تجزیه و تحلیل فعالیت خنثی‌سازی آنتی‌بادی در برابر انواع SARS-CoV-2 و ویروس‌های فصلی انسانی NL63، HKU1 و 229E ناشی از سه پلت‌فرم مختلف واکسن کووید{5}}

خلاصه: عفونت‌های کروناویروس، که به همه‌گیری سندرم حاد تنفسی شدید اخیر کروناویروس 2 (SARS-CoV-2) که در سال 2019 آغاز شد، به اوج خود رسید، اهمیت واکسن‌های مؤثر برای القای پاسخ آنتی‌بادی با فعالیت خنثی‌کننده متقاطع را برجسته کرده است. واکسن‌های کووید{5}} به سرعت برای کاهش بار عفونت‌های SARS-CoV{7} و شدت بیماری ایجاد شده‌اند. حفاظت متقاطع در برابر عفونت های فصلی ویروس کرونا انسانی (hCoV) فرضیه شده است، اما هنوز بحث برانگیز است. در اینجا، ما فعالیت خنثی کننده علیه SARS-CoV اجدادی و انواع نگرانی (VOCs) را در افراد واکسینه شده با دو دوز BNT162b2، mRNA-1273، یا AZD1222، با یا بدون سابقه بررسی کردیم. عفونت SARS-CoV{16}} فعالیت خنثی‌کننده آنتی‌بادی نسبت به SARS-CoV{18}} و VOCs در افراد واکسینه‌شده با BNT162b2- که قبلاً به SARS-CoV آلوده شده بودند{22}} و حفاظت وسیع‌طیفی را اعطا کردند، بیشتر بود. نوع Omicron BA.1 در بین VOC ها مقاوم ترین بود. واکسیناسیون کووید{25}} محافظتی در برابر hCoV-HKU1 ایجاد نکرد. برعکس، آنتی‌بادی‌های القا شده توسط واکسیناسیون mRNA{28}} فعالیت خنثی‌کننده خود را در برابر hCoV-NL63 افزایش دادند، در حالی که واکسیناسیون AZD1222 خنثی‌سازی آنتی‌بادی علیه hCoV{32}}E را افزایش داد، که نشان‌دهنده تفاوت‌های بالقوه در آنتی‌ژنیسیته و ایمنی‌زایی سنبله‌های مختلف است. سازه های مورد استفاده بین پلت فرم های مختلف واکسیناسیون. این داده‌ها نشان می‌دهند که ممکن است اپی توپ‌های مشترکی بین HCoVs و پروتئین‌های SARS-CoV{34}} وجود داشته باشد.

کلمات کلیدی: SARS-CoV-2; فصلی؛ HKU1; 229E; NL63; خنثی سازی

cistanche tubulosa - سیستم ایمنی را بهبود می بخشد

1. معرفی

در دسامبر 2019، شیوع یک کروناویروس جدید به نام سندرم حاد تنفسی ویروس کرونا 2 (SARS-CoV{3}}) به سرعت در سراسر جهان گسترش یافت و منجر به یک بیماری همه گیر جهانی شد [1]. از آن زمان، تلاش‌های بین‌المللی برای تولید یک درمان مناسب منجر به توسعه پلتفرم‌های واکسیناسیون متعدد و سایر داروهای ضد ویروسی شده است. افزایش تدریجی واریانت‌ها تأثیر کمتری بر کارایی آنتی‌بادی‌های خنثی‌کننده ایجاد شده توسط عفونت قبلی SARS-CoV{6}} یا واکسیناسیون داشته است [2،3]. سازمان بهداشت جهانی (WHO) انواع نگران کننده را به عنوان انواع نگرانی (VOC) طبقه بندی کرده است، در حالی که سایر انواعی که معیارهای یکسانی را برآورده نمی کنند در انواع مورد علاقه (VOI) یا انواع تحت بررسی (VUI) قرار می گیرند. تمرکز قابل توجهی بر روی انواع و ویژگی‌های آن‌ها، مانند فرار آنتی‌بادی و نرخ تکثیر، با بسیاری از مطالعات در مورد مقایسه واریته‌ها و توانایی آن‌ها برای خنثی‌سازی [4-8]، با ادامه پیشرفت همه‌گیری، صورت گرفته است.

cistanche tubulosa - سیستم ایمنی را بهبود می بخشد

SARS-CoV-2 متعلق به خانواده Coronaviridae است که شامل SARS-CoV-1 [9]، ویروس تنفسی خاورمیانه (MERS) [10] و چهار ویروس کرونای انسانی 229E، HKU-1 است. ، NL63 و OC43 [11] (شکل 1A). در حالی که SARS-CoV{13}} و MERS شیوع هایی داشته اند که باعث بیماری شدید در انسان شده است [12]، چهار ویروس کرونای دیگر که معمولاً به عنوان ویروس های فصلی یا انسانی (HCoVs) شناخته می شوند، معمولاً باعث بیماری خفیف مشابه سرماخوردگی می شوند. [11،13]. با این حال، در موارد نادر، HCoVs ممکن است باعث بیماری های شدید شود [14-16]. SARS-CoV{20}}، همراه با NL63، از آنزیم مبدل آنژیوتانسین 2 (ACE2) به عنوان گیرنده اصلی ورود به سلول استفاده می کند [17،18]. علیرغم اینکه HKU1 و OC43 بیشتر با SARS-CoV مرتبط هستند{30}}، آنها به اسیدهای سیالیک به عنوان یک حالت ورود متصل می شوند [19]، در حالی که 229E مربوط به دورتر از آمینوپپتیداز انسانی (hAPN) استفاده می کند [20]. (شکل 1B).

شکل 1. درخت فیلوژنتیک اعضای خانواده Coronaviridae. * نشان دهنده پروتئین های سنبله ای است که در این مطالعه استفاده شد (A). ساختار پروتئین‌های سنبله SARS-CoV-2 و سه مورد از HCoVهای فصلی. HKU1، NL63 و 229E که در این مطالعه استفاده شدند (B). (کدهای PDB: 6VXX، 60HW، 6U7H، 5I08، و 5SZS). خاکستری نشان دهنده دامنه S2 است، در حالی که آبی روشن دامنه N پایانه زیر واحد S1 است و آبی تیره نشان دهنده زیر واحد S1 باقی مانده است. NL63 دارای یک بخش آبی رنگ اضافی است که نشان دهنده یک منطقه منحصر به فرد در دامنه S1 است که در سایر کروناویروس ها مشاهده نشده است [21].

در آغاز همه‌گیری، بحثی در مورد این احتمال وجود داشت که آنتی‌بادی‌های ایجاد شده علیه HCOV ها نقشی در محافظت در برابر SARS-CoV-2 داشته باشند [22-25]. از آن زمان، افزایش علاقه به HCoVها منجر به افزایش درک پاسخ ایمنی آنها شده است. چندین نشریه که اثر HCoVs را بررسی کردند، بر استفاده از سنجش‌های اتصالی مانند سنجش‌های ایمونوسوربنت مرتبط با آنزیم (ELISA) تکیه کردند که اتصال آنتی‌بادی را اندازه‌گیری می‌کنند، اما قابلیت‌های خنثی‌سازی آن‌ها را روشن نکردند. علاوه بر این، از نسل موفق پلتفرم‌های واکسن مختلف برای محافظت از افراد در برابر عفونت و بیماری‌های شدید استفاده شده است [26]، اگرچه اثربخشی آنها با ظهور انواع جدیدتر و اجتناب‌کننده‌ی ایمنی کاهش می‌یابد [27]. در اینجا، ما از ویروس‌های کاذب مبتنی بر لنتی‌ویروس SARS-CoV-2، VOCs/VOI و HCoVs برای اندازه‌گیری قدرت آنتی‌بادی‌های خنثی‌کننده ناشی از دو دوز BNT162b2 (Pfizer)، AZD1222 (Astrazeneca)، استفاده می‌کنیم. یا mRNA{13}} (Moderna) در برابر SARS-CoV-2 و انواع B.1.1.7 (آلفا)، B.1.351 (بتا)، P.1 (گاما)، B.1.617.2 ( دلتا)، B.1.525 (Eta)، و B.1.1.529 (Omicron BA.1) (شکل 2)، و اینکه آیا هر یک از این واکسن ها قادر به تقویت آنتی بادی های خنثی کننده علیه HCoVs 229E، HKU1، یا NL63 هستند یا خیر.

شکل 2. SARS-CoV-2 جهش‌های سنبله مورد استفاده در این مطالعه.

2. مواد و روشها

2.1. مجموعه سرم بیمار/اطلاعات اخلاقی

نمونه های سرم از 36 فرد سالم واکسینه شده جمع آوری شد. این مطالعه توسط کمیته اخلاق بیمارستان علمی سان رافائله (پروتکل شماره 68/INT/2020) تایید شد. همه بیماران ثبت نام شده رضایت آگاهانه کتبی دادند.

