری می‌کند و به عناصر ترکیبی در نواحی پروموتور ژن‌های پاسخ‌دهنده متصل می‌شود. BATF همراه با IRF4 اخیراً به عنوان "عوامل پیشگام" در تمایز سلول های Tp17 با کمک به دسترسی اولیه کروماتین و تسهیل دسترسی سایر فاکتورهای رونویسی پیشنهاد شده است. مشاهده کردیم که TL1A تأثیر مستقیمی بر بیان BATF دارد و با TGF هم افزایی می کند } و IL{10}} برای القای حداکثر بیان BATF به ویژه در اوایل تمایز TH9. در حمایت از این مفهوم، تحریک با TL1A به تنهایی منجر به اتصال BATF به پروموتر II9 می شود در حالی که هیچ تأثیر مستقیمی بر اتصال سایر فاکتورهای رونویسی (IRF4 و BATF3) ندارد. با این حال،TH9-TL1Aشرایط به طور هم افزایی اتصال BATF3 و IRF4 و همچنین استیلاسیون هیستون H3 را افزایش می دهد، یک اصلاح کروماتین مجاز که با فعالیت پروموتر ll9 مرتبط است.14 مطابق با داده های منتشر شده قبلی، BATF برای بیان IL مورد نیاز است و IL-10 تحت شرایط T,9. 15 TL1A حداقل تا حدی قادر به غلبه بر نیاز برای BATF در القای IL-9 و IL-13 است که به احتمال زیاد از طریق افزایش رونویسی دیگر عواملی که ممکن است بتواند ضرر BATF را جبران کند. یکی از کاندیدهای جبران عملکردی BATF3 است که به صورت رونویسی توسط TL1A القا می شود. پیشنهاد شده است که BATF و BATF3 از نظر عملکردی برای توسعه Tu17 و Tp2 قابل تعویض هستند و بیان بیش از حد BATF3 در سلول‌های BATF-'- T می‌تواند تولید IL{20}} را در سلول‌های TH17 و IL{22}} و IL{{{ 23}} تولید در سلول های T#2.18323738 با این حال، نقش BATF3 در توسعه سلول های Tu تحت شرایط فیزیولوژیکی و تعامل بالقوه بین BATF و BATF3 در طول تمایز TH9 تعریف نشده است. ما در اینجا نشان می دهیم که TL1A اتصال BATF3 به پروموتر ll9 را تسهیل می کند. به عنوان یک نتیجه عملکردی، BATF3 به تولید IL-9 تحت شرایط T{34}}، به ویژه در زمینه تحریک TL1A کمک می‌کند. با کمال تعجب، BATF3 برای تمایز اولیه سلول‌های Tu9 ضروری است، اما ممکن است برای تثبیت یا حفظ فنوتیپ TA9 و ترشح IL{39}} در مقاطع زمانی بعدی لازم باشد. یافته‌های ما در مورد نقش BATF3 در تمایز TH9 در تضاد با گزارش‌های قبلی مبنی بر غیرقابل استفاده بودن BATF3 برای تمایز Tu1، TA2 و Tu17 است. نه به سایر سیتوکین های TH9 مانند IL{51}} و IL-13، که نشان می دهد BATF3 به طور خاص به پروموتر ll9 متصل می شود و ترشح IL{55}} را القا می کند. مطالعات بیشتری برای تعیین ژن های هدف BATF3 اضافی در طول تمایز TH9 و نقش آن در سایر زیر مجموعه های Tu مورد نیاز است.

برای اطلاعات بیشتر در مورد Cistanche اینجا را کلیک کنید

شکل 7 کمبود Batf3 منجر به کاهش التهاب مخاطی می شود که توسط سلول های TH9-TL1A هدایت می شود. سلول‌های ساده WTor Batf{4}} به سلول‌های T_9-TL1A تمایز داده شدند و به موش‌های Rag1-7 تزریق شدند. رنگ آمیزی H&E از ریه ها (پانل های بالایی) و روده های بزرگ (پانل های پایینی). نوار مقیاس: 200 میلی متر. b امتیازات بافت‌شناسی برای ریه‌ها.c تعداد کل سلول‌ها (چپ، وسط)، فرکانس سلول‌های CD4* T (راست). }، IL-13، و IL-17 از طحال، MLN، و ریه ها پس از تحریک مجدد خارج از بدن با PMA به علاوه لونومایسین. داده ها نشان دهنده میانگین±SD.n=5/گروه است. یک آزمایش نماینده از سه آزمایش مستقل نشان داده شده است.*ص<0.05,><0.01 as="" determined="" by="" student's="">

