تجزیه و تحلیل داده های توالی یابی نسل بعدی با حاشیه نویسی شده، موارد فزاینده ای از عفونت مجدد SARS-CoV-2 با Omicron را نشان می دهد

SARS-CoV-2 به طور گسترده جهش یافته و انواع نگرانی (VOC) ایجاد کرده است که منجر به افزایش آلودگی جهانی شده است. Omicron VOC، افرادی را که در معرض انواع قبلی SARS CoV{2}} قرار گرفته‌اند، با فرکانس بالاتری نسبت به مواردی که قبلاً برای VOC غیر Omicron مشاهده شده بود، دوباره آلوده می‌کند. تجزیه و تحلیل رده‌های فرعی مرتبط با عفونت اولیه Omicron و عفونت مجدد Omicron نشان می‌دهد که بروز عفونت مجدد Omicron-Omicron در فاصله زمانی کوتاه‌تری نسبت به عفونت اولیه با VOC غیر Omicron رخ می‌دهد. تجزیه و تحلیل ما نشان می‌دهد که یک عفونت منفرد از SARS-CoV-2 ممکن است ایمنی محافظتی لازم برای دفاع در برابر عفونت‌های مجدد دودمان‌های نوظهور Omicron را ایجاد نکند. این تجزیه و تحلیل با توالی یابی نسل بعدی (NGS) یک گروه دانمارکی با فراداده های بالینی در هر دو عفونت که در یک فرد اتفاق می افتد ممکن شد. پیشنهاد می‌کنیم که ادامه NGS کووید{10}} و گنجاندن فراداده‌های بالینی برای اطمینان از نظارت مؤثر بر ژنومیک SARS CoV{11}، کمک به درمان و توسعه واکسن، و راهنمایی توصیه‌های بهداشت عمومی ضروری است.

cistanche tubulosa - بهبود سیستم ایمنی

سازمان بهداشت جهانی پنج نوع نگرانی (VOC) را برای SARS-CoV-2، ویروسی که باعث COVID-19 می‌شود، تعیین کرده است: آلفا، بتا، گاما، دلتا و Omicron1. این VOC و انواع نوظهور همچنان یک مانع مهم در از بین بردن همه‌گیری SARS-CoV-2 هستند. استفاده از توالی یابی نسل (NGS) و فراداده همراه، به درک بیشتری از نحوه انتشار VOC بین میزبان 3-5 اجازه داده است. ابتکار جهانی برای به اشتراک گذاری داده های آنفلوانزای پرندگان (GISAID) تا به امروز بیش از 12 میلیون توالی SARS-CoV{10}} را فهرست بندی کرده است. تجزیه و تحلیل داده‌ها نشان می‌دهد که هر VOC با سطح متفاوتی از عفونت‌زایی و بیماری‌زایی مرتبط است. جدیدترین نوع، Omicron، یا B.1.1.529، در نوامبر 2021 کمی پس از شناسایی اولیه آن در آفریقای جنوبی و بوتسوانا1 به عنوان VOC تعیین شد. دودمان‌های فرعی Omicron از BA.1، BA.2 و BA.3 از آن زمان در سراسر جهان گسترش یافتند و به گونه‌های غالب اولیه Omicron تبدیل شدند و در هفته‌های بعد BA.4 و BA.5 به دنبال آن قرار گرفتند. به استثنای یک واکسن اختصاصی Omicron که اخیراً برای استفاده در UK9 و US10 تأیید شده است، واکسن‌های DNA، RNA و پروتئین کامل که با استفاده از توالی‌های سویه اصلی طراحی شده‌اند، به عنوان بخشی از تلاش برای کنترل همه‌گیری استفاده شده‌اند. مطالعات اخیر موارد جدیدی از عفونت‌های Omicron را مورد بررسی قرار داده‌اند که فرار از آنتی‌بادی‌های خنثی‌کننده ناشی از واکسن را نشان داده‌اند که منجر به افزایش موارد عفونت‌های پیشرفت‌کننده می‌شود. این ویروس از زمان شیوع اولیه در دسامبر 2019 به طور قابل توجهی به VOC جهش یافته است. به نظر می رسد آنتی بادی های ناشی از واکسن که قادر به اتصال به پروتئین سنبله ای است که گونه های قبلی را خنثی کرده است، مؤثر نیستند و تیتر آنتی بادی به مرور زمان کاهش می یابد. ایمنی اکتسابی با واسطه آنتی بادی ناشی از مواجهه قبلی با VOC قبلاً برای جلوگیری از عفونت Omicron کافی در نظر گرفته شده است، اما به دلیل ترکیب آنتی بادی های در حال کاهش و جهش های مختلف، ایمنی پس از COVID{41} فراهم نمی کند. محافظت کامل در برابر عفونت مجدد توسط Omicron15.

