ترکیب میکروبیوم روده در افراد مبتلا به بیماری مزمن کلیوی در مراحل اولیه تا پایانی مرتبط با دیابت ثابت می ماند.

چکیدهt: (1) زمینه: افراد مبتلا به دیابت وبیماری مزمن کلیویدر مقایسه با افراد سالم، دیس بیوز روده را نشان می دهد. با این حال، مشخص نیست که آیا تغییری در دیس بیوز در طول مراحل دیابت وجود دارد یا خیربیماری مزمن کلیوی. ما یک مطالعه مقطعی از بیماران مبتلا به بیماری مزمن کلیوی مرتبط با دیابت زودرس و دیررس را برای شناسایی تفاوت‌های میکروبی احتمالی بین این دو گروه و در هر یک از مراحل بیماری مزمن کلیوی دیابتی بررسی کردیم. (2) روش ها: این مطالعه مقطعی بر روی 95 بزرگسال انجام شد. DNA استخراج شده از نمونه های مدفوع جمع آوری شده برای تعیین توالی 16S rRNA برای شناسایی جامعه باکتریایی در روده استفاده شد. (3) یافته‌ها: شاخه Firmicutes فراوان‌ترین و میانگین فراوانی نسبی آن در گروه بیماری‌های مزمن کلیوی زودرس و دیررس مشابه بود، 58/58 ± 99/45 درصد و 55/0 ± 39/49 درصد. ، به ترتیب. میانگین فراوانی نسبی برای خانواده Bacteroidaceae نیز در گروه‌های اولیه و اواخر به ترتیب 2 ± 15/29 و 70/1 ± 16/29 درصد بود. فراوانی کمتر Prevotellaceae در هر دو گروه بیماری مزمن کلیوی دیابتی 1.66 ± 3.87 درصد و اواخر 0.98 ± 3.36 درصد مشابه باقی ماند. (4) نتیجه‌گیری: داده‌های حاصل از گروه ما از افراد مبتلا به بیماری مزمن کلیوی مرتبط با دیابت، غلبه فیلا Firmicutes و Bacteroidetes را نشان می‌دهد. خانواده‌های Ruminococcaceae و Bacteroidaceae بالاترین فراوانی را نشان می‌دهند، در حالی که خانواده Prevotellaceae مفید از فراوانی کاهش یافته است. جالب‌ترین مشاهدات این است که فراوانی نسبی این میکروب‌های روده در مراحل اولیه و پایانی بیماری مزمن کلیوی دیابتی تغییر نمی‌کند، که نشان می‌دهد این یک رویداد اولیه در ایجاد بیماری مزمن کلیوی مرتبط با دیابت است. ما فرض می کنیم که میکروبیوم دیس بیوتیک به دست آمده در مراحل اولیه بیماری مزمن کلیوی دیابتی نسبتاً پایدار باقی می ماند و تنها یکی از عوامل خطر بسیاری است که بر اختلال عملکرد پیشرونده کلیه تأثیر می گذارد.

کلید واژه ها: بیماری مزمن کلیوی; دیابت؛ دیس بیوز؛ میکروبیوم روده؛ میکروبیوتا

1. معرفی

روده انسان دارای یک جامعه پیچیده بیش از 100 تریلیون سلول میکروبی است که میکروبیوتای روده را تشکیل می دهند. آنها یک اکوسیستم پویا و همزیست را تشکیل می دهند که در تعامل مداوم با متابولیسم میزبان است و بر تغذیه، فیزیولوژی و عملکرد سیستم ایمنی تأثیر می گذارد. تنوع میکروبی افزایش می یابد و در پایان 3 تا 5 سال اول زندگی به سمت یک میکروبیوتای بالغ مانند همگرا می شود. بنابراین پس از ایجاد، ترکیب، عملکرد و ساختار میکروبیوتای روده در طول دوره زندگی در افراد سالم نسبتاً پایدار است. این علیرغم سازگاری با محیط بیوشیمیایی دستگاه گوارش (GI) و تغییرات در دسترس بودن مواد مغذی است که تنظیم کننده های اصلی متابولیسم باکتری ها را نشان می دهد. فیلاهای باکتریایی Firmicutes و Bacteroidetes اکثر میکروبیوم های سالم روده را تشکیل می دهند. با این حال، به نظر می رسد که ترکیب این تنوع باکتریایی در بیماری های غیرواگیر مانند چاقی و همچنین برای افراد مبتلا به دیابت نوع 2 تغییر می کند.

