DNA متیلوم و ترانسکریپتوم ژن ها و مسیرهای کلیدی دخیل در تشکیل پوسته تخم مرغ خالدار را در مرغ های تخمگذار مسن شناسایی کردند

خلاصه

زمینه

کیفیت پوسته تخم مرغ ارتباط تنگاتنگی با سودآوری تولید تخم مرغ دارد. لکه های پوسته تخم مرغ منعکس کننده یک ویژگی کیفی مهم است که بر ظاهر تخم مرغ و ترجیح مشتری تأثیر می گذارد. با این حال، مکانیسم تشکیل لکه به خوبی شناخته نشده است. در این مطالعه به طور سیستماتیک شاخص‌های ایمنی و آنتی‌اکسیدانی سرم مرغ‌های تخم‌گذار خالدار و معمولی را مقایسه کردیم. از آنالیزهای رونوشت و متیلوم برای روشن کردن مکانیسم تشکیل لکه پوسته تخم مرغ استفاده شد.

فواید سیستانچ برای مردان - تقویت سیستم ایمنی بدن

برای مشاهده محصولات Cistanche Enhance Immunity اینجا را کلیک کنید

【بیشتر بخواهید】 ایمیل:cindy.xue@wecistanche.com / Whats App: 0086 18599088692 / Wechat: 18599088692

نتایج

نتایج نشان داد که هفت ژن با بیان متفاوت (DEGs) بین دو گروه نرمال و لکه‌دار شناسایی شدند. تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژن (GSEA) نشان داد که ژن های بیان شده عمدتاً در مسیر سیگنال دهی کلسیم، چسبندگی کانونی و مسیر سیگنالینگ MAPK غنی شده بودند. علاوه بر این، 282 ژن متیله متفاوت (DMGs) شناسایی شد که 15 ژن از جمله ARNTL، CAV1 و GCLC با پیری مرتبط بودند. تجزیه و تحلیل مسیر نشان داد که DMGs با ایمنی با واسطه سلول T، پاسخ به استرس اکسیداتیو، و پاسخ سلولی به محرک آسیب DNA مرتبط است. تجزیه و تحلیل یکپارچه داده‌های متیلاسیون ترانسکریپتوم و DNA، BFSP2 را به عنوان تنها ژن همپوشانی شناسایی کرد که در سطوح پایین بیان شد و در گروه لکه‌ای هیپومتیله شد.

نتیجه گیری

به طور کلی، این نتایج نشان می‌دهد که ژن‌ها و مسیرهای مرتبط با پیری و ایمنی نقش مهمی در شکل‌گیری پوسته‌های تخم مرغ خالدار دارند و اطلاعات مفیدی را برای بهبود کیفیت پوسته تخم‌مرغ ارائه می‌دهند.

cistanche tubulosa - بهبود سیستم ایمنی

کلید واژه ها

مرغ های تخمگذار، تخم های خالدار، ترانسکریپتوم، متیلاسیون DNA، ایمنی

زمینه

تخم مرغ یکی از مهمترین منابع پروتئینی است و قیمت نسبتا پایین آن باعث محبوبیت آن در بین مصرف کنندگان شده است. طی چهار دهه گذشته، تولید تخم به دلیل توسعه نژادهای تخصصی تخم مرغ و انتخاب ژنتیکی، با هدف "تغذیه مرغ های تخمگذار تا 100 هفته برای تولید 500 تخم" به طور قابل توجهی بهبود یافته است. 1، 2]. با این حال، دستیابی به این هدف با کاهش تدریجی کیفیت پوسته و فیزیولوژی مرتبط با پیری مرغ محدود شده است که منجر به افزایش وزن پوسته تخم مرغ، رنگ روشن تر پوسته تخم مرغ و پوسته تخم مرغ خالدار می شود [3]. لکه قهوه ای مایل به قرمز، یک ویژگی مهم کیفیت پوسته تخم مرغ، اغلب در انتهای صاف پوسته قهوه ای تخم مرغ ظاهر می شود و به طور قابل توجهی بر ظاهر تخم مرغ و ترجیح مشتری تأثیر می گذارد. درجه لک شدن پوسته تخم مرغ با استفاده از روش نمره گذاری ارزیابی می شود. لکه ها را می توان با توجه به شدت رنگدانه، توزیع و اندازه لکه امتیاز داد [4]. علاوه بر این، وراثت پذیری پوسته تخم مرغ خالدار بین 0.15-0.2 است که نشان دهنده تعیین ژنتیکی است [5]. علاوه بر این، یک مطالعه قبلی نشان داد که مرغ‌های مسن نسبت به مرغ‌های جوان‌تر نسبت به مرغ‌های جوان‌تر دارای پوسته‌های خال‌دار بیشتری هستند که پس از 60 هفتگی به 20 درصد می‌رسد [6]. غده پوسته تخم مرغ یکی از اعضای تشکیل دهنده تخم مرغ است که نقش مهمی در ساختار پوسته تخم مرغ و تشکیل رنگ دارد. در طی تشکیل تخم مرغ، زرده از طریق اینفاندیبولوم، مگنوم و ایستموس عبور می کند و به غده پوسته تخم مرغ می رسد که مقدار زیادی کلسیم، رنگدانه، کوتیکول و سایر مواد ترشح می کند و یک ساختار کامل پوسته تخم مرغ و یک کوتیکول بیرونی را تشکیل می دهد [7-9]. ]. هر گونه تغییر یا آسیب به غده پوسته تخم مرغ بر شکل گیری ساختار پوسته و رنگدانه تاثیر می گذارد [10-12]. متیلاسیون DNA یکی از اولین مسیرهای اصلاح شناخته شده است و شامل انتقال گروه های متیل به محل پنجم کربن سیتوزین برای تشکیل 5-متیل سیتوزین [13] است. متیلاسیون DNA نقش مهمی در روند پیری حیوانات، تنظیم بیان ژن مرتبط با سن و علل بیماری‌های عصبی، ایمونولوژیکی و متابولیک دارد [14-17]. علاوه بر این، متیلاسیون DNA همراه با عوامل محیطی می تواند باعث ایجاد فنوتیپ های مختلف در طول پیری شود [18]. چندین فنوتیپ پیچیده دام با متیلاسیون DNA مرتبط شده است [19، 20]. اخیراً، توالی‌یابی RNA (RNA-seq) در آشکار کردن ژن‌ها و مسیرهای صفات زیربنایی در سطح رونویسی [21-24]، مانند رشد ماهیچه‌های جنینی، کارایی خوراک، و اندازه بستر مفید بوده است. مطالعه قبلی ما نشان داد که اگرچه وجود پوسته تخم‌مرغ خالدار بر عملکرد مرغ‌های تخم‌گذار تأثیری نمی‌گذارد (داده‌های منتشر نشده)، لکه‌ها می‌توانند ظاهر تخم‌ها را تحت تأثیر قرار دهند و ارزش اقتصادی آنها را به میزان قابل توجهی کاهش دهند. علاوه بر این، مکانیسم های مولکولی تشکیل تخم مرغ خالدار به خوبی درک نشده است. بنابراین، این مطالعه با هدف تبیین مکانیسم تشکیل پوسته تخم مرغ خالدار با استفاده از تکنیک‌های متیلاسیون transcriptomic و DNA انجام شد. از آنجایی که پوسته های تخم مرغ خالدار ارثی و مرتبط با سن هستند، ما از ترکیبی از آنالیزهای متیلاسیون transcriptomic و DNA برای کشف ژن های کلیدی و مسیرهای دخیل در تشکیل پوسته تخم مرغ خالدار استفاده کردیم. پیش‌بینی می‌شود که یافته‌های این مطالعه درک مکانیسم مولکولی تشکیل صفت پوسته تخم‌مرغ را بهبود بخشد، که می‌تواند برای پرورش حیوانات مفید باشد.