2.2. درخت فیلوژنتیک و طرح شباهت

یک بازسازی فیلوژنتیکی حداکثر احتمال بر اساس همترازی کدون ژن سنبله، با استفاده از یک درخت (نسخه 1.6.12) [28] با 10،{5}} تکرار بوت استرپ فوق سریع [29] و یک TVM+F+I ساخته شد. مدل جایگزینی +G4، با استفاده از ModelFinder [30] انتخاب شده است. نمودار تشابه توالی با تراز کردن توالی پروتئین اسپایک SARS CoV{13}} (QHD43416.1)، HKU1 (YP_173238.1) 229E (NP_073551.1) و NL63 (1) ساخته شد. YP{23}}.1)، با استفاده از mat (نسخه 7.453) [31] (گزینه جفت ژن) و با استفاده از بسته جاوا اسکریپت D3 پیاده‌سازی شده در قابل مشاهده (https://observablehq.com/@spyros-lytras/seasonal cov) - spike در 3 نوامبر 2022 قابل دسترسی است).

2.3. فرهنگ بافت

سلول‌های 293T/17 کلیه جنینی انسان (HEK293T/17) و سلول‌های Huh{4}} سلول‌های کبدی انسانی در DMEM حاوی 10 درصد سرم جنین گاو و 1 درصد پنی‌سیلین/استرپتومایسین نگهداری شدند. سلول های همستر تخمدان چینی (CHO) در Ham's F12 حاوی 10% سرم جنین گاو و 1% پنی سیلین/استرپتومایسین نگهداری شدند. سلول ها به طور معمول برای جلوگیری از تلاقی با شستشو با محلول سالین بافر فسفات عبور داده شدند و با تریپسین-EDTA جدا شدند. تمام سلول ها در دمای 37 درجه سانتی گراد و 5 درصد CO2 انکوبه شدند.

گیاه سیستانچ سیستم ایمنی را افزایش می دهد

2.4. تولید ویروس شبه

همه شبه‌گونه‌ها (PVs) همانطور که قبلاً توضیح داده شد [32] تولید شدند. به طور خلاصه، 1000 نانوگرم از pc-DNA 3.1+ پلاسمید حامل سنبله SARS-CoV-2 اجدادی، انواع آلفا، بتا، دلتا، گاما، اتا، Omicron Ba. 1، یا HCoVs 229E، HKU1، و NL63 با 1000 نانوگرم از پلاسمید p8.91 کد کننده HIV Gag-pol و 1500 نانوگرم از پلاسمید pCSFLW حاوی ژن گزارشگر لوسیفراز کرم شب تاب Renilla مخلوط شد و روی سلول های HEK29%3T هم ترانسفکت شد. در فلاسک های T{19}} با استفاده از FuGENE-HD. HKU{21}} به یک مرحله اضافی اضافه کردن 1.5 واحد نورآمینیداز اگزوژن (سیگما) در 10 میلی لیتر DMEM 24 ساعت پس از ترانسفکشن نیاز داشت. برای جمع آوری ویروس های شبه، محیط 48 ساعت پس از یک روز ترانسفکشن آسپیره شد و با استفاده از فیلتر استات سلولز 0.45 میکرومتر فیلتر شد. همه PV ها به صورت جزئی تقسیم شدند و در دمای 80- درجه سانتیگراد برای ذخیره سازی ذخیره شدند. پس از تلاش‌های مکرر، نتوانستیم HCoV OC43 را شبه‌سازی کنیم.

2.5. تیتراسیون ویروس شبه

همه PV ها همانطور که قبلا توضیح داده شد [32] تیتر شدند. سلول‌های هدف برای SARS-CoV-2، واریانت‌ها و HCoV NL63 یک روز قبل از تیتراسیون با ترانسفکت کردن ACE{4}} و TRSSMP2 تهیه شدند. سلول های CHO به عنوان سلول های هدف برای HKU-1 و سلول های Huh{7}} به عنوان سلول های هدف برای 229E استفاده شدند. به طور خلاصه، 50 میکرولیتر PV جمع‌آوری‌شده در ردیف بالایی یک صفحه چاهی سفید رنگ (Nunc) اضافه شد و با استفاده از DMEM یا Ham's F{12}} برای HKU{13}} رقیق شد. PV ها در نیم قدم تا ردیف پایین صفحه قبل از افزودن 10،{15}} سلول هدف در هر چاه. صفحات قبل از لیز با معرف Bright-Glo و سنجش فعالیت ژن گزارشگر لوسیفراز در واحدهای خط نسبی (RLU) با استفاده از لومینومتر Glo-Max به مدت 48 ساعت به انکوباتور برگردانده شدند. تیتر PV بر حسب RLU/mL گزارش می شود.

cistanche tubulosa - سیستم ایمنی را بهبود می بخشد

برای مشاهده محصولات Cistanche Enhance Immunity اینجا را کلیک کنید

【بیشتر بخواهید】 ایمیل:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

2.6. سنجش ریزخنثی سازی شبه (pMN).

سنجش pMN همانطور که قبلا توضیح داده شد انجام شد. به طور خلاصه، سرم های دوران نقاهت با DMEM یا Ham's F-12 در رقت اولیه 1:40 مخلوط شدند و سپس به صورت سریالی در یک صفحه چاهی با کف مسطح سفید 96- تا نهایی رقیق شدند. رقت 1:5120. همه نمونه ها در دو نسخه تکرار شدند. سپس PV ها با ورودی 1 × 106 RLU/mL به هر چاهک اضافه شدند. قبل از افزودن سلول‌های هدف ACE{12}}/TRSSMP2 HEK293T یا سلول‌های CHO برای HKU{15}} و Huh{16}} به مدت 1 ساعت به انکوباتور کشت بافت برگردانده شدند. 229E، با تراکم 1 × 104 سلول در هر چاه. صفحات قبل از لیز با معرف Bright-Glo و سنجش فعالیت ژن گزارشگر لوسیفراز در واحدهای خط نسبی (RLU) با استفاده از لومینومتر Glo-Max به مدت 48 ساعت به انکوباتور برگردانده شدند. IC50s با استفاده از نرم افزار GraphPad Prism 8 با استفاده از منحنی رگرسیون غیر خطی همانطور که در [33] توضیح داده شد، محاسبه شد.

2.7. تحلیل آماری

برای ارزیابی اهمیت افراد همسان از آزمون‌های رتبه‌بندی جفت همسان ویلکاکسون استفاده شد. آزمون ANOVA Kruskal-Wallis برای ارزیابی اهمیت هنگام مقایسه تیترهای IC50 بین سه پلت فرم واکسن استفاده شد. تمامی آزمون ها بر روی نرم افزار GraphPad Prism 8 استفاده شد.

3. نتایج

3.1. ویژگی های گروهی

برای ارزیابی پتانسیل خنثی‌سازی آنتی‌بادی‌های اختصاصی SARS-CoV-2 علیه SARS CoV-2 VOCs و hCoVs، سرم‌های به‌دست‌آمده از BNT162b با دوز دوز2-واکسینه شده (n=13)، افراد 1222-واکسینه شده AZD (n=16) ​​و mRNA{9}}واکسینه شده (n=7) با و بدون سابقه عفونت SARS-CoV{12}} بررسی شدند ( میز 1).

جدول 1. مشخصات دموگرافیک و بالینی گروه.

3.2. خنثی سازی انواع SARS-CoV-2

ما ابتدا سنجش‌های pMN را برای تجزیه و تحلیل میزان پاسخ‌های آنتی‌بادی خنثی‌کننده علیه SARS-CoV-2 اجدادی و انواع آن، صرف نظر از نوع واکسن انجام دادیم (شکل 3A). نتایج ما نشان داد که Omicron BA.1 کمترین VOC خنثی شده بود (24-کاهش برابر، p =< 0.0001). As expected, we observed the samples from individuals with prior infection had higher neutralisation titers compared with immunologically naïve subjects. The serum from previously infected individuals (Figure 3B), neutralized the Alpha variant more effectively compared with the ancestral strain, as it showed a 1.3-fold decrease in median IC50 titre, followed by Eta and Delta variants, (3.4- and 4.5-fold decrease, respectively). Beta and Gamma variants were more resistant to neutralization (10.9- and 9.7-fold decrease, respectively), and Omicron BA.1 reached a 16.1-fold decrease compared with ancestral SARS-CoV-2. Notably, the majority of these subjects had received the BNT162b2 vaccine. Taken together, these results suggested that in vaccinated subjects the pre-existing immunity raised by natural infection with SARS-CoV-2, or a VOC is more effective in protecting against the spectrum of variants that emerged later over time, compared with immunity triggered by vaccination only. However, the recently emerged variants evolved mechanisms to evade the neutralizing antibody response.