اگرچه سایر سیتوکین ها یا واسطه های پیش التهابی مانند IL{1}}، OX40 و TSLP برای تقویت توصیف شده اند.تمایز TH9به نظر می‌رسد که TL1A در تنظیم مثبت BATF منحصربه‌فرد است، بنابراین کروماتین را برای به‌کارگیری سایر فاکتورهای رونویسی از جمله BATF3.353940 باز می‌کند. علاوه بر این، داده‌های توالی‌یابی RNA ما نشان می‌دهد که BATF3 فعالیت فاکتورهای رونویسی، تکثیر سلولی و انتقال سیگنال درون سلولی را تنظیم می‌کند که نقش مهمی BATF3 را در طول تمایز T#9 نشان می‌دهد. سلول‌های Batf{10}}'- TA9-TL1A در داخل بدن منجر به کاهش التهاب مخاطی و بیان سیتوکین شدند. ما مهاجرت مختلی سلول‌های Batf3-'- TH{9-TL1A به روده را مشاهده نکردیم، که برخلاف سلول‌های BATF-'- CD4 به علاوه T است که نمی‌توانند نشانگرهای مهاجرت روده را تنظیم کنند و این کار را انجام نمی‌دهند. روده ها را پر کنید. 4' داده های ما از نقش BATF3 در عملکرد پاتوفیزیولوژیک سلول های TA9-TL1A پشتیبانی می کند.

سلول‌های IL{0}} و TA9 اخیراً با پاتوژنز IBD مرتبط شده‌اند. 5}} با بیماری شدید در بیماران مبتلا به CD همبستگی دارد.-10در یک مدل تجربی از بیماری شبه UC ناشی از هاپتن، IL-9-و PU.{10}}موش‌های دارای کمبود از روده محافظت می‌شوند. التهاب و آنتی بادی‌های ضد IL{12}} در یک مدل پیشگیری مزمن محافظ هستند. درجه با این حال، ما هیچ اثر TL1A بر بیان PU.1 تحت شرایط T9 مشاهده نکردیم. ما نشان داده‌ایم که تحریک TL1A منجر به تنظیم مثبت BATF و BATF3 می‌شود اما نه PU.1. اگرچه PU.1 به عنوان تنظیم‌کننده اصلی تمایز TH9 توصیف شده است، اما فقط برای بیان زیرمجموعه‌ای از ژن‌های TH9 و موش‌ها لازم است. نشان می دهد اتصال PU.1 در استقلال کامل BATF PU.1 و BATF تغییر نکرده است. 75

ما نشان می‌دهیم که سلول‌های T،9-TL1A در داخل بدن بسیار بیماری‌زا هستند و التهاب روده و ریه را القا می‌کنند. التهاب روده درTH9-TL1Aگیرندگان عمدتا به روده کوچک محدود شده بودند. علاوه بر این، ما افزایش تعداد سلول‌های CCR6* و CD103 را در گیرندگان TH9-TL1A در داخل بدن مشاهده کردیم. این داده ها به طور مداوم نشان می دهند که گیرنده کموکاین CCR6 و اینتگرین CD103 بر روی سلول های TH9 بیان می شوند و مهاجرت به محل های التهابی و سطوح مخاطی را تسهیل می کنند. مطابق با مشاهدات ما در مورد التهاب عمدتاً روده کوچک، زیرا ثابت شده است که محور CCR6/CCL20 مهاجرت سلول‌های T،17 به روده کوچک را تسهیل می‌کند و قابل قبول است که مکانیسم‌های مشابهی برای سلول‌های Tμ9 اعمال شود. یافته‌های ما نیز مطابقت دارند. با یافته های اخیر افزایش سطح سرمی IL{17}} در بیماران CD، به ویژه با بیماری های شدید.