مزایای مکمل سیستانچ - افزایش ایمنی

مطالعه ما روی ژنومیک عفونت ویروسی و عفونت مجدد از Omicron و زیرمجموعه‌های آن از مجموعه داده‌های دانمارکی متشکل از ژنوم‌های SARS-CoV-2 استفاده می‌کند که از طریق NGS آنالیز شده‌اند. هر ورودی با ابرداده برای وقوع یک عفونت مجدد حاشیه نویسی شد. تجزیه و تحلیل نشان می دهد که عفونت مجدد از طریق Omicron VOC با فرکانس بالاتری در مقایسه با عفونت مجدد قبلی از طریق VOC غیر Omicron رخ می دهد. تجزیه و تحلیل بیشتر دودمان‌های فرعی نشان می‌دهد که عفونت مجدد Omicron-Omicron در یک بازه زمانی کوتاه‌تر در مقایسه با عفونت‌های قبلی غیر Omicron VOC رخ می‌دهد. این نشان می‌دهد که نوع Omicron در آلوده‌سازی مجدد میزبان‌ها از آنچه تاکنون در همه‌گیری دیده‌ایم، تواناتر و سریع‌تر است. پتانسیل جهش منجر به تشکیل VOC جدید و در نتیجه عفونت مجدد برای اطلاع از سیاست های بهداشت عمومی جاری و توسعه روش های دارویی باید دائماً نظارت شود. تجزیه و تحلیل ارائه شده در اینجا نمونه ای از تحقیقاتی است که بدون این مجموعه داده قوی و نظارت مستمر ژنومی امکان پذیر نخواهد بود. NGS ژنوم‌های ویروسی در حال ظهور باید در سرتاسر جهان با فراداده‌های دقیق‌تر ادامه یابد تا بینش بهتری در مورد پیشرفت SARS-CoV فراهم شود-2. اتحاد مجموعه داده‌های مجزا که توالی ژنوم ویروسی، فراداده و سوابق سلامت پزشکی هر فرد آلوده یا آلوده مجدد را منتقل می‌کند، برای دستیابی به این هدف ضروری است.

نتایج

SARS-CoV-2 داده های توالی یابی نسل بعدی

مزایای مکمل سیستانچ-چگونه سیستم ایمنی بدن را تقویت کنیم

برای مشاهده محصولات Cistanche Enhance Immunity اینجا را کلیک کنید

【بیشتر بخواهید】 ایمیل:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

ما تجزیه و تحلیل خود را از کنسرسیوم ژنوم کووید{0}} دانمارکی که از طریق GISAID قابل دسترسی است گزارش می‌کنیم که موارد فردی عفونت مجدد میزبان را در VOCها، از جمله زیردمان‌ها، بررسی می‌کرد. در حال حاضر 21708 مدخل عفونت مجدد از 1 مارس 2020 تا 28 آگوست 2022 در دسترس است. هر ورودی تاریخ دقیق جمع آوری عفونت اولیه و عفونت مجدد را برای همان فرد به همراه توالی های NGS برای ژنوم ویروسی عفونت دوم گزارش می کند. نقاط زمانی عفونت اولیه و عفونت مجدد به عنوان ابرداده میزبان ثبت شد که امکان اندازه‌گیری دوره بین عفونت‌ها را فراهم می‌کرد. بخش کوچک‌تری از ورودی‌های مجموعه داده (7595) دودمان Pango ویروسی هر دو عفونت، علاوه بر تاریخ جمع‌آوری، و داده‌های NGS برای نمونه‌های عفونت اولیه و عفونت مجدد از یک فرد را گزارش کردند. نامگذاری اصل و نسب Pango از NGS برای طبقه بندی فیلوژنتیکی یک ویروس بر اساس ترکیب ژنومی آن استفاده می کند که منجر به شناسایی سویه های ویروسی می شود16،17. اکثر مجموعه داده‌ها داده‌های NGS را برای عفونت اولیه نداشتند و در عوض به روش واکنش زنجیره‌ای پلیمری رونوشت معکوس (rtPCR) برای تعیین اینکه آیا سوژه در تاریخ گزارش‌شده برای SARS-CoV مثبت بود یا خیر، تکیه کردند. آزمایش rtPCR دودمان Pango ویروسی را مشخص نمی کند، و بنابراین آن نمونه ها در آنالیز نشان داده شده در شکل 1 گنجانده نشدند. از آنجایی که نمونه ها همچنان حاوی یک عفونت اولیه تایید شده بودند، آنها فقط در شکل 2a گنجانده شدند، به عنوان NGS از عفونت مجدد تاییدی از نوع دودمان Pango مورد نیاز برای تجزیه و تحلیل است. زیر مجموعه کوچکی از موارد، 70، (<1% of total cases) had identical Pango lineages for the initial infection and reinfection. These cases were removed from the dataset because they did not satisfy the strict Pango lineage filtering methodology. This threshold was chosen because even with small nucleotide or amino acid differences within the same Pango lineage, those entries could be consistent with persistent and unresolved infection rather than reinfection18.