دیابت و عوارض میکرو و ماکروواسکولار مرتبط با شیوع جهانی 463 میلیون نفر به ابعاد همه گیر رسیده است. بیش از 40 درصد افراد مبتلا به دیابت به دیابت مبتلا می شوندبیماری مزمن کلیه (CKD)، که باقی می ماند

علت اصلیمرحله نهایی بیماری کلیه (ESKD)در سراسر جهان، نیاز به دیالیز طولانی مدت دارد. بیماری قلبی عروقی علت اصلی مرگ و میر در افراد مبتلا به CKD است که تا حدی به دلیل التهاب مداوم با درجه پایین است. پس جای تعجب نیست که بیماری مزمن کلیه دیابتی اکنون به عنوان یک موضوع بهداشت جهانی در نظر گرفته می شود.

چندین مطالعه تغییرات ترکیبی را در میکروبیوتای روده در انسان‌های مبتلا به دیابت در مقایسه با افراد کنترل گزارش کرده‌اند و نمونه‌هایی شامل کاهش نسبت‌های فیلوم فیرمیکوت‌ها و کلاس کلستریدیا در افراد مبتلا به دیابت نوع 2 در مقایسه با افراد سالم است. همچنین نشان داده شده است که افراد مبتلا به دیابت به طور کلی کاهش تنوع باکتریایی را نشان می‌دهند که با کاهش باکتری‌های تولیدکننده بوتیرات مانند Faecalibacterium prausnitzii و Roseburia intestinalis همراه با افزایش پاتوژن‌های فرصت‌طلب مشخص می‌شود.

تحقیق در مدل های حیوانی آزمایشیبیماری مزمن کلیه (CKD)و بیماران با مراحل مختلفCKDتغییرات در میکروبیوم طبیعی روده را نشان می دهد. حالت‌های بیماری مزمن مانند CKD دیابتی، از طریق مکانیسم‌های پاتوفیزیولوژیک متعدد، باعث ایجاد حالت «دیسبیوز روده» در میکروبیوتای روده می‌شوند که ممکن است منجر به پاسخ التهابی سیستمیک شود. تغییرات مشخصه دیس بیوز روده کاهش میکروب های ساکارولیتیک مفید تولید کننده اسیدهای چرب با زنجیره کوتاه (SCFA) و در مورد CKD، افزایش باکتری های پروتئولیتیک مانند کلستریدیوم است. و Bacteroides spp. معلوم است که افراد بابیماری کلیویسطح بالاتری از اوره سرم یا نیتروژن اوره خون (BUN)، به دلیل اختلالکلیهپاکسازی این سموم اورمیک و افزایش محتوای اوره روده. این افزایش پیشنهاد شده است که منجر به تولید آمونیاک بالا از هیدرولیز اوره با واسطه باکتری شود، که به نوبه خود pH مجرا را افزایش می دهد و رشد بیش از حد گونه های پروتئولیتیک مانند گونه های کلستریدیوم در CKD را افزایش می دهد. این "محیط اورمیک" فقط در افراد مبتلا به دیابت (غیر CKD) وجود ندارد و بنابراین این افراد افزایش گونه های کلستریدیوم را نشان نمی دهند. با توجه به اینکه بیش از 90 درصد از کل جمعیت میکروبیوتای روده انسان سالم توسط دو گروه غالب به نام‌های Firmicutes و Bacteroidetes نشان داده می‌شوند که افراد مبتلا به دیابت با افراد سالم مقایسه می‌شوند، یک تغییر ترکیبی در میکروبیوم وجود دارد که شامل کاهش Firmicutes است. در افراد مبتلا به دیابت در مقایسه با افراد سالم.

یکی دیگر از مشخصه های دیس بیوز روده کاهش خانواده های میکروبی ساکارولیتیک مفید مانند Prevetoellaceae است که اسیدهای چرب با زنجیره کوتاه مانند بوتیرات تولید می کنند. این اسیدهای چرب با زنجیره کوتاه به حفظ یکپارچگی سد روده کمک می کند و در افراد مبتلا به CKD در مقایسه با افراد سالم کاهش می یابد. افراد مبتلا به دیابت اغلب از نظر بالینی با سندرم متابولیک همراه هستند. در یک مطالعه انسانی که تنوع میکروبیوتای روده را با جنبه‌های سندرم متابولیک ارزیابی می‌کرد، نویسندگان نشان دادند که تنوع ضعیف میکروبیوتا با چاقی، مقاومت به انسولین، استئاتوز کبدی و التهاب با درجه پایین مرتبط است. آنها نشان دادند که چنین افراد دارای مشخصات میکروبی پیش التهابی هستند که با کاهش باکتری های تولید کننده بوتیرات مشخص می شود.