TL1A تمایز T، 1، TH2 و TA17 را افزایش می دهد و اگرچه ما هیچ نشانه ای از تغییر کلی از سلول های T9 به سایر زیر مجموعه های TH را در شرایط آزمایشگاهی مشاهده نکردیم، می تواند نشان دهد که سلول های TH9 تمایز یافته با TL1A ممکن است در داخل بدن ناپایدار باشند و "ترانس" -متمایز" به زیر مجموعه های دیگر. پتانسیل تمایز ترانس سلول های TH9 بحث برانگیز بوده است و ممکن است به زمینه، مدل بیماری و وضعیت ایمنی میزبان بستگی داشته باشد. در EAE، تمایز ترانس TH9 به سلول‌های تولیدکننده IFN-Y رخ می‌دهد، با این حال، به نظر می‌رسد فنوتیپ T,9 در مدل‌های سرطانی پایدار است.339 با کمال تعجب، سلول‌های T{16}}TL1A در داخل بدن به تولید IL ادامه دادند. {18}} و سایتوکاین‌های پایین‌دست مانند IL-17 و IL-13 و متمایز نشدند. این مفهوم همچنین توسط داده‌های ما پشتیبانی می‌شود که نشان می‌دهد درمان anti-lL-9 به تنهایی برای مسدود کردن اثرات بیماری‌زایی سلول‌های T9-TL1A کافی است. درمان آنتی بادی ضد لیل به تنهایی تولید IL-13 را کاهش داد و التهاب روده و ریه را به سطح TH9 کاهش داد. ایجاد التهاب آلرژیک ریه نیازمند ترکیب سلول های TH2 و TH9 است. با این حال، به نظر می‌رسد مدل التهاب ریه مزمن و غیرآلرژیک ما عمدتاً توسط سلول‌های T.9 تولیدکننده IL هدایت می‌شود، اگرچه ما نمی‌توانیم نقش سلول‌های غیر T تولیدکننده IL را در پاتوژنز در ما رد کنیم. مدل.

به طور خلاصه، TL1A یک القا کننده قوی تمایز T9 موش و انسان است و ما مسیرهای سیگنال دهی درگیر را روشن کردیم. با توجه به ویژگی‌های پیش‌التهابی سلول TH9-TL1A در داخل بدن، هدف قرار دادن محور TL1A-BATF3-IL-9 ممکن است یک رویکرد درمانی امیدوارکننده در آسیب‌شناسی ناشی از T19- باشد. مانند IBD یا بیماری آلرژیک ریه.

مواد و روش ها

موش‌ها 6-/-(B6.129S2(C)-Stat6"miGr"/J), p{20}}/-B6.Cg-Tg(TcraTcrb)425Cbn/ (OT-I),Batrf/( موش‌های B6.129s-Batm1.1km/)، و Bat3-/(B6.129 S(C)-Batf3m1km"/) از آزمایشگاه جکسون خریداری شدند. دکتر{37}}/- n موش در جای دیگری توضیح داده شده است. 4 موش تحت شرایط SPF نگهداری شدند. تمام مطالعات حیوانی توسط کمیته مراقبت و استفاده از حیوانات مرکز پزشکی Cedars-Sinai تایید شد. جداسازی و تمایز سلول‌های T سلول‌های T ساده (CD62LhichcD44'o"CD25~؛ کلون‌های MEL-14، IM7، PC61.5؛ eBioscience) با استفاده از EasySeptM Mouse CD4 به علاوه کیت جداسازی (سلول‌های بنیادی) از طحال و MLN جدا شدند. فناوری‌هایی که با مرتب‌سازی سلولی دنبال می‌شوند (MoFlo، Beckman Coulter). سلول‌ها در محیط RPMI{50}} (10 درصد FBS) با anti-CD3s (145-2C11;BD Biosciences)، anti-CD28 (37.51) کشت شدند. ؛ eBioscience) (شرایط TH0) و TL1A موش (100 ng/ml; R&D Systems) under T{63}} شرایط (Human TGF{- 1 [3 ng/ml], Biolegend, IL{66} } [20ng/ml، PeproTech).پس از 2 روز، IL{69}}(20U/ml) اضافه شد.برای ارزیابی تکثیر سلولی، سلول های مرتب شده با کربوکسی فلورسئین سوکسینیمیدیل استر (CFSE؛ Invitrogen) نشاندار شدند، که به مدت 5 تمایز یافتند. روز، و رقت CFSE با فلوسایتومتری ارزیابی شد. برای ارزیابی تمایز T,9 اختصاصی آنتی ژن، سلول‌های CD4 به علاوه T ساده از موش‌های OT-Il به مدت 3 روز با 1 ug/ml OVA؛{78}} پپتید تحریک شدند. حضور APCهای سیژنیک (نسبت 1:3) APCها بودند E با تخلیه سلول های CD90.2T از سلول های طحال (Stem Cell Technologies) و به دنبال درمان با میتومایسین C تهیه شد. جداسازی سلول های CD4 به علاوه T انسانی و تمایز خون از داوطلبان سالم پس از رضایت آگاهانه مطابق با رویه های ایجاد شده توسط هیئت بررسی نهادی Cedars-Sinai (IRB # 3358, 2673) گرفته شد. سلول‌های CD4 پلاس T ساده (CD4 به علاوه CD{89}}CD45RA به علاوه CD45RO7) با استفاده از کیت غنی‌سازی سلول‌های CD4 T انسانی EasySepl (فناوری سلول‌های بنیادی) و سپس مرتب‌سازی سلولی از PBMC جدا شدند. سلول ها با anti-CD3 (5 ug/ml) و anti-CD28 (2 ug/ml) با TL1A انسانی (100ng/ml؛ فیتزجرالد) تحت شرایط TH9 (TGF انسانی [5ng/ml) کشت شدند. ، IL انسان [10 ng/ml]). ELISA غلظت سیتوکین در سوپرناتانت های کشت توسط ELISA برای IL{107}}، IL{108}} و IL{109}}(eBioscience) موش یا انسان مورد سنجش قرار گرفت. رنگ‌آمیزی داخل سلولی سلول‌ها با 50 نانوگرم در میلی‌لیتر PMA (فوربول {12-میریستات13- استات)، 500ng/ml یونومایسین، و موننسین (eBioscience) به مدت 4 ساعت مجدداً تحریک شدند، با ضد CD4 (RM{{{{{ 117}},eBioscience),fixed and permeabilized using the FoxP3 staining buffer set (eBioscience), and stained with antibody against IL IL{119}} (RM9A4, BioLegend),IL{122}}(JES{123} }E3),IL{125}}(13A),IL{127}}A (eBio17B7), IL{130}}}F (eBio18F10),IFN-y(XMG1.2),IL{136} } (BVD6-24G2)، IL-22 (1H8PWSR)، Ki67(SolA15)، BATF(MBM7C7)، IRF4 (3E4)، IL انسان-9(MH9A4، همه eBioscience)، و BATF3 (841792، R&D Systems). نمونه ها با استفاده از فلوسیتومتر CyAnADP (Dako Cytomation) و نرم افزار FlowJo (TreeStar Inc.) آنالیز شدند.