درصد عفونت مجدد و فواصل بر اساس نوع

برای هر VOC مشخص شده توسط NGS که با داده های مربوط به اصل و نسب Pango کشف و گزارش شده است، ما یک فرکانس آلودگی مجدد رو به افزایش به نفع عفونت مجدد با Omicron VOC پیدا کردیم (p < 0.0001، تست مجذور کای) (شکل 1a). 26 درصد از افراد آلوده به سویه ویروسی اصلی، فرکانس عفونت مجدد را با انواع بعدی به طور فزاینده ای نشان دادند. کسانی که در ابتدا با نوع آلفا آلوده شده بودند هیچ موردی از عفونت مجدد به دلیل آلفا نداشتند. با این حال، افزایش فراوانی عفونت مجدد از دلتا (2.3٪، 169 مورد) و Omicron (25.1٪، 1875 مورد) مشاهده شد (شکل 1a). برای کسانی که در ابتدا به دلتا آلوده شده بودند، عفونت مجدد به دلیل نوع دلتا محدود بود (<1%, 18 cases), but 41% (3060 cases) were reported for Omicron variant reinfections. Thus far in the pandemic, reinfection within the same variant but different sub-lineages, other than for Omicron, was found to be small (0.3%, 24 cases), yet a higher number of individuals initially infected with Omicron report reinfection due to Omicron sublineages (4.6%, 340 cases). There is a high frequency of reinfection with Omicron among all those reinfected since March 2020, during which time a total of 93.2% reinfections were due to Omicron. These results suggest that primary infection with either the Original, Alpha, or Delta variant does not provide sufficient protection against reinfection, in particular for an Omicron reinfection.

مزایای مکمل سیستانچ-چگونه سیستم ایمنی بدن را تقویت کنیم

به منظور بررسی بیشتر این موضوع، موارد عفونت مجدد Omicron به Omicron را بر اساس نام اصلی آنها طبقه بندی کردیم (شکل 1b). دودمان‌های BA.2، BA.4 و BA.5 در مقایسه با سایر دودمان‌های Omicron، توالی‌های آمینو اسیدی را به اشتراک می‌گذارند. فقط سه تفاوت جهشی در پروتئین اسپایک بین BA.2 و هر دو BA.4 و BA.5 وجود دارد: del69-70، L452R، و F486V8. علیرغم این شباهت، فراوانی بالایی از عفونت‌های مجدد Omicron به Omicron با تفاوت معنی‌دار بین توزیع شمارش مشاهده شده و توزیع شمارش مورد انتظار گزارش شد، که نشان می‌دهد بین دودمان فرعی Omicron برای عفونت مجدد رابطه وجود دارد و به دلیل آن نیست. شانس (p < 0.0001، آزمون مجذور کای) (شکل 1b). افرادی که در ابتدا به زیرمجموعه BA.1 آلوده شده بودند، فراوانی بالایی از کل عفونت‌های مجدد Omicron به Omicron را به خود اختصاص دادند (62٪، 211 مورد) و عفونت دوم عمدتاً توسط BA.2 (20٪، 68 مورد) یا BA ایجاد شد. 0.5 (30٪، 102 مورد) (شکل 1b). به طور مشابه، افرادی که در ابتدا با BA.2 آلوده شده بودند، فراوانی نسبتاً بالایی از عفونت مجدد (38٪، 129 مورد) با BA.5 (26.2٪، 89 مورد) را نشان دادند (شکل 1b). عفونت هایی که در شکل 1b به عنوان "سایر" تعیین شده اند، نامگذاری مشترکی برای تعیین اصل و نسب ندارند. فرکانس بالای عفونت مجدد نشان می دهد که تفاوت مشخص شده در پروتئین BA.1 یا BA.2 و BA.5 به اندازه کافی زیاد است که مانع از توانایی آنتی بادی های خنثی کننده پس از عفونت از BA.1 یا BA.2 برای اتصال به BA شود. .5 پروتئین اسپایک12،16. دودمان‌های BA.1، BA.4، و سایر گونه‌های Omicron با حاشیه‌نویسی کمتر، در مقایسه با BA.2 و BA.5، سطح عفونت‌زایی مجدد کمتری داشتند.