با وجود بار بیماری، مکانیسم های پاتوفیزیولوژیک زیربنای پیشرفت CKD دیابتی به خوبی شناخته نشده است. CKD دیابتی با فشار خون بالا، آلبومینوری و کاهش پیشرونده مشخص می شودعملکرد کلیه،به عنوان تغییر در نرخ فیلتراسیون گلومرولی تخمینی (eGFR) اندازه گیری می شود. نقش میکروبیوم روده در پیشرفت CKD دیابتی به عنوان یک منطقه مورد علاقه علمی ظاهر شده است. افراد مبتلا به دیابت وبیماری مزمن کلیویدر مقایسه با گروه شاهد، دیس بیوز روده را نشان می دهد. با این حال، مشخص نیست که آیا تغییری در این dysbiosis در سراسر مراحل CKD دیابتی وجود دارد یا خیر. بنابراین، این مطالعه با هدف انجام یک تجزیه و تحلیل مقطعی از پروفایل‌های میکروبیوم روده بیماران مبتلا به CKD مرتبط با دیابت اولیه و دیررس برای شناسایی تفاوت‌های میکروبی احتمالی بین این دو گروه و در هر یک از مراحل CKD دیابتی انجام شد.

برای مکمل Cistanche Tubulosa کلیک کنید

برای اطلاعات بیشتر:david.deng@wecistanche.com

2. مواد و روشها

2.1. شركت كنندگان

این مطالعه مقطعی آینده‌نگر، 95 بزرگسال، بیش از 6 ماه، را در زمان مراجعه به کلینیک غدد سرپایی، انتخاب کرد. بیماران با ارائه یک نمونه مدفوع برای جداسازی DNA، علاوه بر آزمایش خون معمول خود در ویزیت سرپایی موافقت کردند. این بیماران مبتلا به دیابت با مراحل مختلف (مراحل 1-5) بودندبیماری مزمن کلیوی. بیماران به 2 گروه مجزا تقسیم شدند: "CKD زودرس" و "CKD دیررس". گروه CKD زودرس به عنوان شرکت کنندگان مبتلا به دیابت که مرحله 1، 2، یا 3a CKD داشتند، در حالی که گروه CKD دیررس دیابت به عنوان شرکت کنندگان تعریف شد. مبتلا به دیابت که مرحله 3b، 4، یا 5 CKD داشتند. مرتبط با دیابتبیماری مزمن کلیوی= اصطلاح ترجیحی شامل محدوده ضایعات بافتی کلیه که ممکن است مشاهده شود، نیست. CKD با کاهش تدریجی عملکرد کلیه تعریف می شود، که به عنوان تغییر در نرخ تخمینی فیلتراسیون گلومرولی (eGFR) با یا بدون آلبومینوری اندازه گیری می شود. در صورت وجود، آلبومینوری با اندازه‌گیری نسبت آلبومین به کراتینین ادرار (ACR) در یک نمونه ادرار نقطه‌ای و همزمان با ارائه نمونه خون وریدی ارزیابی شد. میکروآلبومینوری به عنوان ACR 30-300 میلی گرم بر گرم و ماکروآلبومینوری به عنوان ACR > 300 میلی گرم بر گرم تعریف شد. شش مرحله CKD شناسایی شده است: مرحله 1 (eGFR بزرگتر یا مساوی 90 میلی لیتر در دقیقه / 1.73 متر مربع)، 2 (eGFR 60-89 میلی لیتر در دقیقه / 1.73 متر مربع)، 3a (eGFR 45-59 میلی لیتر در دقیقه / 1.73 متر مربع). )، 3b (eGFR 30-44 میلی لیتر در دقیقه/1.73 متر مربع)، 4 (eGFR 20-29 میلی لیتر در دقیقه/1.73 متر مربع)، و 5 (eGFR <20 میلی لیتر در دقیقه/1.73 متر مربع). خطر مرگ به هر علت، حوادث قلبی عروقی یا بستری شدن در بیمارستان از مرحله 3b به بعد به طور تصاعدی افزایش می یابد.