شکل 1 تخم مرغ های معمولی و خالدار از مرغ های تخمگذار مسن. یک تخم مرغ معمولی، B تخم مرغ خالدار

جدول 1 پارامترهای بیوشیمیایی سرم گروه نرمال و لکه

نتایج

پارامترهای بیوشیمیایی سرم

A typical egg and speckled egg are shown in Fig. 1. Serum antioxidant and immune indices were measured to determine the physiological status of the laying hens. Serum biochemical parameters are listed in Table 1. Serum levels of immunoglobulin G (IgG) and immunoglobulin A (IgA) are common indicators of humoral immune function. Birds in the normal group had a higher (p = 0.028) IgA content than those in the speckle group. Superoxide dismutase (SOD), catalase (CAT), total antioxidant capacity (T-AOC), glutathione (GSH), and glutathione peroxidase (GSH-PX) are important antioxidant enzymes in the body. MDA is one of the products formed by the reaction of lipids with oxygen radicals, and its content represents the degree of lipid peroxidation. These indices are important in evaluating the oxidative stress process. However, there were no differences (p >0.05) در پارامترهای آنتی اکسیدانی بین گروه نرمال و لکه.

مشخصات رونویسی غده پوسته تخم مرغ

شش کتابخانه cDNA از گروه های لکه ای و نرمال ساخته شد. پس از کنترل کیفیت، در مجموع 615،170،158 قرائت خام و 604،275،600 قرائت تمیز به دست آمد (98.22٪ از خوانده های خام). پس از تراز با استفاده از نرم افزار HISAT2، نرخ نگاشت 90.75-93.18 درصد و نرخ نگاشت منحصر به فرد در همه نمونه ها بیشتر از 73.47 درصد بود (جدول تکمیلی S3). سطوح بیان ژن با استفاده از نقشه حرارتی خوشه ای و تجزیه و تحلیل اجزای اصلی (PCA) نشان داده شده است. تفاوت معنی داری در پروفایل بیان ژن نمونه ها از گروه های لکه ای و نرمال وجود نداشت، زیرا نمونه ها خوشه های مجزایی را تشکیل نمی دادند (شکل 2A, B). در مجموع هفت ژن متفاوت بیان شده (DEGs) بین گروه های نرمال و لکه ای شناسایی شد (p<0.05, |log2 Fold Change|>1)، شامل دو ژن تنظیم شده و پنج ژن تنظیم شده (جدول 2). تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژن (GSEA) نشان داد که چهار مسیر به طور قابل توجهی توسط ژن های بیان شده غنی می شوند (جدول تکمیلی S4). نمرات غنی سازی نرمال شده منفی (NES) سطوح بیان کمتری را برای برخی از مسیرها در گروه نرمال در مقایسه با مسیرهای سیگنالینگ کلسیم، برهمکنش لیگاند-گیرنده عصبی فعال، چسبندگی کانونی و مسیر سیگنالینگ MAPK نشان داد. کمترین بیان (شکل 2C). DEG های درختی (BFSP2، IQSEC، TMOD4) شناسایی شده توسط RNA-seq با استفاده از PCR زمان واقعی کمی (qRT-PCR) تأیید شدند. بیان مشابهی از سه ژن با استفاده از RNA-Seq و qRT-PCR مشهود بود، و ضریب تعیین (R2) به 0.93 رسید (شکل 2D)، که نشان می‌دهد داده‌های RNA-seq قابل اعتماد هستند.

جدول 2 ژن های بیان شده متفاوت (DEGs) بین مرغ هایی که خال گذاشتند و تخم های معمولی

شکل 2 مشخصات رونویسی غده پوسته تخم مرغ. A Heatmap سطوح بیان ژن، B تجزیه و تحلیل اجزای اصلی همه ژن ها با استفاده از مقادیر بیان نرمال شده DEseq2، C سه مجموعه ژن نماینده از نتایج تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژن، D نتایج تایید qPCR ژن های بیان شده متفاوت

مشخصات متیلاسیون DNA غده پوسته تخم مرغ

A total of 564,415,302 and 581,414,308 clean reads were obtained from the speckle and normal groups, respectively, after quality control (Supplementary Table S5), of which 73–78% were uniquely mapped to the converted chicken reference genome (GRCg6a). The cytosine (C) methylation rate of the six eggshell gland samples was approximately 3.4%, and the cytosine site methylation of CpG ranged from 55.5–to 63.9% in the two groups. The cytosine site methylation of CHH and CHG (H represents A, C, or T) was detected at a low proportion (0.3–0.4%) (Supplementary Table S5). Pearson correlation analysis of the CpG bases suggested that all samples were highly correlated (r>{0}}.89) (شکل 3A). PCA نشان داد که نمونه‌های دو گروه تفاوت معنی‌داری نداشتند، زیرا آنها خوشه‌های جداگانه را تشکیل نمی‌دادند (شکل 3B). تفاوت معنی داری در سطوح متیلاسیون CG، CHG و CHH بین دو گروه وجود نداشت (شکل 3C). با این حال، گروه لکه‌ای سطح متیلاسیون CG بالاتری نسبت به گروه عادی نشان داد. مناطق تکرار و اگزون بالاترین سطوح متیلاسیون CG را نشان دادند، در حالی که ناحیه 5' UTR کمترین سطوح متیلاسیون CG را داشت (شکل 3D). در مجموع 2788 منطقه متیله متفاوت (DMRs) بین گروه های نرمال و لکه ای شناسایی شد. DMR ها عمدتاً در اینترون ها (47.45٪) قرار داشتند، به دنبال آن ناحیه بین ژنی (36.05٪)، اگزون (8.29٪)، پروموتر (5.95٪)، 3'-UTR (1.18٪) و 5'-UTR (5'-UTR) 0.97٪ مناطق (شکل 4). علاوه بر این، 282 ژن متیله متفاوت (DMGs) از جمله 172 ژن هیپرمتیله و 74 ژن هیپومتیله در ناحیه پروموتر شناسایی شد. علاوه بر این، 36 DMG در بدن ژن یافت شد که شامل 30 ژن هیپرمتیله و شش ژن هیپومتیله بود. ما DMG ها را به ارتولوگ های انسانی آن ها تبدیل کردیم و 158 نماد ژن را به دست آوردیم که در Metascape برای حاشیه نویسی عملکردی، هستی شناسی ژن (GO)، و آنالیز مسیر آپلود شد. ژن ها در 176 فرآیند بیولوژیکی GO غنی شدند، از جمله تنظیم پاسخ سلولی به محرک فاکتور رشد و ایمنی با واسطه سلول T، پاسخ به استرس اکسیداتیو، و پاسخ سلولی به محرک آسیب DNA.

شکل 3 سطح کلی متیلاسیون در مرغ های تخمگذار لکه ای و معمولی. تجزیه و تحلیل همبستگی سطوح متیلاسیون بین نمونه‌های دو گروه. B تجزیه و تحلیل اجزای اصلی سطح متیلاسیون همه نمونه ها. C هیستوگرام سطح متیلاسیون محل سیتوزین در دو گروه. D نمودار خطی سطوح متیلاسیون نواحی مختلف ژنومی. نواحی ژنومی هر ژن به 20 سطل تقسیم شد. سپس سطح متیلاسیون سایت سیتوزین در مناطق عملکردی مربوط به همه ژن ها به طور میانگین محاسبه شد.