RT-PCR کمی

RNA کل با استفاده از کیت‌های RNeasy جداسازی شد و با کیت Omniscript RT (هر دو Qiagen) به cDNA رونویسی شد. qPCR با استفاده از سیستم Mastercycler" ep realplex² (Eppendorf) انجام شد. برای Actb، I9، I10، 13، و BATF （IDT） (جدول تکمیلی 7) استفاده شد. بیان mRNA ژن های هدف به بیان Actb نرمال شد. بیان ژن نسبی با استفاده از روش محاسبه شد.

2-ایمونوفیلاسیون کروماتین AACt

Chloe با استفاده از کیت ایمونوپسیت کروماتین EZ ChIP (Millipore) و سپس آنالیز qPCR انجام شد. در مجموع، سلول‌های 1×10 درجه با استفاده از 2 میکروگرم آنتی‌بادی‌های درجه ChIP تحریک، تثبیت، فراصوت و رسوب ایمنی شدند: anti-BATF(sc-100974)، anti-BATF3 (sc-162246)، موش نرمال. lgG(sc-2025)، anti-IRF4(sc-6059)، بز معمولی lgG(sc-2028) (همه بیوتکنولوژی سانتا کروز)، ضد استیل هیستون H3 ({{17) }}) و lgG خرگوش معمولی (Milli-pore). DNA رسوب‌شده با اتصال متقابل معکوس، با استفاده از ستون‌های اسپین خالص شد و با qPCR (توالی‌های آغازگر: جدول تکمیلی 7) آنالیز شد. برای تعیین کمیت DNA رسوب‌شده، یک منحنی استاندارد از رقت‌های سریالی DNA ورودی ایجاد کردیم. داده ها به عنوان درصد DNA ورودی بر اساس نرمال سازی در برابر مقدار DNA ورودی ارائه می شوند.

توالی یابی RNA (شماره دسترسی GEO: GSE60362 و GSE106926)

RNA-Seg ورودی کم (TH9 در مقابل TH9-TL1A): کیت RNA فوق العاده کم ورودی Clontech's SMARTer برای Sequencing v3 برای تولید کتابخانه های cDNA دو رشته ای از 1.5 تا 2.5 نانوگرم از RNA کل از هر نمونه استفاده شد. طبق توصیه‌های سازنده، کتابخانه‌های cDNA دو رشته‌ای به‌صورت جداگانه تکه تکه شده و با آداپتورهای بارکد lon Torrent lon Xpress با استفاده از کیت کتابخانه قطعه قطعه پلاس lon Xpress با تغییرات محدود شامل کتابخانه‌های نهایی انتخاب‌شده با اندازه با پاک‌سازی دو مهره و حجم V متصل شدند. کتابخانه های RNA-Seq از نظر غلظت و طول با استفاده از کیت سنجش QubitdsDNA HS Invitrogen و Agilent مورد ارزیابی قرار گرفتند.کیت DNA با حساسیت بالا, respectively. Samples were multiplexed to obtain >هر کدام 10 میلیون مطالعه برای توالی. کتابخانه های ادغام شده بر روی lon Sphere تقویت شدند و با استفاده از lon PIM Sequencing 200 Kit v2, lon Torrent توالی یابی شدند.