شکل 1 درصد مورد عفونت مجدد و فواصل بر اساس متغیر. یک نقشه حرارتی که فراوانی کل عفونت مجدد بین دو نوع را برای هر دو عفونت اولیه و عفونت مجدد در دانمارک نشان می دهد. تعداد خام در زیر مقدار فرکانس در پرانتز نشان داده شده است. هیچ داده ای برای مربع های سفید خالی در دسترس نبود. n=7467 مورد عفونت مجدد. b Heatmap که فرکانس عفونت مجدد بین عفونت اولیه Omicron و عفونت دوم Omicron توسط زیر خط در دانمارک را نشان می دهد. تعداد خام در زیر مقدار فرکانس در پرانتز نشان داده شده است. هیچ داده ای برای مربع های سفید خالی در دسترس نبود. n=340 موارد عفونت مجدد Omicron به Omicron. c Scatterplot زمان بین موارد (هفته ها) برای اولین و دومین عفونت انواع مختلف در دانمارک را نشان می دهد. میانگین گروه ها با نوارهای سیاه نشان داده شده است. مربع قرمز تعدادی از موارد اولیه Omicron به Omicron ذکر شده در متن را که قبل از یک دوره 10-هفته ای رخ داده اند، برجسته می کند. n=7467 مورد عفونت مجدد. d نمودار پراکندگی برای زمان بین موارد (هفته) برای عفونت های Omicron به Omicron بر اساس اصل و نسب در دانمارک. میانگین گروه ها با نوارهای سیاه نشان داده شده است. مربع قرمز موارد اولیه Omicron به Omicron ذکر شده در متن را برجسته می کند که قبل از یک دوره 10-هفته ای برای یک زیرمجموعه خاص رخ می دهد. n=340 موارد عفونت مجدد Omicron-to-Omicron.

شکل 2 درصد عفونت مجدد و شمارش توالی. درصدهای توالی دانمارکی در طول زمان طبقه بندی شده توسط متغیر به عنوان نمودار خطی با یک همپوشانی نمودار نوار نشان دهنده درصد آلودگی دوم طبقه بندی شده توسط گونه ای که شامل داده های NGS و rtPCR است. b شمارش توالی در سراسر جهان بر اساس قاره در یک دوره زمانی یک ماهه طبقه بندی شده است. همچنین داده ها به صورت درصدی از موارد توالی شده در دوره های یک ماهه در شکل تکمیلی 2 نشان داده شده است.

کاهش آنتی‌بادی‌های خنثی‌کننده به دنبال عفونت، نگرانی‌هایی را برای مدت زمان ماندگاری ایمنی طبیعی در یک فرد ایجاد می‌کند. مدل‌های Pre-Omicron بیش از 90% اثربخشی ایمنی اولیه پس از عفونت را تخمین زدند، اما این تخمین‌ها پس از 108 هفته به کمتر از 10% کاهش یافت. شکل‌های 1c و d زمان بین آلودگی‌ها توسط اولین و دومین VOC مشاهده شده در طول همه‌گیری را نشان می‌دهند. روند گام به گام افزایش زمان برای عفونت مجدد بین VOC های مختلف به دلیل زمان ظهور، گسترش و تسلط آنها در همه گیری نشان داده شده است (شکل 1c). به طور خاص، رویدادهای عفونت مجدد Omicron به Omicron در کمتر از 3 هفته پس از عفونت اولیه، با میانگین 22 هفته ظاهر می شود (شکل 1c). از این عفونت‌های مجدد Omicron به Omicron، 50 مورد از مجموع 340 مورد (14.7%) در 10 هفته پس از عفونت اولیه رخ می‌دهد. با یک کادر قرمز در شکل 1c مشخص شده است. آزمون t برای معنی‌داری زمان بین این عفونت‌های مجدد Omicron به Omicron که قبل و بعد از 10 هفته رخ می‌دهد، انجام شد. این دو زیر گروه اهمیت میانگین زمان عفونت مجدد را نشان می‌دهند (0001/0p<، فاصله اطمینان (CI): 17.17-20.19% 95). این منجر به تجزیه و تحلیل بیشتر شد تا مشخص شود چه چیزی می تواند باعث این توزیع دووجهی قابل توجه در گروه عفونت مجدد Omicron-Omicron شود. این عفونت‌های مجدد از شکل 1c توسط زیردمان در شکل 1d طبقه‌بندی شده‌اند. وقوع عفونت مجدد قبل از 10 هفته، که با کادر قرمز در شکل 1d مشخص شده است، عمدتاً ابتدا با BA.1 و سپس عفونت مجدد با BA.2 مرتبط است. تجزیه و تحلیل واریانس (ANOVA) (داده‌های تکمیلی 1) بین این گروه‌ها در شکل 1d انجام شد. .