جمع‌آوری داده‌ها فقط در یک زمان انجام شد و شامل اطلاعاتی در مورد فشار خون، بیماری‌های همراه پزشکی، طول مدت دیابت، مرحله CKD و عوارض مرتبط با آن، داروها و نتایج پاتولوژی بود. داده‌های تن‌سنجی و نمونه‌های مدفوع در روز بازدید از کلینیک جمع‌آوری شد، در حالی که بقیه اطلاعات بیمار از طریق دسترسی به پرونده الکترونیکی پزشکی آستین هلث جمع‌آوری شد. تمام این اطلاعات انتخاب شده برای تجزیه و تحلیل بعدی وارد یک پایگاه داده مخصوص این مطالعه تحقیقاتی شد. 70 شرکت کننده در گروه دیابت زودرس CKD و 25 شرکت کننده در گروه دیررس بودند. شرکت کنندگان رضایت آگاهانه کتبی ارائه کردند و مطالعه توسط کمیته اخلاق تحقیقات انسانی آستین بهداشت، ویکتوریا، استرالیا (HREC/17/Austin/166، شماره پروژه ND 17/166، با تایید HREC در تاریخ 13/07/2017) تایید شد و کمیته اخلاق تحقیق انسانی دانشگاه دیکین استرالیا. رویه های دنبال شده توسط بیانیه هلسینکی در سال 1975، همانطور که در سال 2013 بازنگری شد.

2.2. مجموعه مدفوع

پس از جمع‌آوری توسط اهداکننده در یک ظرف نمونه 50 میلی‌لیتری، نمونه‌ها تقریباً 0.5-1 گرم در لوله‌های کوچکتر 1.5 میلی‌لیتری اپندورف قبل از انجماد در -80 درجه سانتیگراد برای استخراج DNA در آینده تقسیم شدند.

2.3. استخراج DNA

DNA با استفاده از کیت Qiagen QIAamp® DNA Stool Mini (Ref 51504, Hilden, Germany) طبق پروتکل سازنده استخراج شد. کمیت و خالص سازی DNA با استفاده از فلورومتر کیوبیت (Invitrogen) ارزیابی شد. استخراج DNA از مقادیر مدفوع پس از استخدام بیمار انجام شد.

2.4. مشخصات میکروبیوم DNA و کنترل کیفیت

تکثیر و تعیین توالی PCR توسط مرکز تحقیقات ژنوم استرالیا (AGRF، ملبورن، استرالیا) انجام شد. آمپلیکن‌های PCR با استفاده از پرایمرها و شرایط ذکر شده در جدول 1 تولید شدند. ترموسایکلینگ با یک Applied Biosystem 384 Veriti و با استفاده از مخلوط اصلی AmpliTaq Gold 360 (Life Technologies، Mulgrave، VIC، استرالیا) برای PCR اولیه تکمیل شد. مرحله اول PCR با استفاده از دانه‌های مغناطیسی تمیز شد و نمونه‌ها بر روی 2 درصد SYBR Agarose E-Gel (Thermo-Fisher, Mulgrave, VIC, استرالیا) مشاهده شدند. یک PCR ثانویه برای نمایه سازی آمپلیکون ها با TaKaRa Taq DNA Polymerase (Takara Bio USA, Inc., Mountain View, CA, USA) انجام شد. آمپلیکون‌های حاصل دوباره با استفاده از دانه‌های مغناطیسی تمیز شدند و قبل از نرمال‌سازی با فلورومتر QuantiFluor (Promega، Madison، WI، USA) اندازه‌گیری شدند. نمونه‌ها در غلظت‌های هم مولار قبل از تمیز کردن آخرین زمان با استفاده از دانه‌های مغناطیسی برای تغلیظ استخر ترکیب شدند و سپس با استفاده از نوار D1000 با حساسیت بالا بر روی یک سیستم TapeStation Agilent 2200 اندازه‌گیری شدند. استخر تا 5 نانومولار رقیق شد و مولاریته مجدداً با استفاده از نوار D1000 با حساسیت بالا تأیید شد. به دنبال آن توالی یابی بر روی یک Illumina MiSeq (سان دیگو، کالیفرنیا، ایالات متحده آمریکا) با کیت چرخه 600 V 3 (2 × 300 جفت پایه جفت شده) انجام شد.