mRNA-Seg (WT vs.Baft3-7T,9-TL1A): Illumina TruSeq Stranded mRNA library preparation kit was employed for RNA-Seq. Of total RNA, 1 ug per sample was used for poly-A mRNA selection using streptavidin-coated magnetic beads. cDNA was synthesized from enriched and fragmented RNA using reverse transcriptase (Super-Script ll, Invitrogen) and random primers. The cDNA was converted into double-stranded DNA, and enriched with PCR for library preparation. The PCR-amplified library was purified using Agencourt AMPure XP beads(Beckman Coulter). The concentration of the amplified library was measured with a NanoDrop spectrophotometer and on an Agilent 2100 Bioanalyzer. Samples were multiplexed to obtain >20 میلیون مطالعه/نمونه و توالی یابی بر روی پلت فرم NextSeq 500 (Illumina) با استفاده از توالی یابی تک پایانی 75-bp.

تحلیل داده ها. خوانده‌های خام توسط جعبه ابزار FASTX (http://hannonlab.cshl.edu/fastx{{0}}toolkit/) فیلتر و برش داده شدند و با استفاده از Tophat نسخه 2 تراز شدند.0.8 با UCSC GRCm38/mm1{11}} شرح ژنوم مرجع موش (http://genome.ucsc.edu). تعداد خوانده شده ژن با استفاده از HTSeq (v0.5.4) تولید شد و سپس با میانگین بریده شده روش نرمال سازی M-values ​​با edgeR (v3.0.8) در Bioconductor در R(v2.15)، که از میانگین وزنی بریده شده استفاده می کند، نرمال شد. نسبت های بیان گزارش برای همه آنالیزها، فقط سیگنال‌های کیفیت (آستانه: ده شمارش در میلیون در حداقل دو نمونه از چهار نمونه) استفاده شد. یک تجزیه و تحلیل بدون نظارت با استفاده از 100 ژن برتر رتبه بندی شده توسط محدوده بین چارکی انجام شد و سپس خوشه بندی سلسله مراتبی با استفاده از (v2.11) با استفاده از همبستگی دو طرفه پیرسون برای تجسم الگوهای بیان ژن فراگیر بی طرفانه ایجاد شد. تجزیه و تحلیل نظارت شده با استفاده از آزمون دقیق فیشر اصلاح شده در edgeR و برش نرخ کشف نادرست 10 درصد با استفاده از روش بنجامینی و هوچبرگ برای تعیین عبارات دیفرانسیل بین TH9 و T استفاده شد.{21}}TL1A یا WT و Batf{23} }T،{24}}TL1A. تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مسیر با استفاده از DAVID6.7 (http://david.abcc.ncifcrf.gov/) با آستانه شمارش =5 و آستانه امتیاز سهولت{30}}.05 انجام شد.

مدل انتقال سلول T

سلول های T CD4 به علاوه CD62LighcD44"cD25- از موش های CD45.1 به مدت 3 روز به سلول های T9 یا T،{7}}TL1A تمایز داده شدند. سلول‌های TH9 یا TH{15}}TL1A 0.5×10 درجه تزریق شد. موش‌ها به مدت 6-8 هفته وزن شدند. برای آزمایش‌های خنثی‌سازی، موش‌ها با کنترل ضد IL-9 یا lgG2b به صورت IP تزریق شدند. آنتی بادی (هر دو ug/دوز 50؛ سیستم های تحقیق و توسعه) سه بار در هفته به مدت 4 هفته و دو بار در هفته برای زمان باقیمانده از روز انتقال سلول T. بافت ها با فرمالین تثبیت شدند، با پارافین جاسازی شدند و با H&E رنگ آمیزی شدند. التهاب توسط یک سیستم امتیازدهی نیمه کمی توسط یک پاتولوژیست آموزش دیده که نسبت به شرایط تجربی کور شده بود، نمره گذاری شد. همانطور که قبلاً توضیح داده شد، 45،46 LPMC از روده بزرگ جدا شد. 7 بافت ریه به مدت 45 دقیقه در دمای 37 درجه سانتیگراد هضم شد. 10 میلی‌لیتر HBSS حاوی 15 میکروگرم در میلی‌لیتر لیبراز» (روش) و 25 میکروگرم در میلی‌لیتر DNase I (سیگما) و فیلتر کردن از طریق یک صافی سلولی 40- میکرومتر و سپس لیز گلبول‌های قرمز. سوسپانسیون های تک سلولی با anti-CD4، anti-CD45.1(A20)، anti-CCR6 (29-2L17) و anti-CD103(2E7، all eBioscience) و anti-Ki رنگ آمیزی شدند. }}(SolA15، BD PharMingen) آنتی بادی برای فلوسیتومتری یا با آنتی بادی های ضد CD3c/anti-CD28 به مدت 3 روز تحریک شده است. سطح سیتوکین در مایع رویی با روش الایزا اندازه گیری شد.