شکل 4 هیستوگرام حاشیه نویسی مناطق متیله تفاضلی (DMRs) در مناطق عملکردی ژنومی

شکل 5 شرایط GO DMGs. B رابطه بین بیان ژن و سطوح متیلاسیون DNA در گروه لکه. ارتباط بین بیان ژن و سطوح متیلاسیون DNA در گروه نرمال. دیاگرام ون ژن های همپوشانی بین DEG و DMG

تجزیه و تحلیل مسیر نشان داد که ژن ها در 19 مسیر دایره المعارف ژن ها و ژنوم های کیوتو (KEGG)، از جمله تخریب RNA، تنظیم واسطه التهابی کانال های TRP و مسیر سیگنالینگ TNF غنی شده اند. علاوه بر این، 25 مجموعه ژن، از جمله سیگنال دهی توسط Rho GTPases، چرخه RHO GTPase، و چرخه CDC42 GTPase شناسایی شد. 20 خوشه هستی شناسی غنی شده برتر در شکل 5A نشان داده شده است. از میان 158 ژن همولوگ انسانی، 15 ژن مربوط به پیری یا طول عمر بودند (جدول تکمیلی S6). یک تجزیه و تحلیل یکپارچه از توالی یابی بی سولفیت کل ژنوم (WGBS) و داده های RNA-seq برای تعیین رابطه بین متیلاسیون DNA و سطوح بیان ژن انجام شد (شکل 5B و C). همبستگی منفی بین متیلاسیون DNA و سطوح بیان ژن در بالادست محل شروع رونویسی (TSS) و پایین دست محل پایان رونویسی (TTS) وجود داشت. با این حال، هیچ ارتباطی بین متیلاسیون DNA و سطوح بیان ژن در بدن ژن وجود نداشت. نمودار ون نشان داد که BFSP2 تنها ژن همپوشانی بین DMG و DEG بود (شکل 5D).

بحث

مطالعات چندین ساله نشان داده است که تشکیل لکه‌ها روی پوست تخم‌مرغ ارثی است و مرغ‌های تخم‌گذار مسن نسبت به مرغ‌های جوان‌تر میزان بیشتری از پوسته‌های خال‌دار تولید می‌کنند [6]. پیری مرغ های تخمگذار اغلب با التهاب مزمن و استرس اکسیداتیو همراه است [25، 26]. پارامترهای خون حیوانات نشان دهنده وضعیت فیزیولوژیکی و تغذیه ای آنهاست. SOD، GSH-PX، GSH، CAT و T-AOC اجزای سیستم دفاع آنتی اکسیدانی هستند. نتایج مطالعه حاضر نشان می دهد که تفاوت معنی داری در ظرفیت آنتی اکسیدانی مرغ های مسن بین گروه های لکه ای و نرمال وجود ندارد که برخلاف یافته های مورنو و اوسورنو [27] است. مورنو گزارش داد که پرندگانی که با پوسته‌های خال‌دار تخم‌گذاری می‌کنند، ممکن است به دلیل عملکرد پرواکسیدانی جزء اصلی لکه، استرس فیزیولوژیکی داشته باشند و تحمل بیشتری نسبت به استرس اکسیداتیو داشته باشند [28]. تفاوت در نتایج را می توان به گونه های مختلف مورد استفاده در مطالعات نسبت داد.

cistanche tubulosa - بهبود سیستم ایمنی

ایمونوگلوبولین ها پروتئین هایی هستند که در فرآیندهای ضد التهابی نقش دارند و نقش تنظیم کننده ای در واکنش های التهابی ایفا می کنند [29]. مطالعه قبلی نشان داد که پرندگان Blue Tit که تخم‌های خال‌دار می‌گذارند، سطح کل ایمونوگلوبولین پایینی را نشان می‌دهند [30]. به طور مشابه، نتایج مطالعه حاضر نشان داد که پرندگان در گروه خالدار سطح سرمی IgA به طور قابل ملاحظه‌ای کمتری نسبت به گروه نرمال داشتند، که نشان می‌دهد مرغ‌های گروه لکه ممکن است توانایی ضد التهابی کمتری داشته باشند، که با یافته های مارتینز و مرینو [30]. IgA به عنوان یکی از شاخص های مهم در ارزیابی عملکرد ایمنی هومورال طیور، دارای عملکردهای ضد ویروسی، ضد باکتریایی و آنتی توکسین است [31]. مطالعات نشان داده اند که مکمل های غذایی مخمر گلوکان می تواند محتوای IgA سرم را افزایش دهد. افزایش محتوای IgA می تواند توانایی فرد را برای حفظ هموستاز ایمنی افزایش دهد که منجر به مزایای سلامتی احتمالی می شود [32]. مطالعات همچنین نشان داده اند که با افزایش سن مرغ های تخمگذار، مقاومت آنها در برابر عوامل بیماری زا خارجی کاهش می یابد [33]. هنگامی که پاتوژن ها وارد بدن مرغ های تخمگذار مسن می شوند، سیستم دفاعی مخاطی بافت های مجرای تخمک ممکن است به دلیل کاهش همزمان ایمنی آسیب ببیند [34]. با این حال، سطح بالاتر IgA ممکن است توانایی بدن برای حفظ هموستاز ایمنی را افزایش دهد و از تهاجم پاتوژن ها به بافت زیر مخاطی لوله تخمک جلوگیری کند و در نتیجه کیفیت پوسته تخم مرغ را حفظ کند. علاوه بر این، تجزیه و تحلیل RNA-seq هفت DEG را بین گروه‌های لکه و نرمال، از جمله IQSEC3، BFSP2، TMOD4، LOC112530987، GABRA2، TRIQK و یک شبه شناسایی کرد. IQSEC3، عضوی از خانواده فاکتورهای تبادل نوکلئوتیدی گوانین ARF (GEFs) مقاوم به برفلدین A [35، 36]، با اتصال به ژفیرین باعث توسعه سیناپس های مهاری می شود [37]. IQSEC3 از نظر عملکردی برای حفظ فعالیت شبکه در داخل بدن مهم است. شکست IQSEC3 در شکنج دندانه دار هیپوکامپ در جوندگان، تراکم سیناپس های GABAergic را کاهش می دهد و حساسیت به تشنج های شدید را افزایش می دهد [38]. با این حال، هیچ مطالعه ای در مورد عملکرد IQSEC3 در طیور وجود ندارد.

گاما آمینوبوتیریک اسید (GABA) انتقال دهنده عصبی مهاری اصلی در سیستم عصبی مرکزی مهره داران است [39] و می تواند ساختار گیرنده و نفوذپذیری یون گیرنده مربوطه را تغییر دهد [40]. گابا می‌تواند مستقیماً روی سلول‌های ماهیچه صاف لوله‌ای از طریق GABAA-R یا GABAB-R، که روی دیواره لوله فالوپ قرار دارند و با تنظیم انقباض لوله‌ای در خرگوش [39]، انسان [41] و موش صحرایی [42] مشارکت می‌کند، عمل کند. مطالعات نشان داده است که GABRA1 نقش مهمی در تولید تخم دارد. سطح بیان بالای GABRA1 می‌تواند از تکثیر سلول‌های گرانولوزا جلوگیری کند، آپوپتوز سلولی را تقویت کند و از سنتز و ترشح پروژسترون جلوگیری کند و در نتیجه تولید تخمک کاهش یابد [43-45]. ریتم تخم‌گذاری در مرغ‌های تخم‌گذار یک فرآیند تعدیل‌کننده عصبی است [46، 47]. بر اساس این نتایج، ما حدس می زنیم که یک رابطه ظریف بین تشکیل لکه پوسته تخم مرغ و سیستم عصبی وجود دارد، اگرچه ارتباط دقیق نیاز به بررسی بیشتر دارد.