قرائت های جفتی با تراز کردن قرائت های رو به جلو و معکوس با استفاده از PEAR (نسخه 0.9.5) جمع آوری شدند. آغازگرها شناسایی و برش داده شدند. توالی های بریده شده با استفاده از بینش کمی در محیط زیست میکروبی (QIIME 1.8). USEARCH (نسخه 7.1.1090) و نرم افزار UPARSE پردازش شدند. با استفاده از USEARCH، توالی‌ها با کیفیت فیلتر شدند، سپس توالی‌های تکراری تمام‌قد حذف و بر اساس فراوانی مرتب شدند. تک‌تن‌ها یا خواندن‌های منحصربه‌فرد در مجموعه داده‌ها کنار گذاشته شدند. توالی‌ها با استفاده از پایگاه داده «rdp{10}}طلا» به‌عنوان مرجع، به‌دنبال فیلتر کردن واهی دسته‌بندی شدند. برای به دست آوردن تعداد خوانش ها در هر واحد طبقه بندی عملیاتی (OTU)، خوانش ها به OTU با حداقل هویت 97 درصد نگاشت شدند. با استفاده از QIIME، طبقه بندی با استفاده از پایگاه داده Greengenes اختصاص داده شد (نسخه 13_8، اوت 2013)

2.5. پاکسازی داده ها، عادی سازی، و تجزیه و تحلیل آماری

متغیرهای طبقه‌بندی برای ویژگی‌های بیمار با استفاده از Fisher's Exact و متغیرهای پیوسته با آزمون رتبه‌بندی ویلکاکسون مورد آزمایش قرار گرفتند.

داده‌ها برای حذف نمایندگان طبقه‌بندی‌شده به Archaea (N=4)، کلروپلاست (N=42)، و 22 OTU اختصاص‌یافته که در بسته «phyloseq» در برنامه آماری R نسخه 1.26.1 پیاده‌سازی شده‌اند، حذف شدند. ما همچنین OTU ها را با شیوع کمتر از دو حذف کردیم که باعث شد تعداد ثبت‌شده در هر نمونه به طور یکنواخت توزیع شود. 1818 گونه باقی‌مانده به باکتری‌های پادشاهی با 69.03 درصد به سطح شاخه طبقه‌بندی شدند. ما فراوانی نسبی باکتری‌ها (فراوانی > 2 درصد) را در انواع نمونه‌های مختلف، طبقه‌بندی شده به سطح شاخه و جنس، مشاهده کردیم.

ما تعداد OTUهای مشاهده شده را محاسبه کردیم و تنوع آلفا (در نمونه) افراد گروه‌بندی شده در مرحله CKD را با استفاده از شاخص شانون مقایسه کردیم، که هم فراوانی و هم یکنواختی گونه‌های موجود را به حساب می‌آورد. باکس‌پلات‌های شاخص‌های تنوع آلفا با استفاده از دستور boxplot در پایه R تولید شدند. از آنجایی که داده‌های ما دارای نقاط پرت بالقوه هستند و به طور معمول توزیع نشده‌اند، تفاوت‌های بین میانگین‌های گروه نمونه با آزمون ناپارامتری Kruskal-Wallis با استفاده از دستور Kruskal مورد آزمایش قرار گرفت. تست.

برای تنوع بتا (بین نمونه‌ها)، ما از یک تبدیل گزارشی از داده‌های مقیاس‌بندی شده برای عمق خواندن در هر نمونه استفاده کردیم و سپس UniFrac وزن‌دار را محاسبه و ترسیم کردیم، که معیاری از فراوانی نسبی و عدم تشابه فیلوژنتیکی را ارائه می‌دهد. فاصله کوچکتر UniFrac بین دو نمونه نشان دهنده شباهت بالاتر بین دو جامعه میکروبی است. فواصل UniFrac با استفاده از نمودارهای تجزیه و تحلیل مختصات اصلی (PCoA) با استفاده از دستورات بسته "phyloseq" مشاهده شد. تجزیه و تحلیل مختصات اصلی (PCoA) یک روش کاهش ابعاد است که رابطه بین نمونه‌ها را بسته به ماتریس فاصله نشان می‌دهد و الگوی گروه‌بندی بدون نظارت یک مجموعه داده پیچیده، مانند میکروبیوم را به تصویر می‌کشد. ما از دستور آدونیس از بسته "وگان" برای انجام آنالیز واریانس چند متغیره (PERMANOVA) استفاده کردیم تا بررسی کنیم که آیا جوامع میکروبی هر گروه نمونه به طور قابل توجهی متفاوت هستند یا خیر. نتایج برای همه آزمون‌های آماری در جایی که مقادیر p معنی‌دار هستند در نظر گرفته شد<0.05.