آمار

اهمیت آماری با استفاده از نرم افزار SPSS (IBM SPSS Statistics 20, IBM Machines Corp., Armonk, NY, USA) محاسبه شد. داده‌ها با استفاده از آنالیز واریانس یک‌طرفه (ANOVA) و به‌دنبال آن آزمون t-test دانشجوی دو طرفه بدون جفت، یا آزمون U Mann-Whitney مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. تفاوت ها در p. معنی دار در نظر گرفته شد<>

سپاسگزاریها

این کار توسط NIH (DK056328 به SRT) و بنیاد F. Widjaja (SRT و KSM) پشتیبانی شد. Anita Vibsig Neutzsky-Wulff بورسیه های فوق دکترا را از بنیاد Carlsberg (دانمارک) و بنیاد Lundbeck (دانمارک) دریافت کرد. جردن نانلی جایزه پژوهشی دانشجویی را از بنیاد کرون و کولیت آمریکا دریافت کرد. Biobank Cedars-Sinai MIRIAD IBD توسط بنیاد F. Widjaja Inflammatory Bowel and Immunobiology Research، NIH/NIDDK P01 DK046763، U01 DK062413، و Leona M and Harry B Helmsley Charitable حمایت می شود.

مشارکت های نویسنده

MT، HH، LT، MW، BS، MW، BS، MW، JN، JS، AN-W، RB، YW، JT، VF، و KM. آزمایش‌ها را انجام دادند و داده‌ها را تجزیه و تحلیل کردند و نسخه‌ی خطی را به طور انتقادی بازبینی کردند. AP، J. T و YW تجزیه و تحلیل داده های RNA-Seq را انجام دادند. MT، ST، و KM آزمایش ها را طراحی کردند. MT و KM نسخه خطی را نوشتند.

اطلاعات اضافی

نسخه آنلاین این مقاله (https://doi.org/10.1038/s41385-018-0122-4) حاوی مطالب تکمیلی است که در دسترس کاربران مجاز است.

منافع رقابتی: نویسندگان هیچ گونه علایق رقیب را اعلام نمی کنند.

یادداشت ناشر: Springer Nature با توجه به ادعاهای قضایی در نقشه های منتشر شده و وابستگی های سازمانی بی طرف باقی می ماند.

منابع

1. داردالون، وی و همکاران. IL{1}} سلول های Foxp3 پلاس T ناشی از TGF-بتا را مهار می کند و با هم

با TGF-beta، IL-9 بعلاوه IL-10 به علاوه سلول های T موثر Foxp3(-) تولید می کند. نات ایمونول. 9، 1347-1355(2008).

2. Veldhoen، M. et al. تبدیل فاکتور رشد-بتا، تفاوت را "بازبرنامه ریزی" می کند.

شروع سلول های T helper 2 و ترویج یک زیرمجموعه تولید کننده اینترلوکین. نات Immunol.9، {3}} (2008).

3. Jager، A، Dardalhon، V، Sobel، RA، Bettelli، E.&Kuchroo، VK Th1، Th17، و Th9

سلول‌های مؤثر آنسفالومیلیت خودایمنی تجربی را با فنوتیپ‌های پاتولوژیک مختلف القا می‌کنند.J.Immunol.183،{1}}(2009).

4. Licona-Limon، P. et al. سلول های Th9 ایمنی میزبان را در برابر دستگاه گوارش ایجاد می کنند

عفونت کرم مصونیت 39،{1}}(2013).

5. Purwar, R. et al. ایمنی تومور قوی در برابر ملانوم با واسطه اینترلوکین{1}}

تولید سلول های T نات پزشکی 18، 1248-1253 (2012).

6. Gerlach، K. et al. سلول‌های TH9 که فاکتور رونویسی PU.1 را بیان می‌کنند، سلول‌های T را هدایت می‌کنند.

کولیت واسطه ای از طریق گیرنده IL{0}} که در سلول های اپیتلیال روده سیگنال می دهد. Nat Immunol.15،{2}}(2014).

7. Nalleweg, N. et al. IL-9 و گیرنده آن عمدتاً درگیر هستند

پاتوژنز UC Gut.64،{1}} (2015).