شکل 3. توانایی آنتی بادی های سرمی برای خنثی کردن SARS-CoV-2 و VOCs از افراد واکسینه شده با دو دوز BNT162b2، AZD1222، یا mRNA-1273. پاسخ آنتی بادی خنثی کننده علیه SARS-CoV{8}} اجدادی و انواع آن، در افراد آلوده قبلی (آبی) و افراد غیر آلوده (قرمز) که دو دوز واکسن BNT162b2، AZD1222 یا mRNA{12}} دریافت می‌کنند (A) . برای مقایسه SARS-CoV اجدادی{15}} در برابر هر یک از انواع (A) از تجزیه و تحلیل آماری تست‌های رتبه‌بندی علامت‌دار جفت همسان ویلکاکسون استفاده شد. پروفایل های خنثی سازی سرم از افراد واکسینه شده با BNT162b2- با سابقه عفونت قبلی. هیچ آزمون آماری برای BNT162b2 در پانل C به دلیل حجم نمونه کوچک با تنوع زیاد استفاده نشد. (ب). پروفایل های خنثی سازی سه نوع واکسن در برابر انواع (C) و مقایسه بین پلت فرم های واکسن (D) تجزیه و تحلیل آماری تست‌های رتبه‌بندی علامت‌دار زوج‌های همسان ویلکاکسون برای مقایسه SARS-CoV اجدادی{22}} در برابر هر یک از انواع در پانل C استفاده شد. Kruskal-Wallis ANOVA برای تجزیه و تحلیل آماری در پانل D. ns {{23} } مهم نیست، * p < 0.05، ** p < 0.01، *** p <0.001، **** p کمتر بیش از یا مساوی 0.0001.

سپس افرادی را که عفونت SARS-CoV-2 را قبل از تجویز واکسن تجربه نکرده بودند، تجزیه و تحلیل کردیم (شکل 3C). کارایی هر پلت فرم واکسن با توجه به قابلیت خنثی کردن سویه اجدادی و انواع آن مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. مشاهده کردیم که سرم‌های افراد واکسینه‌شده با BNT162b در مقایسه با سرم‌های به‌دست‌آمده از افراد واکسینه‌شده با mRNA و AZD، میانگین تیتر IC50 بالایی داشتند. در حالی که واریانت آلفا در هیچ یک از افراد واکسینه شده فرار ایمنی را نشان نداد، همه VOCs به درجات مختلف در برابر خنثی سازی آنتی بادی مقاوم بودند (شکل 3C). به دلیل تعداد کمی نمونه (n=5) با گسترش بسیار زیاد در تیترهای IC50، نتوانستیم امتیازهای معنی‌داری را از نمونه‌های BNT162b2 استخراج کنیم. ما هیچ تفاوت آماری معنی داری بین سه پلت فرم واکسن با توجه به توانایی آنها برای خنثی کردن انواع آلفا، اتا، بتا، گاما و BA.1 مشاهده نکردیم. برعکس، بزرگترین تفاوت بین سه نوع واکسن با انواع اجدادی و دلتا مشاهده شد، زیرا mRNA{14}} به ترتیب کاهش 1.{16}} و 1. در مقایسه با BNT162b2، در حالی که AZD1222 کاهش 3.{24}} و 4.{26}} برابری را نشان داد (شکل 3D).

3.3. خنثی سازی HCoV های فصلی

برای تعیین اینکه آیا واکسیناسیون علیه SARS-CoV-2 ممکن است در برابر HCoV های فصلی محافظت متقاطع داشته باشد، ما پرسیدیم که آیا عفونت قبلی با SARS-CoV{4}} تأثیری بر خنثی سازی ویروس هپاتیت با واسطه آنتی بادی داشته است (شکل 4A) ). ما هیچ افزایش آماری قابل توجهی در تیترهای خنثی کننده در برابر 229E یا HKU-1 بین افراد مبتلا به SARS-CoV{10}} و افراد ساده لوح مشاهده نکردیم. برعکس، کاهش معنی‌دار آماری در تیترهای خنثی‌کننده در برابر NL63 پس از تجویز دوز دوم در افراد واکسینه‌شده که عفونت SARS-CoV{13}} را تجربه کرده‌اند (0.033=0) در مقایسه با افراد ساده (p 16}}.063). سپس ارزیابی کردیم که آیا یک یا چند پلت فرم واکسن، بدون توجه به وضعیت عفونت قبلی، تیتر را در برابر HCoVs در همه افراد افزایش می دهد (شکل 4B). به طور کلی، در افراد واکسینه شده، میانگین تیترهای خنثی سازی آنتی بادی علیه NL63 در مقایسه با تیترهای ضد 229E و HKU1، صرف نظر از پلت فرم واکسن، بالاتر بود (شکل 4B). قابل توجه است که NL63 از ACE2 به عنوان گیرنده ورودی به سلول های هدف استفاده می کند، همانطور که SARS-CoV{26}} استفاده می کند. نوع واکسن تأثیری در تقویت فعالیت های خنثی کننده در برابر سه ویروس کرونای فصلی که پس از تجویز دوز دوم مورد مطالعه قرار دادیم، نداشت، به استثنای NL63 و HKU1. تیتر IC50 در برابر NL63 پس از دوز دوم با استفاده از mRNA افزایش یافت (03.0=0)، در حالی که 229E افزایش معنی‌داری در تیتر IC50 تنها در افراد واکسینه شده با AZD نشان داد (p {37}}< 0.001). Conversely, after the second boost of the BNT162b2 vaccine, neutralization titers against HCoV HKU-1 decreased, probably due to the selection of antigen-specific plasma cells with lower affinity for the HKU1 spike. To better understand the impact of COVID-19 vaccination on the protection from seasonal HCoVs in subjects with or without a history of SARS-CoV-2 infection, we analysed the spike protein similarity of HCoVs HKU1, NL63, 229E, and SARS-CoV-2 to investigate whether a particular region could explain the neutralization differences (Figure 4C). The similarity plot generated by comparing pairwise similarity showed HKU1 had higher similarity in all spike regions to the SARS-CoV-2 spike compared with 229E and NL63, consistent with the viruses' taxonomy. However, HKU1 seems to have extra insertions at the C-terminal end of the RBD compared with the other two seasonals and SARS-CoV-2. Furthermore, the S2 region shows much higher similarity to SARS-CoV-2 in all three HCoVs compared with the S1 region (Figure 4C).

شکل 4. مقایسه پاسخ های خنثی کننده در HCoVs NL63، 229E، و HKU1 بین دوز اول و دوم واکسیناسیون علیه SARS-CoV{7}}. نمایه خنثی سازی در برابر HCoVs NL63، 229E، و HKU1 در افراد دودوز BNT162b2، mRNA{14}} یا AZD1222 واکسینه شده با یا بدون سابقه عفونت SARS-CoV{17}}. (آ). خنثی کردن تیترهای آنتی بادی علیه HCoV های فوق الذکر پس از تجویز دوز اول و دوم واکسن های BNT162b2، mRNA{{20}}، یا AZD1222. (ب). تجزیه و تحلیل آماری تست‌های رتبه‌بندی علامت‌دار جفت ویلکاکسون در A و B استفاده شد. نمودارهای شباهت (C) نشان می‌دهد که HKU{23}} دارای یک توالی اسید آمینه مشابه بیشتر با SARS-CoV-2 در مقایسه با هر دو است. NL63 و 229E در تمام نواحی پروتئین اسپایک. خطوط بریده بریده در بالا، شباهت جفتی اسید آمینه بین SARS-CoV{29}} و 3 پروتئین HCoV Spike را نشان می‌دهند که با استفاده از اندازه پنجره اسید آمینه 4{39}} 0 و مرحله 1 ترسیم شده است. موقعیت‌های دارای شکاف نشان داده شده است. از پنجره ها حذف شده است. خطوط افقی در پایین نشان دهنده وجود باقیمانده برای هر یک از 4 کروناویروس تراز شده در طول تراز است (حضور رنگ=وجود اسید آمینه؛ عدم وجود رنگ=شکاف). ns=معنی دار نیست، * p < 0.05، *** p < 0.001.

4. بحث

در این مطالعه، ما قادر به مقایسه مستقیم تیترهای خنثی سازی آنتی بادی ناشی از دو واکسن مبتنی بر m-RNA، BNT162b2 و mRNA{4}} و یک واکسن مبتنی بر آدنوویروس، AZD1222، علیه SARS-CoV{8} بودیم. }، انواع پدیدار شده آن و سه HCoV فصلی. داده‌های ما در مورد خنثی‌سازی آنتی‌بادی علیه SARS-CoV{10}} و انواع آن در افراد واکسینه شده، با یا بدون سابقه عفونت قبلی، با آنچه در مقالات گزارش شده است مطابقت دارد [2،4،5،7،34-38 ]. ما تأیید کردیم که واکسیناسیون با دو دوز واکسن، آنتی‌بادی‌هایی را القا می‌کند که می‌توانند SARS-CoV{18}} و VOCs را خنثی کنند، با BNT162b2 که بالاترین عناوین خنثی‌سازی را ایجاد می‌کند و به دنبال آن mRNA-1273 و AZD1222 قرار دارند. علیرغم تفاوت آنها در تیترهای خنثی سازی، گزارش شده است که هر سه واکسن اثربخشی بالایی در پیشگیری از کووید شدید دارند{23}} [39-41]. نوع Omicron BA.1 گریزان‌کننده‌ترین نوع VOC بود که در این مطالعه تحلیل شد (شکل 3). در واقع، پروتئین سنبله به شدت جهش یافته گونه BA.1 چالش هایی را برای اثربخشی واکسن های فعلی برای محافظت در برابر COVID{29}} ایجاد کرد و به نیاز به نظارت بر محافظت اعطا شده در برابر این و SARS-CoV تازه ظهور اشاره کرد. {31}} انواع، یعنی Omicron BA.4 و BA.5. فرمول‌های دو ظرفیتی واکسن‌های مبتنی بر mRNA که حاوی mRNA سنبله SARS-CoV اجدادی{36}} و مشترک بین دودمان BA.4 و BA.5 هستند، به منظور مقابله طراحی و مجاز شده‌اند. فرار از پاسخ ایمنی ناشی از طراحی اولیه واکسن.