TMOD4، عضوی از خانواده پروتئین‌هایی است که انتهای نوک تیز رشته‌های اکتین را می‌پوشاند [48]، در ماهیچه‌های اسکلتی و قلب بیان می‌شود [49، 50]. مطالعات گزارش کرده اند که TMOD4 در لنزهای مرغ بالغ، گلبول های قرمز و فیبرهای عضلانی اسکلتی تند انقباض وجود دارد [51]. مشخص شده است که TMOD4 در جمع آوری میوفیبریل، انقباض عضلانی و تمایز شرکت می کند [52-54]. انقباض عضله مجرای تخمک باعث می شود که تخمک در رحم بچرخد و رنگدانه به طور یکنواخت روی سطح پوسته تخم مرغ رسوب کند. ما حدس می زنیم که تشکیل تخمک های خالدار ممکن است با انقباض عضله لوله رحمی مرتبط باشد، اما تحقیقات بیشتری لازم است. GSEA برای تجزیه و تحلیل عملکرد بیولوژیکی همه ژن‌های بیان‌شده برای جلوگیری از از دست رفتن برخی از مجموعه‌های ژن جالب از طریق استراتژی بدون برش استفاده شد. ژن‌های بیان‌شده عمدتاً در مسیر سیگنال‌دهی کلسیم، چسبندگی کانونی، مسیر سیگنال‌دهی MAPK و تعامل عصبی-گیرنده لیگاند غنی شده‌اند. گزارش شده است که در فرآیند کانی‌سازی پوسته تخم‌مرغ، ژن‌های مرتبط با مسیر سیگنال‌دهی کلسیم در جذب یون‌های کلسیم و کربنات از خون نقش دارند و از طریق سلول‌های اپیتلیال مجرای تخمک به مایع رحم منتقل می‌شوند تا در پوسته تخم‌مرغ شرکت کنند. کانی سازی [46، 55]. هنگامی که یون های کلسیم و کربنات در پوسته تخم مرغ به معدنی شدن ادامه می دهند، تخم به طور مداوم در رحم می چرخد ​​و رنگدانه پوسته تخم مرغ، پروتوپورفیرین-IX، می تواند به طور یکنواخت روی سطح پوسته تخم مرغ رسوب کند [56]. ما حدس می زنیم که تفاوت در عرضه یون های کربنات و کلسیم بین دو گروه ممکن است به توزیع ناهموار رنگدانه در فرآیند رسوب روی سطح پوسته تخم مرغ منجر شود و باعث ایجاد لکه های پوسته تخم مرغ شود.

cistanche tubulosa - بهبود سیستم ایمنی

چسبندگی های کانونی ساختارهای ماکرومولکولی هستند که اتصالات مکانیکی بین اسکلت سلولی اکتین داخل سلولی و اجزای ماتریکس خارج سلولی را تشکیل می دهند [57]. نشان داده شده است که چسبندگی های کانونی نقش حیاتی در حفظ مورفولوژی و عملکرد لوله تخمک در قورباغه های قهوه ای چینی ایفا می کند [58]، در حالی که چسبندگی های کانونی نیز در مکانیسم تفاوت های تولید تخم مرغ در جوجه های زرد جینگهای و ناندان-یائو دخیل هستند. جوجه های اهلی [59، 60]. در مطالعه حاضر، چسبندگی‌های کانونی در تشکیل لکه‌های پوسته تخم‌مرغ نقش داشتند، اما مکانیسم مشارکتی خاص هنوز به بررسی بیشتر نیاز دارد. مسیر MAPK دارای سه عضو برجسته است: پروتئین کیناز فعال شده با میتوژن p38 (p38 MAPK)، کیناز N ترمینال Jun (JNK) و کیناز پاسخ خارج سلولی (ERK) که با هم رشد سلولی، تمایز، آپوپتوز، التهاب و غیره را تنظیم می کنند. پاسخ های فیزیولوژیکی مهم [61]. نشان داده شده است که مسیر MAPK ERK 1/2 نقش مهمی در رشد، نمو و تمایز مجرای تخمک و رحم دارد [62]. وانگ و همکاران از وانادیوم برای القای رشد سلول های اپیتلیال لوله تخمک استفاده کرد و دریافت که اعضای خانواده MAPK فعال شده اند که منجر به استرس اکسیداتیو مجرای تخمک، کاهش فعالیت سلولی و آپوپتوز سلولی می شود [63]. در مطالعه کنونی، ما دریافتیم که مسیر سیگنال MAPK در گروه خالدار به میزان قابل توجهی غنی شده است، و بنابراین حدس می زنیم که جوجه هایی که تخم های خالدار می گذارند ممکن است مقداری استرس را تجربه کرده باشند، که تاثیری بر مجرای تخمک گذاشته است. فعل و انفعالات لیگاند - گیرنده عصبی با سنتز هورمون استروئیدی در غدد جنسی مرتبط است. آنها نقش اساسی در تنظیم تولید تخم مرغ و عملکرد تخمدان در طیور دارند [59، 64]. ژن متفاوت بیان شده، GABRA2، همچنین به مسیر برهمکنش لیگاند-گیرنده عصبی تعلق دارد. از آنجایی که لکه‌های پوسته تخم‌مرغ در نتیجه تولید تخم‌مرغ ظاهر می‌شوند و تولید تخم‌مرغ فرآیندی ریتمیک است، غنی‌سازی قابل‌توجه فعل و انفعالات گیرنده عصبی- لیگاند در گروه خالدار ما را به این حدس می‌رساند که ممکن است در عملکرد تولید تخم‌مرغ بین مرغ‌های تخم‌گذار خال‌دار تفاوت‌هایی وجود داشته باشد. و مرغ هایی که تخم های معمولی می گذارند، اما این نیاز به کاوش بیشتر دارد.

عوامل محیطی می توانند بیان ژن را از طریق تغییرات اپی ژنتیکی تحت تاثیر قرار دهند. ترکیب تغییرات ژنتیکی و اپی ژنتیکی می تواند در توضیح مکانیسم تشکیل صفات پیچیده مفید باشد [19، 65]. رابطه بین متیلاسیون DNA در سطح ژنوم و بیان ژن برای سالها مورد مطالعه قرار گرفته است [66، 67]. به طور کلی، متیلاسیون DNA بیان ژن را سرکوب می کند [68]. نتایج مطالعه حاضر با یافته‌های قبلی مطابقت دارد که سطوح بیان ژن بالا با متیلاسیون DNA پایین در ناحیه پروموتر مرتبط است [67، 68]. با این حال، هیچ روند آشکاری در ناحیه بدن ژن مشاهده نشد، که ممکن است به این دلیل باشد که الگوهای بیان ژن توسط عوامل دیگر نیز تنظیم می‌شوند [69، 70]. تجزیه و تحلیل غنی‌سازی عملکردی نشان داد که DMGها عمدتاً در ایمنی با واسطه سلول T، پاسخ به استرس اکسیداتیو و پاسخ سلولی به محرک‌های آسیب DNA غنی شده‌اند و بیشتر مسیرها با پیری مرتبط هستند [71-73]. سایر ژن های مرتبط با پیری نیز شناسایی شده اند، از جمله GCLC [74]، CAV1 [75] و LYN [76]. ترکیبی از ترانس کریپتوم و داده‌های متیلاسیون DNA نشان داد که BFSP2 تنها ژن همپوشانی بود و به طور قابل‌توجهی در هر دو سطح متیلاسیون و ترانسکریپتومیک DNA بیان شد. BFSP2 هیپومتیله شد و سطوح بیان آن در گروه لکه کم بود، که نشان می‌دهد بیان ژن توسط سایر فاکتورهای رونویسی علاوه بر اصلاح متیلاسیون تنظیم می‌شود. علاوه بر این، BFSP2 به عنوان یک ژن کاندید در آب مروارید مادرزادی اتوزومال غالب [77] و بیماری آب مروارید پیشرونده [78] شناسایی شده است. اگرچه نشان داده شده است که BFSP2 با رشد چشم در جوجه ها [79] مرتبط است، اما مطالعات روی سایر عملکردها در جوجه ها محدود است. بنابراین، مطالعات بیشتری برای روشن شدن نقش آن در تشکیل پوسته تخم مرغ خالدار ضروری است.