3. نتایج

ویژگی های بالینی و بیوشیمیایی

پس از کنترل کیفیت نمونه، داده ها برای 95 نمونه بیمار در دسترس بود. مشخصات بالینی و بیوشیمیایی جمعیت 95 مورد مطالعه در جدول 2 نشان داده شده است. میانگین eGFR در اوایل 67.51 میلی لیتر در دقیقه / 1.73 متر مربع بود.بیماری مزمن کلیه دیابتیگروه (شامل مرحله 1، 2، و 3a CKD)، و 24.48 میلی لیتر در دقیقه / 1.73 متر مربع در اواخربیماری مزمن کلیه دیابتیافراد (شامل مراحل 3b، 4، و 5). این با یک p-value < 0.001 (آزمون رتبه امضا شده Wilcoxon) به اهمیت آماری رسید. میانگین سنی در گروه CKD اولیه به طور قابل توجهی جوانتر بود (66.24 سال در مقایسه با 72.68 سال در گروه CKD اواخر (p-value=0.01). نسبت 95 بیمار استخدام شده در هر مرحله از CKD دیابتی در شکل 1 نشان داده شده است.

شاخص های تنوع بتا برای توصیف تنوع اکولوژیکی بین نمونه های جامعه میکروبی استفاده می شود. تنوع بتا میکروبیوم روده بین گروه‌های اولیه و دیررس افراد دیابتی CKD یا بین هر یک از مراحل CKD دیابتی در مقایسه با دیگری تفاوت معنی‌داری نداشت (PERMANOVA، p-value=0).70، شکل 2A، ب).

شکل 1. نسبت بیماران در هر مرحله از بیماری مزمن کلیه دیابتی (CKD)

شاخص‌های تنوع آلفا معمولاً برای توصیف تنوع اکولوژیکی در نمونه‌های جامعه میکروبی استفاده می‌شوند. شاخص شانون غنای و یکنواختی گونه را در نظر می گیرد. تنوع آلفای میکروبیوم روده بین گروه‌های اولیه و دیررس افراد دیابتی مزمن کلیه تفاوت معنی‌داری نداشت (شاخص شانون، آزمون KruskalWallis، p-value کمتر یا مساوی 0.05) یا بین هر یک از مراحل CKD دیابتی در مقایسه با دیگری (شکل 3A، B).

شکل 2. (الف) تجزیه و تحلیل مختصات اصلی (PCoA) (B) نمودارهای ترتیبی عدم شباهت جامعه باکتریایی روده را با افراد مبتلا به CKD نشان می دهد.

شکل 3. (A). نمودارهای جعبه و سبیل چندین واحد طبقه بندی عملیاتی باکتریایی (OTUs) و شاخص تنوع شانون از نمونه های مدفوع را نشان می دهد که توسط افراد دارای مراحل اولیه (1 تا 3a) و اواخر (3b تا 5) CKD گروه بندی شده اند. (B) ). نمودارهای جعبه و سبیل تعداد واحدهای طبقه بندی عملیاتی باکتریایی مشاهده شده (OTUs) و شاخص تنوع شانون نمونه های مدفوع را که توسط افراد در مراحل 1،2،3a،3b،4 و 5 CKD گروه بندی شده است را نشان می دهد.

The majority (>85 درصد متوسط ​​فراوانی نسبی) واحدهای طبقه بندی عملیاتی باکتریایی (OTUs) شناسایی شده در سطح طبقه بندی شاخه در میکروبیوم روده افراد مبتلا به مراحل مختلف بیماری CKD توسط phyla Bacteroidetes و Firmicutes نشان داده شد. گروه Firmicutes فراوان‌ترین و میانگین فراوانی نسبی آن در گروه CKD اولیه (مرحله 1، 2 و 3a) و اواخر (مرحله 3b، 4، و 5) مشابه بود که 45.99 ± 0 بود. 58 درصد در اوایل CKD و 49.39 ± 0.55 درصد در اواخر CKD. به همین ترتیب، میانگین فراوانی نسبی برای گروه باکتریایی در CKD اولیه دیابتی مشابه 42 بود. 4A). در سطح خانواده، Bacteroidaceae و Ruminococcaceae بالاترین فراوانی OTUs را در گروه‌های CKD اولیه و اواخر نشان دادند در حالی که Prevotelaceae کمترین فراوانی را در تمام مراحل CKD دیابتی داشتند. به طور خاص، میانگین فراوانی نسبی برای خانواده Bacteroidaceae در CKD دیابتی اولیه و دیررس مشابه بود و 2 ± 15/29 بود. میانگین فراوانی نسبی Ruminococcaceae نیز در CKD اولیه و اواخر مشابه بود که شامل 20.49 ± 0.61 درصد در اوایل CKD و 20.22 ± 0.44 درصد در اواخر CKD بود. فراوانی کمتر Prevotellaceae نیز در CKD اولیه و اواخر مشابه باقی ماند و تنها 3.87 ± 1.66 درصد در CKD اولیه و 3.36 ± 0.98 درصد در CKD دیررس دیابتی را شامل می شود (شکل 4B).