درصد مورد عفونت مجدد

با استفاده از مجموعه داده ترکیبی از نمونه‌های NGS و rtPCR همانطور که قبلاً توضیح داده شد، تعداد بیشتری از عفونت‌های مجدد در هشت ماه گذشته (دسامبر 2{12}}21 تا ژوئیه 2022) در مقایسه با سایر VOCها در سال گذشته گزارش شده است (شکل . 2 الف). نسبت دودمان های فرعی Omicron در برابر عفونت های کل در دانمارک در شکل تکمیلی به تفصیل آمده است. 1. در طول موج جهانی آلودگی Omicron، دانمارک 19.5٪ نسبت اوج عفونت مجدد از کل موارد نمونه برداری شده در ژوئیه 2022 را داشت. در مقایسه، اوج 1.4٪ از کل موارد در طول موج دلتا به عنوان عفونت مجدد گزارش شد. این تفاوت سطح بالای عفونت های مجدد مشاهده شده در طول پیشرفت همه گیری به Omicron VOC را برجسته می کند. علاوه بر این، داده ها نشان می دهد که زمانی که نوع غالب عفونت تقریباً به طور مساوی در 50٪ بین Delta و Omicron توزیع شده بود، توزیع یکنواختی از عفونت مجدد وجود نداشت. عفونت مجدد در آن زمان، دسامبر 2021، در 0.6٪ موارد توسط Delta و در 1.6٪ موارد توسط Omicron ایجاد شد. این یک یافته مهم بین دلتا و Omicron است زیرا احتمال قرار گرفتن در معرض تقریباً یکسان بود، اما احتمال عفونت مجدد چنین نبود.

بحث

نتایج ما در این عکس فوری از داده های منطقه ای موجود، دو مفهوم اساسی را نشان می دهد. اولاً، افراد مجدداً با SARS-COV-2 آلوده می‌شوند و به نظر می‌رسد عفونت‌های مجدد Omicron به Omicron با فرکانس بالاتری نسبت به عفونت‌های مجدد مرتبط با VOC قبلی نزدیک‌تر به هم رخ می‌دهند. تعدادی از مطالعات قبلی فرکانس‌های عفونت مجدد در SARS-CoV-2، از جمله Omicron را بررسی می‌کنند، و در حالی که این نوع مطالعات بینش‌های ارزشمندی ارائه می‌دهند، اغلب تنها به داده‌های PCR محدود می‌شوند، و دودمان Pango را مشخص نمی‌کنند. بنابراین توانایی به دست آوردن بینش در مورد همه گیری را محدود می کند. دوم، نیاز مداوم به NGS با فراداده بالینی همراه بیمار برای مشاهده مداوم تغییرات در نرخ عفونت ویروسی و کارایی واکسن وجود دارد. ردیابی موثر ژنومی به ما امکان می دهد روندهای عفونت ویروسی را درک کنیم و سطح تهدید فعلی VOC های نوظهور را ارزیابی کنیم. ما شاهد سطح بی‌سابقه‌ای از همکاری علمی در سراسر جهان با هدف گرفتن توالی‌های ویروسی از افراد آلوده برای ایجاد یک پایگاه داده در معرض دید عموم بوده‌ایم. این همکاری داده‌های ارزشمندی را در اختیار عموم قرار داده است تا بتوانیم تغییرات ژنومیک ویروسی را نظارت کنیم، مطالعات اپیدمیولوژیک انجام دهیم، خط‌مشی‌های بهداشت عمومی را هدایت کنیم و طراحی واکسن را اطلاع دهیم. اگرچه GISAID در زمان این تجزیه و تحلیل بیش از 12 میلیون توالی در دسترس دارد، نرخ توالی فعلی به طور قابل توجهی در حال کاهش است. تفکیک تعداد NGS بر اساس قاره با کاهش اخیر در آمریکای شمالی و اروپا نشان داده شده است (شکل 2b). این کاهش بر توانایی جامعه علمی ما برای تجزیه و تحلیل SARS-CoV-2 و COVID-19 تأثیر منفی می‌گذارد زیرا داده‌های اصل و نسب Pango را فقط می‌توان از داده‌های NGS تولید کرد. علاوه بر این، توالی‌یابی ژنومی موجود در حال حاضر اغلب به عنوان عفونت اولیه یا عفونت مجدد گزارش می‌شود، اما داده‌های NGS عفونت اولیه و عفونت مجدد معمولاً با هم برای یک فرد گزارش نمی‌شوند. مجموعه داده دانمارک اهمیت گزارش داده‌های NGS برای هر فرد را به‌عنوان وسیله‌ای برای تجزیه و تحلیل خطر عفونت مجدد نشان می‌دهد. این یک گروه منحصر به فرد در پایگاه داده GISAID است زیرا 21708 ژنوم با حاشیه نویسی خوب از دانمارک در این مطالعه استفاده شده است. کمتر از 2،{21}} ژنوم عفونت مجدد مشروح اضافی در سرتاسر جهان با سطوح محدودی از جزئیات عفونت مجدد و اغلب پیوندهای بیمار وجود ندارد. اندازه این مطالعه، و همچنین اندازه نسبی دانمارک و تراکم جمعیت، به کاهش تعصبات در تحلیل‌ها کمک می‌کند. از آنجایی که عفونت مجدد نه تنها برای عفونت دوم، بلکه برای عفونت سوم و چهارم رایج‌تر می‌شود، داده‌های گزارش‌شده در سراسر جهان می‌توانند بینش بیشتری در مورد عفونت مجدد ارائه دهند. علاوه بر این، عفونت‌های مزمن را می‌توان با چندین آنالیز NGS روی نمونه‌ها در طول زمان تجزیه و تحلیل کرد تا نحوه تکامل ویروس در یک میزبان خاص درک شود.