فواید سیستانچ برای مردان - تقویت سیستم ایمنی بدن

نتیجه گیری

در نتیجه، شاخص‌های ایمنی سرم نشان می‌دهد که محتوای IgA در گروه لکه‌دار به طور قابل‌توجهی کمتر از گروه عادی بود، و ما حدس می‌زنیم که کاهش عملکرد ایمنی با تشکیل لکه‌های پوسته تخم‌مرغ ارتباط نزدیکی دارد. تجزیه و تحلیل ترانسکریپتوم هفت DEG را بین گروه های خالدار و نرمال شناسایی کرد که از این بین IQSEC3، GABRA2، و BFSP2 به عنوان ژن های بالقوه مهم مرتبط با تشکیل تخم مرغ خالدار شناسایی شدند. تجزیه و تحلیل متیلاسیون DNA، DMG های مرتبط با ایمنی با واسطه سلول T، پاسخ به استرس اکسیداتیو، و پاسخ سلولی به محرک آسیب DNA را شناسایی کرد. از 282 DMG شناسایی شده، 15 مورد با پیری مرتبط بودند. تجزیه و تحلیل یکپارچه ترانس کریپتوم و متیلاسیون DNA نشان داد که تنها ژن همپوشانی BFSP2 بود که به ندرت در جوجه ها مورد مطالعه قرار گرفته است. داده‌های ارائه‌شده در اینجا نشان می‌دهد که مسیرهای ایمنی و پیری مرغ‌های تخم‌گذار ممکن است به تشکیل پوسته تخم‌مرغ خالدار کمک کند و درک ما از مکانیسم تولید لکه‌های پوسته تخم‌مرغ را بهبود بخشد.

منابع

1. Bain MM، Nys Y، Dunn IC. افزایش ماندگاری در تخمگذاری و تثبیت کیفیت تخم در سیکل های طولانی مدت تخمگذاری. چالش ها چیست؟ Br Poult Sci. 2016؛ 57 (3): 330-8.

2. Pottgüter R. تغذیه مرغ های تخمگذار تا 100 هفتگی. Lohmann Inf. 2016؛ 50:18-21.

3. Molnar A، Maertens L، Ampe B، Buyse J، Kempen I، Zoons J، Delezie E. تغییرات در صفات کیفیت تخم مرغ در آخرین مرحله تولید: آیا پتانسیل برای یک چرخه تخمگذاری طولانی مدت وجود دارد؟ Br Poult Sci. 2016؛ 57 (6): 842-7.

4. Gosler AG، Higham JP، James Reynolds S. چرا تخم پرندگان خالدار است؟ اکول لت. 2005؛ 8 (10): 1105-13.

5. Arango J, Settar P, Arthur J, O'Sullivan N. رابطه بین رنگ پوسته و بروز لکه ها در خطوط تخم مرغ قهوه ای. در: Proc XIIth European Poultry Conference: 2006. 2006. p. 10-4.

6. Cheng X، Fan C، Ning Z. کیفیت تخم کک و مک و عوامل موثر بر آن. چینی Poult Sci. 2019؛ 41 (19): 6–9 (به چینی).

7. Hincke MT، Nys Y، Gautron J، Mann K، Rodriguez-Navarro AB، McKee MD. پوسته تخم مرغ: ساختار، ترکیب و کانی سازی. Front Biosci (Ed Landmark Ed). 2012؛ 17 (4): 1266-80.

8. Samiullah S, Roberts JR, Chousalkar K. رنگ پوسته تخم مرغ در مرغ های تخمگذار قهوه ای - بررسی. Poult Sci. 2015؛ 94 (10): 2566-75.

9. Wilson PW، Suther CS، Bain MM، Icken W، Jones A، Quinlan-Pluck F، Olori V، Gautron J، Dunn IC. درک تشکیل کوتیکول تخم مرغ در مجرای تخم مرغ: مطالعه منشا و رسوب آن Biol Reprod. 2017؛ 97 (1): 39-49.

10 Zhu M, Li H, Miao L, Li L, Dong X, Zou X. کلرید کادمیوم جیره با مختل کردن متابولیسم غده پوسته تخم مرغ در مرغ‌های تخم‌گذار، بیومرینالیزاسیون پوسته را مختل می‌کند. J Anim Sci. 2020; 98 (2):skaa025.

11. Qi X, Tan D, Wu C, Tang C, Li T, Han X, Wang J, Liu C, Li R, Wang J. بدتر شدن کیفیت پوسته تخم مرغ در مرغهای تخمگذار آلوده تجربی به ویروس آنفلوانزای پرندگان H9N2. Vet Res. 2016؛ 47:35.

12. Wang J، Yuan Z، Zhang K، Ding X، Bai S، Zeng Q، Peng H، Celi P. Epigallocatechin-3-ضد رنگدانه پوسته تخم مرغ ناشی از وانادیوم محافظت شده از طریق P38MAPK-Nrf2/HO{6}} مسیر سیگنالینگ در مرغ های تخمگذار Poult Sci. 2018؛ 97 (9): 3109-18.

13. Avery OT، Macleod CM، McCarty M. مطالعات در مورد ماهیت شیمیایی ماده القا کننده تبدیل انواع پنوموکوکی: القای تبدیل توسط یک بخش اسید دزوکسی ریبونوکلئیک جدا شده از پنوموکوک نوع II. J Exp Med. 1944؛ 79 (2): 137-58.

14. Kochmanski J، Marchlewicz EH، Cavalcante RG، Sartor MA، Dolinoy DC. متیلاسیون و هیدروکسی متیلاسیون DNA در سراسر اپی ژنوم مرتبط با سن در خون طولی موش. اپی ژنتیک 2018؛ 13 (7): 779-92.

15. Zhang X، Hu M، Lyu X، Li C، Thannickal VJ، Sanders YY. متیلاسیون DNA بیان ژن را در فیبروز اندام تنظیم کرد. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2017؛ 1863 (9): 2389-97.

16. Ehrlich M. هیپرمتیلاسیون DNA در بیماری: مکانیسم ها و ارتباط بالینی. اپی ژنتیک 2019؛ 14 (12): 1141-63.

17. لینگ سی، ران تی. اپی ژنتیک در چاقی انسان و دیابت نوع 2. سلول متاب. 2019؛ 29 (5): 1028-44.

18. Kaminen-Ahola N، Ahola A، Maga M، Mallett KA، Fahey P، Cox TC، Whitelaw E، Chong S. مصرف اتانول مادر اپی ژنوتیپ و فنوتیپ فرزندان را در مدل موش تغییر می دهد. PLoS Genet. 2010؛ 6 (1): e1000811.

19 Tan X، Liu R، Xing S، Zhang Y، Li Q، Zheng M، Zhao G، Wen J. تشخیص ژنومی ژن های کلیدی و نشانگرهای اپی ژنتیک برای کبد چرب مرغ. Int J Mol Sci. 2020؛ 21 (5): 1800.