شکل 4. (الف). نمودارهای میله ای انباشته شده میانگین فراوانی نسبی واحدهای طبقه بندی عملیاتی باکتریایی (OTUs) شناسایی شده در سطح طبقه بندی شاخه در میکروبیوم روده افراد مبتلا به مراحل مختلف بیماری CKD را نشان می دهد. فراوانی از داده های بریده شده برای حذف OTU هایی که در آن رایج بودند محاسبه شد<2 samples with <2 counts in the complete dataset. (B). Stacked bar charts display the average relative abundance of bacterial operational taxonomic units (OTUs) identified to the taxonomic level of family in the gut microbiome of individuals with different stages of CKD disease. Abundances were calculated from trimmed data to remove OTUs that were prevalent in <2 samples with <2 counts in the complete dataset.

جنس‌های Faecalibacterium، Bifidobacterium، Bacteroides، و Akkermansia که به طور منفی با دیابت نوع 2 مرتبط هستند، تفاوت قابل‌توجهی در فراوانی نسبی آنها در CKD دیابتی اولیه یا دیررس در مطالعه ما نشان ندادند (شکل 5A-D). فیلا Actinobacteria و Firmicutes که نشان داده شده است رشد بیش از حد کولون در بیماران CKD دارند، مجدداً تفاوت قابل توجهی در فراوانی نسبی در CKD دیابتی زودرس یا دیررس نشان ندادند (شکل 6A). میکروبیوم روده در مدل های حیوانی اورمیک با کاهش ترکیب Prevotelaceae همراه بود. در مطالعه ما، جنس Prevotella در خانواده Prevotellaceae تفاوت معنی داری در فراوانی نسبی در CKD دیابتی زودرس یا دیررس نشان نداد (شکل 6B).

شکل 5. (الف): نمودارهای جعبه و سبیل فراوانی نسبی از جنس های Ruminococcus و Faecalibacterium را بین گروه های CKD اولیه و اواخر نشان می دهد. ns نشان دهنده عدم اهمیت است. (B): نمودارهای جعبه و سبیل فراوانی نسبی جنس بیفیدوباکتریوم را بین گروه‌های CKD اولیه و اواخر نشان می‌دهند. ns نشان دهنده عدم اهمیت است. (C): نمودارهای جعبه و سبیل فراوانی نسبی جنس Bacteroides را بین گروه های CKD اولیه و اواخر نشان می دهد. (D): نمودارهای جعبه و سبیل فراوانی نسبی از جنس Akkermansia را بین گروه‌های CKD اولیه و اواخر نشان می‌دهند. ns نشان دهنده عدم اهمیت است.

شکل 6. (الف): نمودارهای جعبه و سبیل فراوانی نسبی فیلا Firmicutes و Actinobacteria را بین گروه های CKD اولیه و اواخر نشان می دهد. ns نشان دهنده عدم اهمیت است. (B): نمودارهای جعبه و سبیل فراوانی نسبی جنس Prevotella را بین گروه‌های CKD اولیه و اواخر نشان می‌دهند. ns نشان دهنده عدم اهمیت است.

4. بحث

مجموعه قابل توجهی از ادبیات شواهدی برای نقش میکروبیوتای روده در فرآیندهای بیماری متابولیک مزمن از جمله دیابت نوع 2 ارائه می دهد. در میان یافته‌های رایج گزارش‌شده، جنس‌های Bifidobacterium، Bacteroides، Faecalibacterium، Akkermansia و Roseburia با دیابت نوع 2 ارتباط منفی داشتند، در حالی که جنس‌های Ruminococcus، Fusobacterium و Blautia با دیابت نوع 2 ارتباط مثبت داشتند. میکروبیوتای روده می تواند به شدت با تغییرات در محیط بیوشیمیایی سازگار باشد، در حالی که مطالعات اخیر توسط وزیری و همکاران. افزایش تعداد باکتری های هوازی و بی هوازی در روده کوچک بیماران CKD همراه با رشد بیش از حد کولون پروتئوباکتری ها، اکتینوباکتری ها و فیرمیکوت ها را نشان داده اند.