عفونت مجدد می تواند تحت تأثیر سوگیری های خارجی و غیر بیولوژیکی مانند دوره های قرنطینه و اقدامات محافظتی مانند ماسک ها، واکسن ها و محدودیت های مختلف قرار گیرد. قرنطینه ملی در 11 مارس 2020 در دانمارک اعمال شد و دو مرحله بازگشایی اندکی پس از آن در 6 آوریل و 27 مه اتفاق افتاد. دومین قرنطینه ملی در 16 دسامبر 2020 با بازگشایی مجدد در دو مرحله در 16 فوریه و 1 مارس 2021 اعمال شد. همه محدودیت‌ها مانند الزامات ماسک، محدودیت اندازه در تجمعات و محدودیت‌های عملیات تجاری در سپتامبر 2021 برداشته شدند. علیرغم برقراری مجدد این محدودیت ها برای کمک به کاهش انتشار ویروس از دسامبر 2021 تا فوریه 2022، 7084 مورد عفونت مجدد Omicron مشاهده شده در این دوره نشان دهنده افزایش از 1.5 به 6٪ بود، سطح عفونت مجدد که قبلاً دیده نشده بود (شکل 2a). دانمارک اولین کشور در جهان شد که برنامه واکسیناسیون خود را متوقف کرد و واکسیناسیون اولیه را از 15 مه 2022 متوقف کرد. استدلال این بود که 81٪ از کشور واکسینه شده بودند و 62٪ از فوریه 2022 واکسیناسیون سوم را دریافت کرده بودند. پایان دادن به برنامه واکسیناسیون می تواند به طور بالقوه باعث افزایش نرخ عفونت اولیه و عفونت مجدد شود زیرا هنوز بخش قابل توجهی از افراد واکسینه نشده در دانمارک 21-24 وجود دارد. یک نگرانی در همه‌گیری کووید{25}} این است که به دلیل کاهش تیتر آنتی‌بادی‌های خنثی‌کننده، عفونت‌های پیشرونده در افراد واکسینه‌شده از واریانت‌ها و زیرمجموعه‌های آنها رخ دهد. ما نمی‌توانستیم این را در مطالعه خود تجزیه و تحلیل کنیم زیرا متادیتای همراه که نوع واکسن، تعداد دوزهای دریافتی و تاریخ تجویز را انتقال می‌دهد وجود نداشت. فراداده‌های واکسیناسیون و موارد دیگر، مانند سن یا شرایط بهداشتی از قبل موجود، می‌تواند امکان تجزیه و تحلیل عفونت مجدد را در سطح حفاظت یا خطر با جزئیات بیشتر به صورت موردی فراهم کند. مطالعات از این نوع ابرداده برای تجزیه و تحلیل عفونت مجدد Omicron استفاده کرده‌اند، اما داده‌های NGS که دودمان Pango را تعریف می‌کند، به جای rtPCR25،26 وجود ندارد. تجزیه و تحلیل در قطر توسط rtPCR محدود شد، اما به این نتیجه رسید که در برابر BA.4 یا BA.5 در سطح متوسطی از عفونت غیر Omicron قبلی وجود دارد، اما پس از عفونت Omicron قوی‌تر بود. افراد همچنان می‌توانستند بدون در نظر گرفتن اولین نوع عفونت مجدداً آلوده شوند، اما جالب است که این امر برای افراد واکسینه شده تغییر چندانی نکرده است. به افراد واکسینه شده پیشنهاد شد که محافظت کمی در برابر عفونت مجدد داشته باشند. یافته‌های مطالعه در قطر توسط یک تست rtPCR مثبت که برای حذف پروتئین Spike مشترک با تاریخ نوع غالب، BA.4 یا BA.5 طراحی شده است، به دست آمده است. از آنجایی که این حذف در چندین زیرمجموعه Omicron، BA.4، و BA.5 وجود دارد، آنها را نمی توان برای تجزیه و تحلیل بدون تأیید اصل و نسب Pango توسط NGS20 جدا کرد. ما قویاً معتقدیم که توالی‌یابی نسل بعدی نمونه‌های SARS CoV{44}} باید با افزودن ابرداده‌هایی که میزبان را توصیف می‌کند ادامه یابد. در حالی که کاهش توالی‌یابی نگران‌کننده است، ادغام داده‌های یک انسان منفرد روی منابع متعدد، یک پیشرفت اساسی برای کشف بینش‌های جدید در مورد COVID{45}} است. به عنوان مثال، پیوند توالی‌یابی نسل بعدی برای شناسایی ژنوم ویروس، سوابق پزشکی برای بررسی سن و شرایط از پیش موجود، و ابرداده برای ردیابی زمان و وضعیت عفونت مجدد مهم است.