20. هوانگ JH، An SM، Kwon S، Park DH، Kim TW، Kang DG، Yu GE، Kim IS، Park HC، Ha J، و همکاران. الگوهای متیلاسیون DNA و بیان ژن مرتبط با اندازه بستر در جفت خوک برکشایر PLoS ONE. 2017؛ 12 (9): e0184539.

21. Yu C، Qiu M، Zhang Z، Song X، Du H، Peng H، Li Q، Yang L، Xiong X، Xia B، و همکاران. توالی یابی ترانسکریپتوم ژن های دخیل در استرس اکسیداتیو ناشی از کادمیوم در قلب مرغ را نشان می دهد. Poult Sci. 2021؛ 100 (3): 100932. 22. Boo SY، Tan SW، Alitheen NB، Ho CL، Omar AR، Yeap SK. تجزیه و تحلیل رونوشت سلول های کشنده طبیعی لنفوسیت داخل اپیتلیال مرغ آلوده به ویروس بیماری بورس عفونی بسیار خطرناک Sci Rep. 2020؛ 10 (1): 18348.

23. Ren L، Liu A، Wang Q، Wang H، Dong D، Liu L. تجزیه و تحلیل رونوشت رشد عضلات جنینی در مرغ کوهستانی چنگکو. BMC Genomics. 2021؛ 22 (1): 431.

24. Yang C، Han L، Li P، Ding Y، Zhu Y، Huang Z، Dan X، Shi Y، Kang X. تحلیل توصیفی و رونویسی اثنی عشر گاو گوشتی چینی با راندمان خوراک واگرا با استفاده از RNA-Seq. ژنت جلو. 2021؛ 12:741878.

25. Wang J، Jia R، Gong H، Celi P، Zhuo Y، Ding X، Bai S، Zeng Q، Yin H، Xu S، و همکاران. اثر استرس اکسیداتیو بر تخمدان مرغ: دخالت میکروبیوتا و مداخلات ملاتونین. آنتی اکسیدان ها (بازل). 2021؛ 10 (9): 1422.

26. عطیه YA، الحارثی م.ا.، ابوالمعتی HM. سطوح کلسیم و کوله کلسیفرول در مرغ های تخمگذار در مرحله آخر: اثرات بر صفات تولیدی، کیفیت تخم مرغ، بیوشیمی خون و پاسخ های ایمنی. علوم دامپزشکی جبهه 2020؛ 7:389.

27. مورنو جی، اوسورنو جی ال. رنگ تخم مرغ پرندگان و انتخاب جنسی: آیا رنگدانه پوسته تخم مرغ منعکس کننده وضعیت زن و کیفیت ژنتیکی است؟ اکول لت. 2003؛ 6 (9): 803-6.

28. Afonso S، Vanore G، Batlle A. Protoporphyrin IX و استرس اکسیداتیو. Free Radic Res. 1999؛ 31 (3): 161-70.

29. Schwartz-Albiez R, Monteiro RC, Rodriguez M, Binder CJ, Shoenfeld Y. آنتی بادی های طبیعی، ایمونوگلوبولین داخل وریدی و نقش آنها در خودایمنی، سرطان و التهاب. Clin Exp Immunol. 2009؛ 158 (ضمیمه 1): 43-50.

30. Martínez-de la Puente J، Merino S، Moreno J، Tomás G، Morales J، Lobato E، García-Fraile S، Martínez J. آیا لکه‌بودن پوسته تخم‌مرغ و رنگ شاخص‌های سلامت و وضعیت در تالارهای آبی Cyanistes caeruleus هستند؟ J Avian Biol. 2007؛ 38 (3): 377-84.

31. Fagarasan S، Honjo T. سنتز IgA روده: تنظیم دفاعی بدن در خط مقدم. Nat Rev Immunol. 2003؛ 3 (1): 63-72.

32. Zhen W, Shao Y, Wu Y, Li L, Pham VH, Abbas W, Wan Z, Guo Y, Wang Z. مکمل بتا گلوکان مخمر رژیمی باعث بهبود رنگ پوسته تخم مرغ و جوجه کشی تخم مرغ های بارور و همچنین افزایش عملکرد سیستم ایمنی در پرورش دهنده می شود. مرغ تخمگذار. Int J Biol Macromol. 2020؛ 159:607–21.

33. Elhamouly M، Nii T، Isobe N، Yoshimura Y. تعدیل مربوط به سن سیستم دفاعی ذاتی مخاطی رحم و ایستمی در مرغ های تخمگذار. Poult Sci. 2019؛ 98 (7): 3022-8.

34. Li J، Qin Q، Li YX، Leng XF، Wu YJ. قرار گرفتن در معرض تری ارتو کرسیل فسفات منجر به تولید کم تخم مرغ و کیفیت ضعیف پوسته تخم مرغ از طریق اختلال در رشد فولیکولی و عملکرد غدد پوسته در مرغ های تخمگذار می شود. Ecotoxicol Environ Saf. 2021؛ 225:112771.

35. فوکایا M، کاماتا A، هارا Y، تاماکی H، کاتسوماتا O، Ito N، Takeda S، Hata Y، سوزوکی T، Watanabe M، و همکاران. SynArfGEF یک عامل تبادل نوکلئوتید گوانین برای Arf6 است و ترجیحاً در تخصص‌های پس سیناپسی سیناپس‌های مهاری موضعی می‌گیرد. جی نوروشیم. 2011؛ ​​116 (6): 1122-37.

36. ام جی دبلیو. توابع سیناپسی خانواده IQSEC فاکتورهای تبادل نوکلئوتیدی گوانین فاکتور ADP-ریبوسیلاسیون. Neurosci Res. 2017؛ 116:54-9.

37. ام جی دبلیو، چوی جی، پارک دی، کیم دی، جئون اس، کانگ اچ، موری تی، پاپادوپولوس تی، یو تی، لی وای و همکاران. موتیف IQ و پروتئین 3 حاوی دامنه SEC7 (IQSEC3) با Gephyrin تعامل می‌کند تا تشکیل سیناپس مهاری را تقویت کند. جی بیول شیمی. 2016؛ 291 (19): 10119-30.

38. کیم اس، کیم اچ، پارک دی، کیم جی، هونگ جی، کیم جی اس، جونگ اچ، کیم دی، چئونگ ای، کو جی، و همکاران. از دست دادن IQSEC3 باعث اختلال در نگهداری سیناپس GABAergic و کاهش بیان سوماتوستاتین در هیپوکامپ می شود. Cell Rep. 2020;30(6):1995-2005 e1995.

39. Erdö SL، Riesz M، Kárpáti E، Szporny L. تحریک با واسطه گیرنده GABAB از انقباض لوله رحمی خرگوش جدا شده. Eur J Pharmacol. 1984؛ 99 (4): 333-6. 40. Roth FC، Draguhn A. متابولیسم و ​​انتقال گابا: اثرات بر اثربخشی سیناپسی. نورال پلاست. 2012؛ 2012: 805830.

41. Erdő SL، László Á، Szporny L، Zsolnai B. چگالی بالا از محل های اتصال خاص GABA در لوله فالوپ انسان. نوروسی لت. 1983؛ 42 (2): 155-60.

42. Erdo SL، Rosdy B، Szporny L. غلظت GABA بالاتر در لوله فالوپ نسبت به مغز موش. جی نوروشیم. 1982؛ 38 (4): 1174-6.

43. Sun X، Chen X، Zhao J، Ma C، Yan C، Liswaniso S، Xu R، Qin N. تجزیه و تحلیل مقایسه ای رونوشت فولیکول های تخمدان، ژن های کلیدی و مسیرهای سیگنال دهی دخیل در تولید تخم مرغ را نشان می دهد. BMC Genomics. 2021؛ 22 (1): 899.