8. فنگ، تی و همکاران. سطوح سرمی اینترلوکین 9 شدت بیماری و بالینی را پیش بینی می کند

اثربخشی اینفلیکسیماب در بیماران مبتلا به بیماری کرون التهاب روده دیس. 23، 1817-1824(2017).

9. Matusiewicz، M.، Neubauer، K، Bednarz-Misa، I، Gorska، S.&Krzystek-Korpacka، M.

اینترلوکین سیستمیک-9 در بیماری التهابی روده: ارتباط با بهبود مخاطی در کولیت اولسراتیو. World J. Gastroenterol. 23، 4039-4046(2017).

10. متهم، سی و همکاران. اهمیت سطح سرمی II-9 در روده التهابی

مرض. بین المللی J. ایمونوپاتول. داروسازی 28، 569-575 (2015).

11. جاش، ا و همکاران. فاکتور هسته‌ای سلول‌های T فعال 1 (NFAT1) القا شده مجاز است

اصلاح کروماتین، فعال سازی اینترلوکین با واسطه فاکتور هسته ای کاپاB (NF-kappaB) را تسهیل می کند. جی. بیول. شیمی. 287، 15445-15457(2012). 12. Staudt, V.et al. فاکتور تنظیم کننده اینترفرون 4 برای رشد ضروری است

برنامه سلول های T helper 9. مصونیت 33، 192-202 (2010).

13. گوسوامی، آر و همکاران. STAT{1}}تنظیمات وابسته به توسعه Th9.J. ایمونول.

188,968-975(2012).

14. چانگ، HCet al. فاکتور رونویسی PU.1 برای توسعه مورد نیاز است

IL{0}}سلول های T و التهاب آلرژیک تولید می کند. نات ایمونول. 11، 527-534 (2010).

15. Jabeen, R. et al. توسعه سلول Th9 نیازمند رونویسی تنظیم شده با BATF است

شبکه. جی. کلین. سرمایه گذاری. 123،{1}}(2013).

16. Kaplan، MH شبکه فاکتور رونویسی در سلول های Th9. سمین. ایمونوپاتول.

39,11-20(2017).

17. Echlin، DR، Tae، HJ، Mitin، N. & Taparowsky، EJB-ATF به عنوان یک منفی عمل می کند.

تنظیم‌کننده رونویسی با واسطه AP-1 و تبدیل سلولی توسط Ras و Fos را مسدود می‌کند. Oncogene 19، {2}} (2000).

18. Murphy, TL, Tussiwand, R. & Murphy, KM Specificity از طریق همکاری:

تعاملات BATF-IRF شبکه های تنظیم کننده ایمنی را کنترل می کند. نات کشیش ایمونول. 13، 499-509(2013).

19. Sopel, N., Graser, A., Mousset, S. & Finotto, S. فاکتور رونویسی BATF

پاسخ های با واسطه سیتوکین را در سلول های T تعدیل می کند. فاکتور رشد سیتوکین Rev. 30,{2}} (2016).

20. ادلسون، بی تی و همکاران. سلول های دندریتیک CD103 (بعلاوه) محیطی یک زیر مجموعه واحد را تشکیل می دهند

از نظر رشد به سلول های دندریتیک معمولی CD8 آلفا (بعلاوه) مربوط می شود. انقضا پزشکی 207، {2}}(2010).

21. هیلدنر، ک. و همکاران. کمبود Batf3 نقش مهمی را برای دندریتیک CD8alpha آشکار می کند

سلول ها در ایمنی سلول های T سیتوتوکسیک Science 322، 1097-1100 (2008).

22. Meylan, F. et al. گیرنده DR3 خانواده TNF برای سلول های T متنوع ضروری است.

بیماری های التهابی واسطه مصونیت 29، 79-89 (2008).

23. Fang, L, Adkins, B, Deyev, V. & Podack, ER نقش اساسی گیرنده TNF

سوپرخانواده 25 (TNFRSF25) در ایجاد التهاب آلرژیک ریه. J. Exp.Med.205,{3}}(2008).

24. پاپو، بی پی و همکاران. تعامل TL1A-DR3 عملکرد سلول Th17 و Th{5}} را تنظیم می کند

بیماری خودایمنی واسطه J. Exp. پزشکی 205، {1}} (2008).

25. بول، ام جی و همکاران. گیرنده مرگ 3-مسیر پروتئین 1A مانند TNF را هدایت می کند

آسیب شناسی نامطلوب استخوان در آرتریت التهابی.J. Exp.Med. 205، {1}} (2008).

26. توماس، LS و همکاران. عضو خانواده TNF TL1A ترشح IL-22 را در داخل القا می کند

سلول های Th17 انسانی از طریق القای IL{1}} متعهد شده است. J. Leukoc. Biol. 101، 727-737 (2017).