گیاه سیستانچ سیستم ایمنی را افزایش می دهد

در مورد عفونت مجدد، توالی‌بندی اطلاعاتی که هم زمان بین عفونت‌ها و هم ترکیب ژنوم ویروسی هر عفونت را مشخص می‌کند، برای اطلاع‌رسانی به توصیه‌های بهداشت عمومی دقیق و طراحی داروهای مؤثر و طولانی‌مدت ضروری است. مطالعه ما نشان می‌دهد که عفونت‌های مجدد با Omicron VOC با فرکانس بالاتر و در بازه زمانی کوتاه‌تری نسبت به سایر VOCهایی که در اوایل دوره همه‌گیری مشاهده شده بود، رخ می‌دهد. این پیامدهای قابل توجهی برای سیاست گذاران بهداشت عمومی دارد. تجزیه و تحلیل ارائه شده در اینجا نمونه ای از تحقیقاتی است که بدون این مجموعه داده قوی امکان پذیر نخواهد بود که نیاز به ادامه NGS در سراسر جهان دارد و با اتحاد مجموعه داده هایی که توالی ژنوم ویروسی، فراداده و سلامت پزشکی هر فرد آلوده یا مجدداً آلوده شده را منتقل می کند، بیشتر بهبود می یابد. سوابق.

مطالعه ما نشان می‌دهد که عفونت‌های مجدد با Omicron VOC در فرکانس بالاتر و در بازه زمانی کوتاه‌تری نسبت به سایر VOCهای قبلی در طول همه‌گیری مشاهده شده است. با این حال، توانایی ما برای اندازه‌گیری و کمیت شیوع ویروسی به دلیل کاهش بودجه/توانایی/ توالی‌یابی مداوم نمونه‌های بیمار، به طور تصاعدی کاهش یافته است.

منابع

1. ویانا، آر و همکاران. گسترش سریع اپیدمی SARS-CoV-2 نوع Omicron در جنوب آفریقا. Nature 603, 679-686 (2022).

2. اولیو-بارتون، ام. و همکاران. حذف در مقابل کاهش SARS-CoV-2 در حضور واکسن‌های مؤثر. Lancet Glob. Health 10, e142–e147 (2022).

3. Khare, S. et al. نقش GISAID در پاسخ به بیماری همه گیر چین CDC Wkly. 3، 1049–1051 (2021).

4. گومز، CE، Perdiguero، B. و Esteban، M. گونه‌های نوظهور SARS-CoV-2 و تأثیر آن در برنامه‌های واکسیناسیون جهانی علیه SARS-CoV-2/COVID-19. واکسن 9، 243 (2021).

5. وو، اچ و همکاران. جهش‌های نوکلئوکپسید R203K/G204R باعث افزایش عفونت، تناسب اندام و بیماری‌زایی SARS-CoV می‌شوند{4}}. سلول میزبان میکروب 29، 1788-1801.e6 (2021).

6. رحمان، اس و همکاران. عفونت مجدد کووید-19 در بین افراد آلوده و واکسینه شده طبیعی. علمی Rep. 12, 1438 (2022).

7. پولیام، JRC و همکاران. افزایش خطر عفونت مجدد SARS-CoV-2 مرتبط با ظهور Omicron در آفریقای جنوبی. Science 376, eabn4947 (2022).

8. تگالی، اچ و همکاران. ظهور SARS-CoV-2 دودمان BA.4 و BA.5 Omicron در آفریقای جنوبی. نات. پزشکی 28، 1785–1790 (2022).

9. Mahase، E. Covid-19: بریتانیا واکسن omicron BA.1 Moderna را به عنوان بخشی از برنامه تقویت کننده پاییزی عرضه خواهد کرد. BMJ 378, o2038 (2022).

10. CDC. CDC اولین تقویت کننده کووید-19 به روز شده را توصیه می کند. https://www. cdc.gov/media/releases/2022/s0901-covid-19-booster.html (2022).