HCoV ها در سطح جهانی توزیع شده اند و اعتقاد بر این است که آنتی بادی های محافظ کوتاه مدت را القا می کنند [42]. بنابراین، احتمال بالایی وجود دارد که عفونت مجدد همچنان بالا بماند، به ویژه در طول دوره های زمستان [13،43-45] با وجود شیوع بالای سرمی [43،45،46]. در حال حاضر این بحث وجود دارد که آیا عفونت قبلی با HCoV های فصلی باعث ایجاد آنتی بادی های متقابل واکنشی علیه SARS-CoV می شود یا نه، و مهمتر از آن، اگر این به محافظت در برابر SARS-CoV-2 تبدیل شود. آنتی‌بادی‌های واکنش متقاطع [47-54] و پاسخ‌های سلول T [55-61] در سرم‌های قبل از همه‌گیری و اهداکنندگان سالم شناسایی شدند. با این حال، رویکردهای تجربی مشابه، خلاف آن را توسط سایر محققین نشان داده است [62]. علاوه بر این، در بسیاری از مقالات فوق الذکر که آنتی‌بادی‌های واکنش متقاطع را در نمونه‌های پیش از همه‌گیری نشان دادند، تعداد نمونه‌های واکنش متقاطع بخش کوچکی از کل سرم‌های مورد تجزیه و تحلیل بود، که نشان می‌دهد واکنش متقاطع، در حالی که وجود دارد، پایین است. . همین سوال در مورد آنتی‌بادی‌های ایجاد شده توسط واکسن‌های COVID{25}} مطرح شده است، با مطالعاتی که نشان می‌دهد آنتی‌بادی‌های واکنش متقاطع را به برخی اما نه همه HCoV‌های فصلی نشان می‌دهد [63-65]. نشان داده شد که واکسیناسیون پروتئین اسپایک SARS-CoV{30}} آنتی‌بادی‌های واکنش متقاطع را علیه آلفا و بتاکوروناویروس‌ها در ماکاکوها القا می‌کند [66]. نتیجه گیری اینکه آیا آنتی بادی های واکنش متقاطع به آنتی بادی های محافظ و خنثی کننده علیه SARS-CoV ترجمه می شوند یا خیر، مهم است. برخی گزارش‌ها حاکی از آن است که با وجود افزایش اندکی در آنتی‌بادی‌ها نسبت به HCoV در طول عفونت SARS-CoV{38}، آنها با محافظت ارتباطی ندارند [67]. به طور مشابه، مطالعات نشان داد که عفونت قبلی با HCoV ها در برابر عفونت و بیماری SARS-CoV{41} محافظت نمی کند [68،69].

cistanche tubulosa - سیستم ایمنی را بهبود می بخشد

ما هیچ افزایشی در تیتر آنتی بادی خنثی کننده علیه HKU1 در گروه خود از افراد واکسینه شده SARS-CoV-2-، صرف نظر از وضعیت پیش از عفونی SARS-CoV-2 آنها، به استثنای افراد تحت تزریق، نیافتیم. BNT162b2. این در تضاد با دو گزارشی است که افزایش تیتر HKU-1 پس از واکسیناسیون علیه SARS-CoV{11}} توسط BNT162b2 را مشاهده کردند [63،64]. هیکس و همکاران نشان داد که آنتی‌بادی‌های واکنش‌دهنده به HCoV-OC43 و HCoVHKU1 دارای حداقل واکنش متقابل با SARS-CoV{21}} مطابق با همسانی توالی این پروتئین‌ها هستند [54]. علاوه بر این، عفونت قبلی SARS-CoV{24}} خنثی‌سازی متقاطع را در برابر HKU1 یا HCoV{27}}E که از نظر فیلوژنتیکی مرتبط‌تر است، افزایش نداد (شکل 4A). یک گزارش نشان داد که HKU1 ممکن است گیرنده کاندید دیگری داشته باشد که هنوز شناسایی نشده است، به دلیل وجود یک RBD فرضی، دور از مناطق اتصال اسید سیالیک [70،71]. همچنین باید توجه داشت که توانایی خنثی‌سازی ممکن است نه تنها به شباهت دوتایی بین اسیدهای آمینه در پروتئین بستگی داشته باشد، بلکه به درج‌ها و حذف‌های کوتاهی نیز بستگی دارد که می‌توانند ساختار ساختاری پروتئین را تغییر دهند. به عنوان مثال، درج اختصاصی HKU{32}}در انتهای C ترمینال RBD (شکل 4C) ممکن است تا حدی نتایج خنثی سازی ما را توضیح دهد. در مقابل، ما دریافتیم که تجویز دوز دوم در افراد ساده لوح، پاسخ آنتی بادی محافظ در برابر NL63 را در مقایسه با آنچه در افراد آلوده قبلی دریافت می‌کردند، افزایش داد. این احتمالاً به دلیل این واقعیت است که قرار گرفتن در معرض اضافی با آنتی ژن سنبله تأثیری بر خنثی سازی آنتی بادی در برابر NL63 ندارد.

تفاوت در خنثی سازی آنتی بادی بین HCoV ها ممکن است به دلیل تفاوت در سنبله های مورد استفاده در پلت فرم های واکسیناسیون باشد. BNT162b27 یک سنبله تمام قد را با مکان های جهش K986P و V987P برای تثبیت ساختار پیش از همجوشی پروتئین کد می کند [72]. واکسن mRNA{7}} حاوی توالی کدکننده یک گلیکوپروتئین سنبله است که توسط همان جایگزین‌های پرولین استفاده شده در واکسن BNT162b2، با یک لنگر گذرنده و محل برش S2 سالم تثبیت شده است. ساختار پیش از همجوشی با جایگزینی های متوالی پرولین، که در زیر واحد S2 در بالای مارپیچ مرکزی قرار دارند، تثبیت می شود [73]. برعکس، یک سنبله بومی مانند توسط واکسن AZD1222 بیان می شود. از آنجایی که افراد ساده ما با واکسن AZD1222 تجویز شدند، می‌توانیم حدس بزنیم که شکل بومی پروتئین سنبله باعث ایجاد تیترهای آنتی‌بادی خنثی‌کننده بالاتر در مقایسه با پروتئین‌های تثبیت‌شده از قبل از همجوشی شده است. برعکس، دومین قرار گرفتن در معرض ایمونوژنیک با سنبله SARS-CoV، پاسخ خنثی کننده را در برابر NL63 یا 229E (شکل 4B) افزایش داد، همانطور که قبلاً گزارش شده است [67]، بسته به پلت فرم واکسن، صرف نظر از قبل از واکسن. وضعیت عفونت جالب توجه است، گزارش دیگری همان فعالیت خنثی کننده متقابل را مشاهده کرد، اگرچه این بدون توجه به پلت فرم واکسن بود [74]. ما حدس می زنیم که واکنش متقاطع می تواند به دلیل شباهت اپی توپ ها در موتیف اتصال گیرنده (RBM) NL63 به SARS-CoV{33}} ایجاد شود زیرا هر دو ویروس ACE{34}} را به عنوان گیرنده ورودی خود به اشتراک می گذارند [75] ]. به طور مشابه، اپی توپی که روی پپتید همجوشی S2 در 229E همپوشانی دارد گزارش شده است که واکنش متقابل علیه SARS-CoV{40}} [48] ایجاد می‌کند. سونگ و همکاران آنتی بادی های خنثی کننده محافظ را که زیر دامنه S2 را هدف قرار می دهد، توصیف کرد [53]. علاوه بر این، گزارشی در طول شیوع اولیه SARS-CoV{45}} همچنین آنتی‌بادی‌های واکنش متقاطع را علیه NL63 و 229E یافت [76]، که فرضیه اپی توپ‌های مشترک بین آلفاکروناویروس‌ها و بتاکرونا ویروس‌ها را تقویت می‌کند. پروتئین S NL63 حاوی محل تشخیص فورین نیست و در طول بیوژنز شکافته نمی شود [77]. به طور مشابه، پروتئین سنبله بیان شده توسط واکسن mRNA1273 فاقد محل برش است. بنابراین، ترکیب پروتئین ممکن است مشابه باشد و ممکن است باعث ایجاد آنتی بادی های خنثی کننده علیه اپی توپ های مشترک شود که پس از قرار گرفتن در معرض دوم با همان آنتی ژن تقویت می شوند.