27. ریچارد، ACet al. لیگاند TL1A خانواده TNF و گیرنده آن DR3 باعث افزایش T می شود.

ایمونوپاتولوژی آلرژیک با واسطه سلولی با افزایش تمایز و بیماری زایی سلول های T تولید کننده IL.J.Immunol.194،3567-3582(2015). 28. Tan, C. et al. سلول های Th9 اختصاصی آنتی ژن منحصر به فرد در سینتیک خود را نشان می دهند

تولید سیتوکین و احتباس کوتاه مدت در محل التهاب. ایمونول. 185،{1}}(2010).

29. Wilhelm, C.et al. یک خبرنگار سرنوشت IL{1}} القای یک IL- ذاتی را نشان می دهد

9 پاسخ در التهاب ریه. نات ایمونول. 12، 1071-1077 (2011).

30. Banias, G.et al. نقش TL1A و گیرنده آن DR3 در دو مدل مزمن

ایلیت موشی Proc. Natl Acad. علمی USA 103, 841-8446 (2006).

31. Betz، BCet al. BATF جنبه های متعددی از عملکرد سلول های B و T مورد نیاز را هماهنگ می کند

برای پاسخ های آنتی بادی طبیعی.J. Exp.Med. 207، 933-942(2010).

32. Schraml, BU et al. فاکتور رونویسی AP{1}} کنترل‌های BATF T(H)17 متفاوت است-

شروع. Nature 460، 405-409 (2009).

33. گلاسماچر، ای و همکاران. یک عنصر تنظیم کننده ژنومی که مونتاژ و

عملکرد کمپلکس های AP{1}}IRF اختصاصی ایمنی. Science 338, 975-980 (2012). 34. لی، پی و همکاران. BATF-JUN برای رونویسی با واسطه IRF4-در سلول های T حیاتی است. طبیعت

490,543-546(2012).

35. Yao, W.et al. اینترلوکین-9 برای التهاب آلرژیک راه هوایی با واسطه لازم است

توسط سیتوکین TSLP.Immunity 38، 360-372 (2013).

36. سیوفانی، م. و همکاران. یک شبکه نظارتی معتبر برای مشخصات سلول Th17. سلول

151,289-303(2012).

37. توسیوند، ر. و همکاران. رشد سلول های دندریتیک جبرانی با واسطه BATF-

فعل و انفعالات IRF Nature 490، 502-507(2012).

38. ایواتا، A. و همکاران. کیفیت سیگنال دهی TCR توسط شباهت های دیفرانسیل تعیین می شود

تقویت کننده های مجتمع فاکتور رونویسی مرکب BATF-IRF4. نات Immunol.18، 563-572(2017).

39. Vegan, F. et al. فاکتور رونویسی IRF1 وابسته به IL-21-را دیکته می کند

عملکردهای ضد سرطانی سلول های TH9 نات ایمونول. 15،{2}}(2014).

40. Xiao, X. et al. سیگنال دهی OX40 به القای سلول های T(H)9 و راه هوایی کمک می کند

التهاب نات ایمونول. 13، 981-990 (2012).

41. وانگ، سی و همکاران. BATF برای بیان طبیعی روده-هومینگ مورد نیاز است

گیرنده های سلول های کمکی T در پاسخ به رتینوئیک اسید. J. Exp. پزشکی 210، 475-489(2013).

42. کارا، EE و همکاران. محورهای متمایز گیرنده کموکاین، قاچاق سلول Th9 را تنظیم می کند

به محل های التهابی آلرژیک و خود ایمنی. J. Immunol. 191، 110-117 (2013).

43. Espluges, E.et al. کنترل سلول های TH17 در روده کوچک اتفاق می افتد. Nature 475،

514-518(2011).

44. Shih، DQ و همکاران. مهار یک فاکتور فیبروژنیک جدید Tella ایجاد شد

فیبروز کولون Mucosal Immunol.7،{1}} (2014).

45. اوستانین، دی وی و همکاران. مدل انتقال سلول T کولیت مزمن: مفاهیم، ​​ملاحظات و ترفندهای تجارت صبح. جی. فیزیول. دستگاه گوارش. فیزیول کبد 296, G135-G146 (2009).

46. ​​چین، JEet al. جذب لکوسیت های راه هوایی در موش به آلفا بستگی دارد{1}}

اینتگرین ها و مولکول چسبندگی سلول های عروقی-1. صبح. جی. فیزیول. 272، L219-L29 (1997).

47. Weigmann, B. et al. جداسازی و تجزیه و تحلیل بعدی لامینا پروپریا موشی

سلول های تک هسته ای از بافت کولون نات پروتکل 2، 2307-2311 (2007).