44. Chen X، Sun X، Chimbaka IM، Qin N، Xu X، Liswaniso S، Xu R، Gonzalez JM. تجزیه و تحلیل رونویسی فولیکول های تخمدان ژن های محوری بالقوه مرتبط با افزایش و کاهش نرخ تولید تخم مرغ را نشان می دهد. ژنت جلو. 2021؛ 12:622751.

45. Luan X، Liu D، Cao Z، Luo L، Liu M، Gao M، Zhang X. پروفایل رونویسی ژن‌های بیان شده متفاوت را در تخمدان‌های غاز Huoyan بین دوره تخم‌گذاری و دوره پایان یافته شناسایی می‌کند. PLoS ONE. 2014؛ 9 (11): e113211.

46. ​​Cui Z، Zhang Z، Amevor FK، Du X، Li L، Tian Y، Kang X، Shu G، Zhu Q، Wang Y، و همکاران. miR شبانه روزی-449c-5 انتقال Ca({3}}) رحم را در طول کلسیفیکاسیون پوسته تخم مرغ در جوجه ها تنظیم می کند. BMC Genomics. 2021؛ 22 (1): 764.

47. Mishra SK، Chen B، Zhu Q، Xu Z، Ning C، Yin H، Wang Y، Zhao X، Fan X، Yang M، و همکاران. تجزیه و تحلیل ترانسکریپتوم ژن های بیان شده متفاوت را نشان می دهد که با نرخ بالای تولید تخم در محور هیپوفیز-تخمدان هیپوتالاموس مرغ مرتبط است. Sci Rep. 2020؛ 10 (1): 5976.

48. کاکس پی آر، صدیق تی، زغبی ه.ای. سازماندهی ژنومی تروپومودولین های 2 و 4 و پیوند بین ژنی و درون اگزونیکی غیر معمول YL-1 و Tropomodulin 4. BMC Genomics. 2001؛ 2: 7.

49. کاکس روابط عمومی، ذغبی HY. توالی یابی، تجزیه و تحلیل بیان، و نقشه برداری از سه ژن منحصر به فرد تروپومودولین انسانی و ارتولوگ های موش آنها. ژنومیک. 2000؛ 63 (1): 97-107.

50. یاماشیرو اس، گوخین دی اس، کیمورا اس، نواک آر بی، فاولر وی ام. تروپومودولین ها: پروتئین های پوشاننده انتهایی که ساختار رشته های اکتین را در انواع مختلف سلولی تنظیم می کنند. اسکلت سلولی (هوبوکن). 2012؛ 69 (6): 337-70.

51. Almenar-Queralt A, Lee A, Conley CA, Ribas de Pouplana L, Fowler VM. شناسایی یک ایزوفرم تروپومودولین جدید، تروپومودولین اسکلتی، که انتهای رشته‌ای اکتین را به عضله اسکلتی سریع می‌پوشاند. جی بیول شیمی. 1999؛ 274 (40): 28466-75.

52. Ren T، Li Z، Zhou Y، Liu X، Han R، Wang Y، Yan F، Sun G، Li H، Kang X. تعیین توالی و خصوصیات lncRNA ها در ماهیچه سینه جوجه های Gushi و Arbor Acres. ژنوم 2018؛ 61 (5): 337-47.

53. Xu L، Zhao F، Ren H، Li L، Lu J، Liu J، Zhang S، Liu GE، Song J، Zhang L، و همکاران. تجزیه و تحلیل هم‌زمان بیان ژن‌های مرتبط با وزن جنین در عضله اسکلتی گوسفند در مراحل اواسط و اواخر رشد جنین. Int J Biol Sci. 2014؛ 10 (9): 1039-50.

54. Wu Y, Wang Y, Yin D, Mahmood T, Yuan J. تجزیه و تحلیل رونویسی درک مولکولی نیکوتین آمید و بوتیرات سدیم را بر کیفیت گوشت جوجه های گوشتی تحت تراکم بالا نشان می دهد. BMC Genomics. 2020؛ 21 (1): 412.

55. Zhang F، Yin ZT، Zhang JF، Zhu F، Hincke M، Yang N، Hou ZC. ادغام داده‌های رونوشت، پروتئوم و QTL برای کشف ژن‌های مهم عملکردی برای تشکیل پوسته تخم مرغ و آلبومن. ژنومیک. 2020؛ 112 (5): 3687-95.

56. Nys Y، Gautron J، Garcia-Ruiz JM، Hincke MT. کانی سازی پوسته تخم مرغ پرندگان: خصوصیات بیوشیمیایی و عملکردی پروتئین های ماتریکس CR Palevol. 2004؛ 3 (6-7): 549-62.

57. Chen CS، Alonso JL، Ostuni E، Whitesides GM، Ingber DE. شکل سلولی کنترل کلی مجموعه چسبندگی کانونی را فراهم می کند. Biochem Biophys Res Commun. 2003؛ 307 (2): 355-61.

58 Su H، Zhang H، Wei X، Pan D، Jing L، Zhao D، Zhao Y، Qi B. تجزیه و تحلیل پروتئومی مقایسه ای لوله رحمی Rana chensinensis. مولکول ها. 2018؛ 23 (6): 1384.

59. Zhang T، Chen L، Han K، Zhang X، Zhang G، Dai G، Wang J، Xie K. تجزیه و تحلیل رونوشت تخمدان در مرغ زرد Jinghai تولید کننده تخم مرغ نسبتا بزرگتر و کوچکتر. Anim Reprod Sci. 2019؛ 208:106114.

60. Sun T، Xiao C، Deng J، Yang Z، Zou L، Du W، Li S، Huo X، Zeng L، Yang X. تجزیه و تحلیل رونویسی ژن ها و مسیرهای کلیدی مرتبط با تولید تخم مرغ را در مرغ خانگی ناندان-یائو نشان می دهد. Comp Biochem Physiol قسمت D Genomics Proteomics. 2021؛ 40:100889.

61. پیتر AT، Dhanasekaran N. آپوپتوز سلول های گرانولوزا: بررسی نقش ماژول های سیگنال دهی MAPK. Reprod Domest Anim. 2003؛ 38 (3): 209-13.

62. Jeong W، Kim J، Ahn SE، Lee SI، Bazer FW، Han JY، Song G. AHCYL1 توسط سیگنالینگ سلولی MAPK ERK1/2 ناشی از استروژن و تنظیم microRNA برای تأثیرگذاری بر جنبه های عملکردی مجرای تخمدان پرندگان واسطه می شود. PLoS ONE. 2012؛ 7 (11): e49204.

63. Wang J، Huang X، Zhang K، Mao X، Ding X، Zeng Q، Bai S، Xuan Y، Peng H. اثرات اکسیداتیو و آپوپتوز Vanadate توسط مسیر MAPK-Nrf2 در سلول های اپیتلیال مجرای لوله رحمی ماگنوم واسطه می شوند. متالومیک. 2017؛ 9 (11): 1562-75.

64. Tao Z، Song W، Zhu C، Xu W، Liu H، Zhang S، Huifang L. تجزیه و تحلیل رونویسی مقایسه ای تخمدان های اردک با تولید تخمک بالا و پایین. Poult Sci. 2017؛ 96 (12): 4378-88.