ماهیت آنتی ژنیک پروتئین سنبله بیان شده توسط واکسن های مختلف، همراه با ترکیبات متعددی که می توانند به دست آورند، ممکن است بر توسعه آنتی بادی های خنثی کننده با تمایلات مختلف نسبت به چندین اپی توپ در پروتئین سنبله تأثیر بگذارد. از آنجایی که سنبله AZD-1222 حاوی دو جهش پرولین برای تثبیت سنبله خود در یک ساختار پیش از همجوشی تریمریک نیست [78،79]، وجود یک سنبله پس از همجوشی به طور بالقوه می تواند پاسخ ایمنی بزرگتری را نسبت به اپی توپ ها ایجاد کند. در دامنه S2 این ممکن است توضیح دهد که چرا ما هیچ افزایشی در تیترهای خنثی کننده در برابر 229E در نمونه های مبتنی بر mRNA، ایمونوژن از قبل تثبیت شده یا نمونه های واکسینه شده مشاهده نکردیم. در نهایت، علیرغم مشاهده افزایش عیار، برای ما غیرممکن است که بگوییم آیا این به عنوان‌های محافظتی ترجمه می‌شود، زیرا هنوز همبستگی‌های محافظت در برابر SARS-CoV{11}} تعریف نشده است. چندین محدودیت در مطالعه ما وجود دارد که باید در نظر گرفته شود. داده‌های ما از تعداد بیشتری نمونه در همه انواع پلت‌فرم واکسن و نمونه‌های کنترلی از افراد غیر واکسینه که یا به SARS-CoV-2 آلوده شده‌اند یا نه، بهره می‌بردند. علاوه بر این، ما سطوح پایه آنتی‌بادی‌های خنثی‌کننده واکنش متقاطع علیه ویروس‌های کرونای فصلی را در گروه افراد واکسینه شده خود تجزیه و تحلیل نکردیم. یک واکسن پان-کرونا ویروس آنتی بادی هایی ایجاد می کند که طیف وسیعی از کروناویروس ها را شناسایی و خنثی می کند. این به دلیل ماهیت ژنتیکی این ویروس‌های RNA چالش برانگیز است که اغلب جهش می‌یابند و باعث ایجاد ایمنی می‌شوند که با گذشت زمان کاهش می‌یابد و احتمال عفونت مجدد را افزایش می‌دهد. بنابراین، شناسایی اپی توپ‌های کلیدی واقع در حفاظت‌شده‌ترین نواحی پروتئین سنبله، به‌ویژه در زیرواحد S2، برای القای آنتی‌بادی‌های خنثی‌کننده با میل ترکیبی گسترده‌تر به گیرنده‌های سلولی که واسطه ورود ویروس هستند، مرتبط است. چندین نامزد واکسن فرموله شده است، و برخی از آنها بر اساس آنتی ژن های دوگانه شامل هر دو جزء سنبله و نوکلئوکپسید (N) هستند [80]. این فرمول‌ها در مرحله پیش بالینی هستند زیرا ممکن است پاسخ‌های ایمنی هومورال و سلولی گسترده‌تر و بادوام‌تری در برابر کروناویروس‌ها ارائه دهند [80].

منابع

1. زو، ن. ژانگ، دی. وانگ، دبلیو. لی، ایکس. یانگ، بی. آهنگ، جی. ژائو، ایکس. هوانگ، بی. شی، دبلیو. لو، آر. و همکاران یک کروناویروس جدید از بیماران مبتلا به پنومونی در چین، 2019. N. Engl. جی. مد. 2020، 382، 727-733. [CrossRef] [PubMed]

2. Altmann, DM; بویتون، آر جی؛ بیل، R. مصونیت در برابر SARS-CoV-2 انواع نگرانی. Science 2021, 371, 1103-1104. [CrossRef] [PubMed]

3. Burki, T. درک انواع SARS-CoV-2. Lancet 2021, 397, 462. [CrossRef] [PubMed]

4. گارسیا بلتران، WF; لام، EC; سنت دنیس، ک. نیتیدو، AD; گارسیا، ژ. هاوزر، بی.ام. فلدمن، جی. پاولوویچ، MN; گریگوری، دی جی; پوزنسکی، ام سی؛ و همکاران چندین گونه SARS-CoV{3}} از خنثی شدن توسط ایمنی شوخ طبعی ناشی از واکسن می گریزند. سلول 2021، 184، 2372-2383. [CrossRef] [PubMed]

5. هافمن، م. آرورا، پی. گروس، آر. سیدل، ع. Hörnich، BF; هان، ع. کروگر، ن. گرایچن، ال. هافمن-وینکلر، اچ. کمپف، ا. و همکاران SARS-CoV{3}} انواع B.1.351 و P.1 فرار از آنتی بادی های خنثی کننده. سلول 2021، 184، 2384-2393. [CrossRef]

6. کانتونی، دی. مایورا-نتو، ام. نادسلینگم، ع. ولز، دی. کارنل، GW; اوهلندورف، ال. فراری، م. پالمر، پی. چان، ACY; اسمیت، پی. و همکاران سلسله‌مراتب خنثی‌سازی SARS-CoV-2 انواع نگرانی‌ها با استفاده از سنجش‌های خنثی‌سازی کمی و استاندارد شده، همبستگی با شدت بیماری را نشان می‌دهد. به سوی رمزگشایی آستانه های آنتی بادی محافظ. جلو. ایمونول. 2022, 13, 773982. [CrossRef]

7. پلاناس، دی. بروئل، تی. گرزلک، ال. Guivel-Benhassine، F. استاروپولی، آی. پوروت، اف. پلانچیز، سی. بوکریزر، جی. راجه، م.م. اسقف، ای. و همکاران حساسیت انواع SARS-CoV عفونی-2 B.1.1.7 و B.1.351 به آنتی بادی های خنثی کننده. نات پزشکی 2021، 27، 917-924. [CrossRef]

8. لوستیگ، ی. زاکرمن، ن. نمت، من. آتاری، ن. کلیکر، ال. رگو-یوچای، جی. ساپیر، ای. مور، او. آلروی-پریس، اس. مندلسون، ای. و همکاران ظرفیت خنثی سازی در برابر واکسیناسیون دلتا (B.1.617.2) و دیگر انواع نگرانی های پس از واکسیناسیون Comirnaty (BNT162b2، BioNTech/Pfizer) در کارکنان مراقبت های بهداشتی، اسرائیل. Eurosurveillance 2021, 26, 2100557. [CrossRef]

9. Ksiazek، TG; اردمن، دی. Goldsmith, CS; زکی، اس آر. پرت، تی. امری، اس. تانگ، اس. اوربانی، سی. کامر، جی. لیم، دبلیو. و همکاران یک ویروس کروناوری جدید همراه با سندرم شدید حاد تنفسی. N. Engl. جی. مد. 2003، 348، 1953-1966. [CrossRef]

10. زکی، ع.م. ون بوهمن، اس. Bestebroer، TM; Osterhaus، ADME; Fouchier، RAM جداسازی یک کروناویروس جدید از یک مرد مبتلا به ذات الریه در عربستان سعودی. N. Engl. جی. مد. 2012، 367، 1814-1820. [CrossRef]

11. لیو، دی ایکس; لیانگ، جی کیو؛ Fung، TS Human Coronavirus-229E، -OC43، -NL63، و -HKU1 (Coronaviridae). در دایره المعارف ویروس شناسی، ویرایش چهارم. Bamford, DH, Zuckerman, M., Eds. مطبوعات آکادمیک: آکسفورد، انگلستان، 2021؛ ص 428-440. شابک 978-0-12-814516-6.

12. د ویت، ای. ون دورمالن، ن. فالزارانو، دی. Munster، VJ SARS، و MERS: بینش های اخیر در مورد کروناویروس های در حال ظهور. نات Rev. Microbiol. 2016، 14، 523-534. [CrossRef]

13. Gaunt، ER; هاردی، ا. Claas، ECJ; سیموندز، پی. Templeton، KE اپیدمیولوژی و ارائه‌های بالینی چهار ویروس کرونای انسانی 229E، HKU1، NL63، و OC43 که طی 3 سال با استفاده از یک روش جدید Multiplex Real-Time PCR شناسایی شدند. جی. کلین. میکروبیول. 2010، 48، 2940-2947. [CrossRef]

14. دا ویگا، ABG; مارتینز، ال جی؛ ریدیگر، آی. مازتو، ا. دبور، MdC; Gregianini، TS بیش از یک سرماخوردگی معمولی: ویروس‌های آندمیک OC43، HKU1، NL63 و 229E مرتبط با عفونت‌های حاد تنفسی و موارد مرگبار در میان بزرگسالان سالم. جی. مد. ویرول. 2021، 93، 1002-1007. [CrossRef]

15. آردن، KE; نیسن، MD؛ اسلوت، TP; Mackay، IM New Human Coronavirus، HCoV-NL63، مرتبط با بیماری شدید دستگاه تنفسی تحتانی در استرالیا. جی. مد. ویرول. 2005، 75، 455-462. [CrossRef]

