مکانیسم اثرات استروژن مانند گلیکوزیدهای Cistanche Deserticola: بینش از فارماکولوژی شبکه و رونوشت

3. نتایج تجربی

3.1 نتایج تجزیه و تحلیل فارماکولوژی شبکه

3.1.1 تجزیه و تحلیل شبکه اثرات استروژن مانند اجزای فعال GCS

در مجموع 40 ترکیب در GC (جدول 1) با استفاده ازTCMSP, میانه, ETCM, بخیهوتقصاربانکهای اطلاعاتی پس از حذف نسخه های تکراری ، 183 هدف جمع آوری شد. ازژنتیکوتامیماز پایگاه داده ها ، "کمبود استروژن" یا "سطح استروژن پایین" به عنوان کلمات کلیدی برای بازیابی اهداف مرتبط با بیماری استفاده شد. ترکیب اهداف از هر دو منبع و از بین بردن نسخه های تکراری منجر به 1712 هدف بیماری شد.

با استفاده ازcytoscape v3.9.1، یک شبکه "ترکیب - هدف" (CT) تجسم شد (شکل 1). این شبکه شامل 223 گره است: 40 گره که نمایانگر اجزای فعال GCS و 183 گره است که اهداف را نشان می دهد ، که توسط 253 لبه متصل شده است. با استفاده از پلت فرم آنلاین Venn Diagram ، تقاطع ژن های هدف 40 GCS خاص و ژنهای هدف مانند استروژن 72 ژن هدف "GCS-strogen مانند" همپوشانی داشت (شکل 2).

 

مکمل های Cistanche برای عملکرد جنسی مردان

WhatsApp ما برای اطلاعات بیشتر

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 غربالگری اهداف اصلی و تجزیه و تحلیل شبکه PPI

پارامترهای توپولوژیکی شبکه (مدرک ، مرکزیت بین سلسله و مرکزیت نزدیکی) مورد بررسی قرار گرفت. مقادیر متوسط ​​این پارامترها به عنوان آستانه استفاده شد. اهداف مطابق با هر سه معیار آستانه به عنوان اهداف اصلی برای اثرات استروژن مانند GCS انتخاب شدند. در مجموع 24 هدف اصلی مشخص شد. با استفاده ازcytoscape v3.9.1، یک شبکه "ترکیب - هدف اصلی - استروژن مانند" تجسم شد (شکل 3). علاوه بر این ، یک شبکه PPI از اهداف اصلی ساخته شد (شکل 4).

 

3.1.3 GO تجزیه و تحلیل غنی سازی مسیر کاربردی و KEGG

از تجزیه و تحلیل عملکردی GO ، 35 ورودی مهم مشخص شد. بر اساس مقادیر p اصلاح شده ، 20 مسیر برتر انتخاب شدند (شکل 6). این عملکردهای مولکولی در درجه اول مانند اتصال گیرنده سیتوکین ، اتصال گیرنده استروژن ، اتصال گیرنده فاکتور رشد و فعالیت گیرنده هسته ای.

تجزیه و تحلیل غنی سازی مسیر KEGG 83 مسیر مهم سیگنالینگ را مشخص کرد. 20 مسیر برتر ، رتبه بندی شده توسط مقادیر P اصلاح شده ، تجسم شد (شکل 7). مسیرهای مرتبط با استروژن شامل:

فاکتور نکروز تومور (TNF) مسیر سیگنالینگ

interleukin -17 (il -17) مسیر سیگنالینگ

فاکتور القایی هیپوکسی -1 (HIF -1) مسیر سیگنالینگ

مسیر سیگنالینگ استروژن

این مسیرها نقش مهمی در اثرات استروژن مانند GC دارند.

3.2 ادغام با داده های transcriptomic

3.2.1 تجزیه و تحلیل همبستگی بین اهداف پیش بینی شده و داده های رونویسی

با استفاده ازHGNCبانک اطلاعاتی ، 24 ژن هدف اصلی پیش بینی شده توسط فارماکولوژی شبکه به ژنهای موش همولوگ تبدیل شدند و در نتیجه 31 ژن انجام شد. پس از حذف نسخه های تکراری ، 29 ژن باقی مانده است. با مقایسه با داده های Transcriptomic ، تمام 29 هدف اصلی (به جزMCL1وتGCG) تغییرات بیان ژن را نشان داد. نتایج در جدول 2 نشان داده شده است.

3.2.2 تجزیه و تحلیل همبستگی بین مسیرهای KEGG از فارماکولوژی شبکه و رونوشت

پس از تبدیل ژنهای هدف اصلی به ژنهای موش صحرایی همولوگ ، تجزیه و تحلیل غنی سازی مسیر KEGG انجام شد. در مجموع 1 مسیر 1 {1}} 8 مسیر (با padjust <0. 05) برای ژنهای هدف اصلی مشخص شد. تجزیه و تحلیل غنی سازی KEGG از داده های توالی Transcriptomic 107 مسیر را شناسایی کرد (با Padjust <0.05). نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل همبستگی بین فارماکولوژی شبکه و رونوشت در شکل 8 نشان داده شده است.

68 مسیر همپوشانی وجود داشت ، از جمله:

مسیر سیگنالینگ استروژن

مسیر سیگنالینگ کمپ

مسیر سیگنالینگ TNF

مسیرهای همپوشانی بیش از 60 ٪ از کل مسیرها را به خود اختصاص داده است.