65. Shioda K، Odajima J، Kobayashi M، Kobayashi M، Cordazzo B، Isselbacher KJ، Shioda T. حفظ ترانویسی و اپی ژنتیکی هویت جنسی ژنتیکی در غدد جنسی جنینی مرغ نر با استروژن. غدد درون ریز. 2021؛ 162 (1): bqaa208.

66. Huang YZ، Sun JJ، Zhang LZ، Li CJ، Womack JE، Li ZJ، Lan XY، Lei CZ، Zhang CL، Zhao X، و همکاران. پروفایل های متیلاسیون DNA در سطح ژنوم و روابط آنها با mRNA و رونوشت میکروRNA در بافت عضلانی گاو (Bos taurine). Sci Rep. 2014; 4:6546.

67. Tan X، Liu R، Zhang Y، Wang X، Wang J، Wang H، Zhao G، Zheng M، Wen J. تجزیه و تحلیل یکپارچه متیلوم و رونوشت جوجه های مبتلا به سندرم هموراژیک کبد چرب. BMC Genomics. 2021؛ 22 (1): 8.

68. Fu Y، Li J، Tang Q، Zou C، Shen L، Jin L، Li C، Fang C، Liu R، Li M، و همکاران. تجزیه و تحلیل یکپارچه متیلوم، ترانسکریپتوم و miRNAome سه نژاد خوک. اپی ژنومیک. 2018؛ 10 (5): 597-612.

69. Lawrence M, Daujat S, Schneider R. تفکر جانبی: چگونه تغییرات هیستون بیان ژن را تنظیم می کند. روند ژنت. 2016؛ 32 (1): 42-56.

70. Zhao BS، Roundtree IA، He C. تنظیم ژن پس از رونویسی توسط تغییرات mRNA. Nat Rev Mol Cell Biol. 2017؛ 18 (1): 31-42.

71. چاکراورتی بی، آبراهام جی.ن. پیری و ایمنی با واسطه سلول های T. Mech Aging Dev. 1999؛ 108 (3): 183-206.

72. Camougrand N, Rigoulet M. پیری و استرس اکسیداتیو: مطالعات برخی از ژن های دخیل در پیری و در پاسخ به استرس اکسیداتیو. فیزیول تنفسی 2001؛ 128 (3): 393-401.

73. Ribezzo F, Shiloh Y, Schumacher B. پاسخ های آسیب سیستمیک DNA در پیری و بیماری ها. Semin Cancer Biol. 2016؛ 37–38:26–35.

74. Orr WC، Radyuk SN، Prabhudesai L، Toroser D، Benes JJ، Luchak JM، Mockett RJ، Rebrin I، Hubbard JG، Sohal RS. بیان بیش از حد گلوتامات سیستئین لیگاز باعث افزایش طول عمر در مگس سرکه ملانوگاستر می شود. جی بیول شیمی. 2005؛ 280 (45): 37331-8.

75. Park DS، Cohen AW، Frank PG، Razani B، Lee H، Williams TM، Chandra M، Shirani J، De Souza AP، Tang B، و همکاران. موش‌های تهی (-/-) Caveolin-1 کاهش چشمگیری در طول عمر نشان می‌دهند. بیوشیمی. 2003؛ 42 (51): 15124-31.

76. Park JW، Ji YI، Choi YH، Kang MY، Jung E، Cho SY، Cho HY، Kang BK، Joung YS، Kim DH، و همکاران. پلی مورفیسم های ژنی کاندیدای دیابت، بیماری های قلبی عروقی و سرطان با طول عمر در کره ای ها مرتبط است. Exp Mol Med. 2009؛ 41 (11): 772-81.

77. Jakobs PM، Hess JF، FitzGerald PG، Kramer P، Weleber RG، Litt M. آب مروارید مادرزادی اتوزومال غالب مرتبط با جهش حذف در ژن پروتئین رشته مهره های انسانی BFSP2. من جی هوم ژنت هستم. 2000؛ 66 (4): 1432-6.

78. Conley YP، Erturk D، Keverline A، Mah TS، Keravala A، Barnes LR، Bruchis A، Hess JF، FitzGerald PG، Weeks DE، و همکاران. منبع آب مروارید پیشرونده جوانی با شروع جوانی در کروموزوم 3q21-q22 با یک جهش نادرست در پروتئین ساختاری فلامنت مهره‌دار مرتبط است. من جی هوم ژنت هستم. 2000؛ 66 (4): 1426-31.

79. Kumar P، Kasiviswanathan D، Sundaresan L، Kathirvel P، Veeriah V، Dutta P، Sankaranarayanan K، Gupta R، Chatterjee S. برداشت سرنخ‌ها از تجزیه و تحلیل رونویسی ژنوم گسترده برای بررسی ناهنجاری‌های با واسطه تالیدومید در رشد چشم جنین جوجه: اکسید ناهنجاری‌های ناشی از تالیدومید را با چرخاندن سیستم به الگوی رونوشت طبیعی اصلاح می‌کند. بیوشیمی. 2016؛ 121:253-67.

80. Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: یک پیش پردازنده همه کاره FASTQ فوق سریع. بیوانفورماتیک. 2018؛ 34 (17): i884–90.

81. Kim D، Paggi JM، Park C، Bennett C، Salzberg SL. هم ترازی ژنوم مبتنی بر نمودار و ژنوتیپ با HISAT2 و HISAT-ژنوتیپ. Nat Biotechnol. 2019؛ 37 (8): 907–15.

82. Li H، Handsaker B، Wysoker A، Fennell T، Ruan J، Homer N، Marth G، Abecasis G، Durbin R، ژنوم پروژه پردازش داده S. فرمت ترتیب و نقشه توالی و SAMtools. بیوانفورماتیک. 2009؛ 25 (16): 2078-9.

83. Liao Y, Smyth GK, Shi W. featureCounts: یک برنامه با هدف کلی کارآمد برای تخصیص خواندن توالی به ویژگی های ژنومی. بیوانفورماتیک. 2014؛ 30 (7): 923-30.

84. Love MI، Huber W، Anders S. برآورد تعدیل شده تغییر برابر و پراکندگی برای داده های RNA-seq با DESeq2. ژنوم بیول. 2014؛ 15 (12): 550.

85. Subramanian A، Tamayo P، Mootha VK، Mukherjee S، Ebert BL، Gillette MA، Paulovich A، Pomeroy SL، Golub TR، Lander ES، و همکاران. تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژن: یک رویکرد مبتنی بر دانش برای تفسیر پروفایل های بیان گسترده ژنوم Proc Natl Acad Sci US A. 2005؛ 102 (43): 15545-50.

86. کروگر اف، اندروز اس آر. Bismark: یک تراز کننده انعطاف پذیر و فراخوان متیلاسیون برای کاربردهای Bisulfte-Seq. بیوانفورماتیک. 2011؛ ​​27 (11): 1571-2.

87. جونز پی. عملکردهای متیلاسیون DNA: جزایر، مکان های شروع، اجسام ژنی و فراتر از آن. Nat Rev Genet. 2012؛ 13 (7): 484-92.

88. Akalin A، Kormaksson M، Li S، Garrett-Bakelman FE، Figueroa ME، Melnick A، Mason CE. methylKit: یک بسته R جامع برای تجزیه و تحلیل فرآیندهای متیلاسیون DNA در سطح ژنوم. ژنوم بیول. 2012؛ 13 (10): R87.

89. ژو ی، ژو بی، پاچه ال، چانگ ام، خدابخشی ا.ح.، تاناسئیچوک او، بنر سی، چاندا SK. Metascape یک منبع زیست شناس محور برای تجزیه و تحلیل مجموعه داده های سطح سیستم فراهم می کند. Nat Commun. 2019؛ 10 (1): 1523.