16. دست، ج. رز، EB; سالیناس، آ. لو، ایکس. Sakthivel، SK; اشنایدر، ای. شیوع بیماری تنفسی شدید واتسون، JT مرتبط با ویروس کرونای انسانی NL63 در یک مرکز مراقبت طولانی مدت. ظهور. آلوده کردن دیس 2018، 24، 1964–1966. [CrossRef]

17. هافمن، م. کلاین وبر، اچ. شرودر، اس. کروگر، ن. هرلر، تی. اریکسن، اس. Schiergens، TS; هرلر، جی. وو، N.-H. نیتچه، آ. و همکاران ورود سلول SARS-CoV به ACE2 و TMPRSS2 بستگی دارد و توسط یک مهارکننده پروتئاز اثبات شده بالینی مسدود می شود. Cell 2020, 181, 271-280.e8. [CrossRef]

18. هافمن، اچ. پیرک، ک. ون در هوک، ال. گایر، ام. برخوت، بی. Pöhlmann, S. Coronavirus انسانی NL63 از گیرنده کروناویروس سندرم تنفسی حاد برای ورود به سلول استفاده می کند. Proc. Natl. آکادمی علمی USA 2005, 102, 7988–7993. [CrossRef]

19. Hulswit، RJG; لانگ، ی. Bakkers، MJG; لی، دبلیو. لی، ز. شوتن، آ. افورست، بی. ون کوپولد، FJM؛ بونز، جی.-جی. بوش، بی.-جی. و همکاران ویروس‌های کرونای انسانی OC43 و HKU1 به ​​اسیدهای سیالیک استیله شده 9- از طریق یک مکان اتصال گیرنده حفاظت‌شده در دامنه پروتئین Spike A. Proc. Natl. آکادمی علمی ایالات متحده آمریکا 2019، 116، 2681–2690. [CrossRef]

20. Yeager, CL; اشمون، RA; ویلیامز، RK; Cardellichio، CB; شاپیرو، LH; نگاه کنید، AT. Holmes، KV Human Aminopeptidase N یک گیرنده برای ویروس کرونای انسانی 229E است. طبیعت 1992، 357، 420-422. [CrossRef]

21. وو، ک. لی، دبلیو. پنگ، جی. Li, F. ساختار کریستالی دامنه اتصال گیرنده کروناویروس تنفسی NL63 که با گیرنده انسانی آن پیچیده شده است. Proc. Natl. آکادمی علمی ایالات متحده آمریکا 2009، 106، 19970-19974. [CrossRef]

22. Meyerholz، DK; پرلمن، اس. آیا عفونت کروناویروس سرماخوردگی از بیماری شدید SARS-CoV-2 محافظت می‌کند؟ جی. کلین. تحقیق کنید. 2021، 131. [CrossRef] [PubMed]

23. رینگلندر، جی. مارتنر، ا. نیلسون، اس. وستین، جی. لیند، م. Hellstrand، K. بروز و شدت کووید-19 در بیماران با و بدون عفونت تأیید شده قبلی با کروناویروس های سرماخوردگی. ج. عفونی کردن. دیس 2021، 223، 1831-1832. [CrossRef]

24. Schnierle، BS Reply to Ringlander et al. ج. عفونی کردن. دیس 2021، 223، 1833. [CrossRef] [PubMed]

25. برتا، ا. کرینج، ام. Zipeto، D. آیا ایمنی متقاطع واکنشی باعث ایجاد بیماری زایی COVID-19 می شود؟ جلو. ایمونول. 2020، 11، 2695. [CrossRef] [PubMed]

26. Creech، CB; واکر، SC; واکسن‌های ساموئل، RJ SARS-CoV{2}}. جاما 2021، 325، 1318-1320. [CrossRef]

27. تائو، ک. تزو، PL; نوهین، ج. گوپتا، RK; د اولیویرا، تی. Kosakovsky Pond، SL; فرا، د. Shafer, RW اهمیت بیولوژیکی و بالینی انواع SARS-CoV-2 در حال ظهور. نات کشیش ژنه. 2021، 22، 757-773. [CrossRef]

28. نگوین، L.-T. اشمیت، HA; فون هازلر، ا. Minh، BQ IQ-TREE: الگوریتم تصادفی سریع و موثر برای تخمین فیلوژنی های حداکثر احتمال. مول. Biol. تکامل. 2015، 32، 268-274. [CrossRef]

29. Hoang، DT; چرنومور، او. فون هازلر، ا. Minh، BQ; Vinh، LS UFBoot2: بهبود تقریب بوت استرپ فوق سریع. مول. Biol. تکامل. 2018، 35، 518-522. [CrossRef]

30. Kalyaanamoorthy, S.; Minh، BQ; وانگ، TKF؛ فون هازلر، ا. Jermiin، LS ModelFinder: انتخاب سریع مدل برای برآوردهای دقیق فیلوژنتیک. نات Methods 2017, 14, 587-589. [CrossRef]

31. کاتوه، ک. Standley، DM MAFFT نرم افزار تراز چند دنباله ای نسخه 7: بهبود در عملکرد و قابلیت استفاده. مول. Biol. تکامل. 2013، 30، 772-780. [CrossRef]

32. جنوا، سی دی; سامپسون، ا. اسکات، اس. کانتونی، دی. مایورا-نتو، ام. بنتلی، ای. ماتیوزو، جی. رایت، ای. بیرونی، م. آولد، بی. و همکاران تولید، تیتراسیون، خنثی‌سازی، ذخیره‌سازی و لیوفیلیزاسیون کاذب‌های لنتی‌ویروسی سندرم حاد تنفسی کروناویروس 2 (SARS-CoV-2). Bio-Protocol 2021, 11, e4236. [CrossRef]

33. فرارا، اف. Temperton، N. سنجش خنثی سازی شبه گونه: از آزمایشگاه تا تجزیه و تحلیل داده ها. Protoc روشها 2018، 1، 8. [CrossRef]

34. لیو، سی. جین، اچ ام. Dejnirattisai، W. سوپاسا، پ. وانگ، بی. توکپراخون، ا. نوتالای، ر. ژو، دی. منتزر، ای جی; ژائو، ی. و همکاران کاهش خنثی سازی SARS-CoV-2 B.1.617 توسط واکسن و سرم نقاهت. Cell 2021, 184, 4220-4236.e13. [CrossRef]

35. شن، ایکس. تانگ، اچ. پاژون، ر. اسمیت، جی. گلن، جنرال موتورز؛ شی، دبلیو. کوربر، بی. Montefiori، DC خنثی سازی SARS-CoV-2 انواع B.1.429 و B.1.351. N. Engl. جی. مد. 2021، 384، 2352-2354. [CrossRef]

36. شن، ایکس. تانگ، اچ. مک دانال، سی. وگ، ک. فیشر، دبلیو. تیلر، جی. یون، اچ. لی، دی. هاینز، BF; سندرز، KO; و همکاران SARS-CoV-2 نوع B.1.1.7 نسبت به آنتی بادی های خنثی کننده ایجاد شده توسط واکسن های سنبله اجدادی حساس است. سلول میزبان میکروب 2021، 29، 529-539. [CrossRef]

37. ویلت، بی جی; گرو، جی. MacLean، OA; ویلکی، سی. دی لورنزو، جی. Furnon، W. کانتونی، دی. اسکات، اس. لوگان، ن. اشرف، س. و همکاران SARS-CoV-2 Omicron یک نوع فرار ایمنی با مسیر ورودی سلولی تغییر یافته است. نات میکروبیول. 2022، 7، 1161-1179. [CrossRef]

38. سیراکوزانو، جی. روجیرو، آ. بیسفی، ز. پیوبلی، سی. کربنار، LD; والنتی، MT; مایورا-نتو، ام. تمپرتون، ن. لوپالکو، ال. زیپتو، دی. کاهش متفاوت پاسخ آنتی بادی و حساسیت VOC در افراد ساده و آلوده قبلی در 15 هفته پس از واکسیناسیون با BNT162b2. J. Transl. پزشکی 2022، 20، 22. [CrossRef]

39. پولاک، FP; توماس، اس جی. کیچین، ن. آبسالون، ج. گورتمن، ا. لاکهارت، اس. پرز، جی ال. پرز مارک، جی. موریرا، ED; زربینی، سی. و همکاران ایمنی و اثربخشی واکسن BNT162b2 MRNA کووید{3}}. N. Engl. جی. مد. 2020، 383، 2603-2615. [CrossRef]

40. بادن، ال آر. ال سهلی، HM; اسینک، بی. کوتلوف، ک. فری، اس. نواک، آر. دیمرت، دی. اسپکتور، SA; روفائل، ن. Creech، CB; و همکاران اثربخشی و ایمنی واکسن MRNA-1273 SARS-CoV-2. N. Engl. جی. مد. 2021، 384، 403-416. [CrossRef]