11. یو، جی و همکاران. خنثی سازی انواع SARS-CoV-2 Omicron BA.1 و BA.2. N. Engl. جی. مد. 386، 1579-1580 (2022).

12. Tuekprakhon، A. et al. فرار آنتی بادی SARS-CoV-2 Omicron BA.4 و BA.5 از واکسن و سرم BA.1. سلول 185، 2422-2433.e13 (2022).

13. کورهاده، سی و همکاران. خنثی سازی Omicron BA.1، BA.2، و BA.3 SARS CoV-2 توسط 3 دوز واکسن BNT162b2. نات. اشتراک. 13, 3602 (2022).

14. Woodbridge، Y.، Amit، S.، Huppert، A. & Kopelman، NM دینامیک بار ویروسی انواع SARS-CoV-2 دلتا و Omicron به دنبال دوزهای متعدد واکسن و عفونت قبلی. نات. اشتراک. 13, 6706 (2022).

15. گلدبرگ، ی و همکاران. حفاظت و کاهش ایمنی طبیعی و ترکیبی در برابر SARS-CoV-2. N. Engl. جی. مد. 386، 2201–2212 (2022).

16. Rambaut، A. et al. یک پیشنهاد نامگذاری پویا برای دودمان SARS-CoV-2 برای کمک به اپیدمیولوژی ژنومی. نات. میکروبیول. 5، 1403-1407 (2020).

17. O'Toole, Á., et al. تخصیص دودمان اپیدمیولوژیک در یک بیماری همه گیر در حال ظهور با استفاده از ابزار Pangolin. ویروس تکامل. 7, veab064 (2021).

18. Weigang، S. et al. تکامل درون میزبان SARS-CoV-2 در یک بیمار مبتلا به کووید-19 سرکوب شده سیستم ایمنی به عنوان منبع انواع فرار ایمنی. نات. اشتراک. 12, 6405 (2021).

19. Prillaman، M. یک عفونت کروناویروس دیگری را دفع می‌کند - اما فقط در صورتی که نوع مشابهی باشد. طبیعت https://doi.org/10.1038/d{3}} (2022)

20. الطراونه، ح.ن و همکاران. اثر محافظتی عفونت قبلی SARS-CoV-2 در برابر زیر متغیرهای Omicron BA.4 و BA.5. N. Engl. J. Med 387, 1620–1622 (2022).

21. دانیلسن، اس.، جونسن، ا.، اندرسن، پی کی، مدسن، تی و استرندبرگ-لارسن، ک. علائم خود آسیبی، خودکشی و اختلال خوردن در بزرگسالان جوان به دنبال قرنطینه‌های COVID{3}} در دانمارک. نات. هوم رفتار https://doi. org/10.1038/s41562-022-01511-7. (2023)

22. Peltier E. دانمارک، مملو از موارد ویروسی، از نگرش "بیاورید" استقبال می کند. نیویورک تایمز https://www.nytimes.com/2022/02/08/world/ europe/denmark-covid-infections.html (2022).

23. Ellyatt H. Danmark اولین کشوری است که برنامه واکسیناسیون کووید{1}} خود را متوقف می‌کند. CNBC https://www.cnbc.com/2022/04/28/denmark-the-first country-to-halt-its-covid-vaccination-program.html (2022).

24. دانمارک محدودیت های کووید علیرغم افزایش موارد برداشته شد. بی بی سی https://www. bbc.com/news/world-europe-60215200 (2022).

25. Eythorsson، E.، Runolfsdottir، HL، Ingvarsson، RF، Sigurdsson، MI & Palsson، R. میزان عفونت مجدد SARS-CoV-2 در طول موج Omicron در ایسلند. JAMA Netw. Open 5, e2225320 (2022).

26. کارازو، اس و همکاران. محافظت تخمینی از عفونت قبلی SARS-CoV-2 در برابر عفونت مجدد با نوع Omicron در میان افراد واکسینه شده و غیر واکسینه شده با RNA پیام رسان در کبک، کانادا. JAMA Netw. Open 5, e2236670 (2022).

27. فلاحی، س. و کنارکوهی، ع. کووید{1}} عفونت مجدد: ریزش طولانی مدت یا عفونت مجدد واقعی؟ N. میکروب ها N. Infect. 38, 100812 (2020).

28. Burkholz, S. et al. کد برای: افزایش موارد SARS-CoV-2 عفونت مجدد Omicron ایمنی ناکارآمد پس از کووید-19 را در دانمارک نشان می‌دهد و نیاز به تداوم توالی‌یابی نسل بعدی را نشان می‌دهد. https://doi. org/10.5281/ZENODO.7659150. (2023).