41. امری، KRW; گلوبچیک، تی. Aley، PK; آریانی، رزومه; آنگوس، بی. بی بی، س. بلین، بی. بونسال، دی. سیکونی، پی. چارلتون، اس. و همکاران اثربخشی واکسن ChAdOx1 NCoV-19 (AZD1222) علیه SARS-CoV-2 نوع نگرانی 202012/01 (B.1.1.7): تجزیه و تحلیل اکتشافی یک کارآزمایی تصادفی‌سازی و کنترل‌شده. Lancet 2021، 397، 1351-1362. [CrossRef]

42. Edridge، AWD; کاچوروسکا، جی. Hoste، ACR; بیکر، ام. کلاین، ام. لونز، ک. Jebbink، MF; ماتسر، ا. Kinsella، CM; روئدا، پ. و همکاران مصونیت محافظتی فصلی ویروس کرونا کوتاه مدت است. نات پزشکی 2020، 26، 1691-1693. [CrossRef] [PubMed]

43. آلدریج، RW; لوئر، دی. بیل، اس. جانسون، AM; زامبون، م. هیوارد، ای سی Fragaszy، فصلی بودن EB و مصونیت در برابر کروناویروس های فصلی تایید شده توسط آزمایشگاه (HCoV-NL63، HCoV-OC43، و HCoV{6}}E): نتایج حاصل از مطالعه گروهی نظارت بر آنفولانزا. Wellcome Open Res 2020, 5, 52. [CrossRef] [PubMed]

44. ژانگ، S.-F. توو، J.-L. هوانگ، X.-B. زو، ایکس. ژانگ، دی.-م. ژو، ک. یوان، ال. لو، اچ.-جی. ژنگ، بی.-جی. Yuen، K.-Y.; و همکاران ویژگی‌های اپیدمیولوژیک کروناویروس‌های انسانی در بیماران مبتلا به علائم عفونت تنفسی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی HCoV-OC43 در طول 2010-2015 در گوانگژو. PLoS ONE 2018, 13, e0191789. [CrossRef] [PubMed]

45. Byington، CL; آمپوفو، ک. استاکمن، سی. آدلر، FR; هربنر، آ. میلر، تی. شنگ، ایکس. بلاشکه، ای جی; کریسپ، آر. پاویا، AT نظارت جامعه بر ویروس‌های تنفسی در میان خانواده‌ها در یوتا مطالعه شناسایی بهتر میکروب‌ها - اپیدمیولوژی ویروسی طولی (BIG-LoVE). کلین آلوده کردن دیس 2015، 61، 1217-1224. [CrossRef] [PubMed]

46. ​​ولز، دی. کانتونی، دی. مایورا-نتو، ام. جنوا، سی دی; سامپسون، ا. فراری، م. کارنل، جی. نادسلینگم، ع. اسمیت، پی. چان، آ. و همکاران خنثی سازی فصلی کرونا ویروس انسانی و شدت کووید-19. جی. مد. ویرول. 2022، 94، 4820-4829. [CrossRef]

47. شروانی، ک. شارما، آر. کریشنان، م. جونز، تی. مایورا-نتو، ام. کانتونی، دی. تمپرتون، نیوجرسی؛ دابسون، اس ال. سوبرامانیام، ک. مک نامارا، PS; و همکاران تشخیص آنتی‌بادی‌های واکنش متقاطع سرم و پاسخ حافظه به SARS-CoV-2 در نمونه‌های نقاهت قبل از همه‌گیری و پس از کووید-19. ج. عفونی کردن. دیس 2021، 224، 1305-1315. [CrossRef]

48. Ng، KW; فاکنر، ن. کورنیش، GH; رزا، ا. هاروی، آر. حسین، س. اولفرتس، آر. ارل، سی. Wrobel، AG; بنتون، دی جی; و همکاران مصونیت هومورال از قبل موجود و جدید نسبت به SARS-CoV-2 در انسان. Science 2020, 370, 1339-1343. [CrossRef]

49. وودنبرگ، ت. پلو، اس. آنا، اف. عطیا، م. دونادیو، اف. Gravet، A. لومان، سی. سرافین، اچ. گیهنوف، آر. دیلامار، سی. و همکاران مصونیت روحی در برابر SARS-CoV-2 و ویروس‌های فصلی کرونا در کودکان و بزرگسالان در شمال شرقی فرانسه. EBioMedicine 2021, 70, 103495. [CrossRef]

50. Tso، FY; Lidenge، SJ; پنا، PB; کلگ، AA; نگوی، جی آر. Mwaiselage، J. نگالامیکا، او. جولیوس، پی. غرب، JT; Wood, C. شیوع بالای واکنش متقاطع سرولوژیکی از قبل موجود در برابر کروناویروس سندرم حاد تنفسی شدید-2 (SARS-CoV-2) در جنوب صحرای آفریقا. بین المللی ج. عفونی کردن. دیس 2021، 102، 577-583. [CrossRef]

51. Laing, ED; استرلینگ، SL; ریچارد، SA; فوگات، اس. ساموئلز، EC; اپسی، نیوجرسی؛ یان، ال. مورنو، ن. کولز، سی. مهالکو، ج. و همکاران ایمونواسی میکروسفر مولتیپلکس بتاکرونا ویروس تبدیل اولیه SARS-CoV-2 و کنترل واکنش متقاطع آنتی بادی ویروس کرونای انسانی فصلی از قبل را تشخیص می‌دهد. medRxiv 2020. [CrossRef]

52. Ladner, JT; هنسون، SN; بویل، ع. Engelbrektson، AL; فینک، ZW؛ رحی، ف. دامبروزیو، جی. Schaecher، KE; استون، م. دونگ، دبلیو. و همکاران پاسخ آنتی‌بادی SARS-CoV{3}} با اپی توپ حل‌شده، واکنش‌پذیری متقاطع را با کروناویروس‌های انسانی بومی شناسایی می‌کند. Cell Rep. Med. 2021، 2، 100189. [CrossRef]

53. آهنگ، جی. او، دبلیو. کالاگان، س. آنزانلو، اف. هوانگ، دی. ریکتز، جی. تورس، جی ال. بیوتلر، ن. پنگ، ال. وارگاس، اس. و همکاران پاسخ متقابل واکنشی سرم و سلول B حافظه به پروتئین اسپایک در SARS-CoV-2 و عفونت بومی کروناویروس. نات اشتراک. 2021، 12، 2938. [CrossRef]

54. هیکس، جی. کلمپ توماس، سی. کالیش، اچ. شونموگاول، ا. مهالکو، ج. دنسون، J.-P. اسنید، KR; درو، ام. کوربت، KS; گراهام، BS; و همکاران واکنش متقاطع سرولوژیک SARS-CoV-2 با ویروس های بتاکرونا بومی و فصلی. جی. کلین. ایمونول. 2021، 41، 906-913. [CrossRef]

55. گریفونی، ع. ویسکوف، دی. رامیرز، SI; متئوس، جی. دان، جی.ام. Moderbacher، CR; Rawlings، SA; ساترلند، آ. پریمکومار، ال. Jadi، RS; و همکاران اهداف پاسخ‌های سلول T به ویروس SARS-CoV-2 در انسان‌های مبتلا به بیماری کووید-19 و افراد در معرض تماس. Cell 2020, 181, 1489–1501.e15. [CrossRef]

56. متئوس، ج. گریفونی، ع. تارک، آ. سیدنی، جی. رامیرز، SI; دان، جی.ام. برگر، ZC; Rawlings، SA; اسمیت، دی.م. فیلیپس، ای. و همکاران اپی توپ های سلول T انتخابی و متقاطع SARS-CoV-2 در انسان های مواجه نشده. Science 2020, 370, 89-94. [CrossRef]

57. سکینه، تی. پرز-پوتی، آ. ریورا-بالستروس، او. استرالین، ک. گورین، ج.-بی. اولسون، ا. Llewellyn-Lacey، S. کمال، ح. بوگدانوویچ، جی. موشیول، اس. و همکاران ایمنی قوی سلول T در افراد در حال نقاهت مبتلا به کووید بدون علامت یا خفیف-19. Cell 2020, 183, 158-168.e14. [CrossRef]

58. شولین، آی. کمینگ، جی. اوبرهارت، وی. وایلد، ک. سیدل، ال.ام. کیلمر، اس. ساغر; داول، اف. سالوات لاگو، م. دکر، ا. و همکاران خصوصیات سلول های T از قبل موجود و القا شده-2-CD خاص8+. Nat Med 2021، 27، 78-85. [CrossRef]

59. رینولدز، سی جی; سوادلینگ، ال. Gibbons, JM; پاد، سی. جنسن، نماینده مجلس؛ دینیز، MO; اشمیت، NM; باتلر، DK; امین، OE; بیلی، SNL؛ و همکاران پاسخ‌های آنتی‌بادی خنثی‌کننده ناسازگار و سلول T در عفونت بدون علامت و خفیف SARS-CoV-2. علمی ایمونول. 2020، 5، eabf3698. [CrossRef]

60. کم، JS; واکایرینیو، دی. مله، اف. فوگلیرینی، ام. جراک، ج. پروتی، ام. جاروسی، دی. یوویچ، اس. پرز، ال. کاچیاتوره، آر. و همکاران تجزیه و تحلیل کلونال ایمونودومینانس و واکنش متقابل پاسخ سلول T CD4 به SARS-CoV{4}}. Science 2021, 372, 1336–1341. [CrossRef]

61. Echeverría، G. گوارا، Á. کولوما، جی. رویز، AM; Vasquez، MM; تجرا، ای. de Waard، JH ایمنی سلول های T از قبل موجود در برابر SARS-CoV-2 در کنترل های سالم در معرض دید در اکوادور، همانطور که با آزمایش انتشار اینترفرون-گاما COVID{5}} شناسایی شد. بین المللی ج. عفونی کردن. دیس 2021، 105، 21-25. [CrossRef]

62. پوستون، دی. ویزبلوم، ی. حکیم، اچ. تمپلتون، ک. جنکس، اس. Hatziioannou، T. Bieniasz، P. عدم وجود فعالیت خنثی کننده سندرم تنفسی حاد کروناویروس 2 در سرم های پیش از همه گیری از افراد مبتلا به عفونت فصلی اخیر کروناویروس. کلین آلوده کردن دیس 2020، 73، e1208–e1211. [CrossRef] [PubMed]

63. امانت، ف. تاپا، م. لی، تی. احمد، اس ام اس; آدلسبرگ، دی سی؛ Carreño، JM; استروهمایر، اس. اشمیتز، ای جی; ظفر، س. ژو، جی کیو. و همکاران SARS-CoV{2}} واکسیناسیون MRNA آنتی بادی های عملکردی متنوعی را علیه NTD، RBD، و S2 ایجاد می کند. Cell 2021, 184, 3936-3948.e10. [CrossRef]

64. انگیال، ع. لانگت، اس. مور، SC; پین، RP; هاردینگ، آ. تیپتون، تی. رونگکرد، پ. علی، م. هرینگ، LM؛ میردون، ن. و همکاران پاسخ‌های سلول T و آنتی‌بادی به اولین دوز واکسن BNT162b2 در افراد آلوده قبلی و SARS-CoV{5}}کارمندان مراقبت‌های بهداشتی ساده در بریتانیا: یک مطالعه کوهورت آینده‌نگر چند مرکزی. Lancet Microbe 2022، 3، e21–e31. [CrossRef] [PubMed]

65. اسکلی، DT; هاردینگ، AC؛ گیلبرت-جارامیلو، جی. نایت، ام ال. لانگت، اس. براون، ا. ادل، اس. آدلند، ای. براون، اچ. تیپتون، تی. و همکاران دو دوز واکسیناسیون SARS-CoV-2 پاسخ‌های ایمنی قوی به انواع نگران کننده SARS-CoV-2 در حال ظهور ایجاد می‌کند. نات اشتراک. 2021, 12, 5061. [CrossRef] [PubMed]

66. گروبن، م. ون در استراتن، ک. بروور، پی جی؛ برینکمپر، ​​ام. Maisonnasse, P. درودر-بوسکت، ن. آپلمن، بی. لاول، AA; ون ووت، لس آنجلس; برگر، جی. و همکاران آنتی بادی های متقاطع واکنشی پس از عفونت SARS-CoV{4}} و واکسیناسیون. eLife 2021, 10, e70330. [CrossRef]

67. اندرسون، EM; گودوین، EC; ورما، ا. آروالو، CP; بولتون، ام جی؛ ویریک، من؛ گوما، س. مک آلیستر، سی ام. کریستنسن، اس آر. ویور، جی. و همکاران آنتی‌بادی‌های فصلی کروناویروس انسانی با عفونت SARS-CoV-2 تقویت می‌شوند اما با محافظت مرتبط نیستند. Cell 2021, 184, 1858–1864.e10. [CrossRef]

68. Sermet-Gaudelus, I.; تمام، س. هوون، سی. بیهیلیل، اس. گجدوس، وی. بیگوت، تی. لوریر، تی. کرتین، دی. باکوویچ، ام. دلونای مویسان، ای. و همکاران عفونت قبلی توسط کروناویروس‌های فصلی، همانطور که توسط سرولوژی ارزیابی شده است، از عفونت و بیماری SARS-CoV-2 در کودکان جلوگیری نمی‌کند، فرانسه، آوریل تا ژوئن 2020. Eurosurveillance 2021، 26، 2001782. [CrossRef]

69. گمبار، س. برگکوئیست، تی. پژاور، وی. Hammarlund، NE; موروگسان، ک. مونی، اس. شاه، ن. پینسکی، کارشناسی; بنایی، N. SARS CoV-2 عفونت و شدت کووید-19 در افراد مبتلا به عفونت فصلی قبلی کروناویروس. تشخیص دهید. میکروبیول. آلوده کردن دیس 2021, 100, 115338. [CrossRef]

70. کیان، ز. او، ایکس. Góes، LGB; آزبورن، سی. کاستانو، آ. هلمز، KV; Dominguez، SR شناسایی دامنه اتصال گیرنده گلیکوپروتئین اسپایک ویروس بتاکرونا انسانی HKU1. جی. ویرول. 2015، 89، 8816-8827. [CrossRef]

71. او، ایکس. گوان، اچ. کین، بی. مو، ز. Wojdyla، JA; وانگ، ام. دومینگز، اس آر. کیان، ز. Cui، S. ساختار کریستالی دامنه اتصال گیرنده گلیکوپروتئین اسپایک ویروس بتاکرونا انسانی HKU1. Nat Commun 2017, 8, 15216. [CrossRef]

72. Vogel، AB; کانفسکی، آی. چه، ی. سوانسون، کالیفرنیا؛ مویک، ا. ورمهر، م. کرانز، ال.ام. والزر، کی سی. هاین، اس. گولر، آ. و همکاران واکسن‌های BNT162b از ماکاک‌های رزوس در برابر SARS-CoV محافظت می‌کنند-2. طبیعت 2021، 592، 283-289. [CrossRef]

73. جکسون، لس آنجلس; اندرسون، ای جی. روفائل، NG; رابرتز، رایانه شخصی؛ ماخنه، م. کولر، RN; مک کالو، نماینده مجلس؛ چاپل، جی دی. دنیسون، ام آر؛ استیونز، ال جی. و همکاران یک واکسن MRNA علیه SARS-CoV-2—گزارش مقدماتی. N. Engl. جی. مد. 2020، 383، 1920-1931. [CrossRef]

74. لاورنز، ج. Xie، Q. زچ، اف. ویل، تی. سیدل، ع. کرناوک، دی. ون در هوک، ال. مونش، جی. مولر، جی. Kirchhoff، F. سندرم حاد تنفسی شدید کروناویروس 2 واکسیناسیون فعالیت خنثی کننده را در برابر کروناویروس های انسانی فصلی افزایش می دهد. کلین آلوده کردن دیس 2022، 75، e653–e661. [CrossRef]

75. Simula, ER; Manca، MA; جاسمی، س. اوزائو، اس. روبینو، اس. مانچیا، پ. بیتی، ا. پالرمو، ام. Sechi، LA HCoV-NL63، و SARS-CoV{4}} اپی توپ‌های شناسایی‌شده توسط پاسخ شوخ طبعی را در سرم‌های افراد جمع‌آوری‌شده قبل و در طول همه‌گیری CoV-2 به اشتراک می‌گذارند. میکروارگانیسم‌ها 2020، 8، 1993. [CrossRef]

76. چان، خ. چنگ، VCC; وو، PCY؛ لاو، SKP؛ Poon, LLM; گوان، ی. ستو، WH; یوئن، کی. پیریس، پاسخ‌های سرولوژیکی JSM در بیماران مبتلا به عفونت کروناویروس سندرم تنفسی حاد و واکنش متقابل با کروناویروس‌های انسانی 229E، OC43، و NL63. کلین واکسن ایمونول. 2005، 12، 1317-1321. [CrossRef]

77. Lin, H.-X.; فنگ، ی. تو، ایکس. ژائو، ایکس. حسیه، ج.-ح. گریفین، ال. جونوپ، م. ژانگ، سی. خصوصیات پروتئین اسپایک ویروس کرونای انسانی NL63 در اتصال گیرنده و ورود ویروس کاذب. ویروس Res. 2011، 160، 283-293. [CrossRef]

78. هاینز، FX; Stiasny، K. ویژگی‌های متمایز واکسن‌های فعلی کووید{1}}: شناخته‌شده‌ها و ناشناخته‌های ارائه آنتی‌ژن و شیوه‌های عمل. واکسن‌های npj 2021، 6، 1-13. [CrossRef]

79. Martínez-Flores, D.; زپدا-سروانتس، جی. کروز-رزندیز، آ. آگویر سامپیری، اس. سامپیری، ا. واکسن‌های Vaca، L. SARS-CoV{6}} بر اساس گلیکوپروتئین اسپایک و پیامدهای انواع جدید ویروسی. جلو. ایمونول. 2021، 12. [CrossRef]

80. Dolgin، E. خط لوله واکسن پان-کرونا ویروس شکل می گیرد. نات Rev. Drug Discov. 2022، 21، 324-326. [CrossRef]