CKD دیابتی یک فرآیند بیماری چند سیستمی با فرآیندهای پاتوفیزیولوژیکی پیچیده است. در واقع، افتراق رابطه علت - پیامد بین چنین فرآیند پاتولوژیک پویا و تغییرات مرتبط با میکروبیوتای روده دشوار است. عواملی که مسئول دیسبیوز در CKD هستند عبارتند از افزایش نفوذپذیری سد روده ثانویه به یک محیط التهابی و اورمیک مرتبط با CKD و انتقال متعاقب آن باکتری های بیماری زا و اندوتوکسین های باکتریایی از مجرای روده به جریان خون به دلیل این افزایش نفوذپذیری روده. اکثر افراد مبتلا به CKD مرتبط با دیابت به دلیل افزایش خطر ابتلا به عفونت های ناشی از این بیماری، اغلب آنتی بیوتیک های طیف وسیع مصرف می کنند. استفاده از چنین آنتی بیوتیک هایی منجر به عدم تعادل بین Firmicutes و Bacteroidetes می شود. تنوع باکتری ها و فراوانی این باکتری ها در چنین دوره های درمانی کاهش می یابد. علاوه بر این، یک تنظیم کننده مهم متابولیسم باکتریایی و دیس بیوز روده با در دسترس بودن و ترکیب مواد مغذی، به ویژه نسبت بین کربوهیدرات های هضم نشده و پروتئین نشان داده می شود. در حال حاضر چندین فرآیند مرتبط با CKD وجود دارد که منجر به چنین دیس بیوز روده می شود. به عنوان مثال، جذب پروتئین در روده کوچک در CKD مختل می شود که منجر به افزایش مقدار پروتئین رژیم غذایی در روده بزرگ و در نتیجه کاهش نسبت کربوهیدرات به پروتئین روده بزرگ می شود. این تغییر در در دسترس بودن سوبسترا ممکن است به تغییر از یک ساکارولیتیک سالم (گونه های بیفیدوباکتریوم و لاکتوباسیلوس) به یک الگوی تخمیر پروتئولیتیک بیماریزاتر کمک کند. اگرچه مکانیسم های دیس بیوز در دیابت به وضوح کمتر شناخته شده است، نشان داده شده است که افراد مبتلا به دیابت به طور کلی تنوع باکتریایی کاهش یافته را نشان می دهند که با کاهش باکتری های تولید کننده بوتیرات مانند Faecalibacterium prausnitzii و Roseburia intestinalis همراه با افزایش پاتوژن های فرصت طلب مشخص می شود.

توانایی جداسازی علت دیس بیوتیک روده به دلیل CKD مرتبط با دیابت به تنهایی یک چالش بالینی به دلیل وجود بیماری های همراه متعدد مانند فشار خون بالا، چاقی و بیماری های عروقی است. علاوه بر این، استراتژی های درمانی در CKD دیابتی شامل داروها و محدودیت های غذایی است که همانطور که در بالا توضیح داده شد، می تواند به طور مستقل بر میکروبیوم روده تأثیر بگذارد. با وجود این پیچیدگی ها، منطقی است که این فرضیه را مطرح کنیمبیماری کلیویو میکروبیوتای روده ممکن است بر یکدیگر تأثیر بگذارند.

به طور خاص، تفاوت‌های میکروبیوم روده بین افراد سالم و افراد مبتلا به CKD دیابتی ثبت شده است [16،23،46]. با در نظر گرفتن این داده ها، ما یک تجزیه و تحلیل مقطعی از پروفایل های DNA در 95 نمونه مدفوع از یک جمعیت استرالیایی مبتلا به دیابت نوع 2 عمدتا با مراحل مختلف (1-5) CKD انجام دادیم تا به این سوال پاسخ دهیم که آیا میکروبیوم روده در سراسر آن تغییر می کند یا خیر. این مراحل مختلف CKD دیابتی به این ترتیب، نقطه پایانی اولیه شناسایی پروفایل‌های بالقوه میکروبیوم متفاوت بین گروه‌های مبتلا به CKD اولیه در مقابل اواخر بود. اساس قطع CKD مراحل 1، 2 و 3a به گروه اولیه و مراحل CKD 3b، 4، و 5 در گروه اواخر، زیرا خطر اختلال پیشرونده کلیه و بیماری قلبی عروقی از مرحله CKD 3b به بعد به طور قابل توجهی افزایش می یابد. و مداخلات بالینی که با هدف کند کردن پیشرفت CKD انجام می شود، از اهمیت ویژه ای برخوردار هستند.

داده ها نشان داده اند که میکروبیوم روده افراد مبتلا به CKD دیابتی زودرس و دیررس و در تمام مراحل 1 تا 5 CKD دیابتی مشابه است. مطابق با ادبیات، ما نشان داده ایم که در گروه ما غالبی از گروه Firmicutes و Bacteroidetes وجود دارد (شکل 4A). در مطالعه ما، ما به وضوح نشان داده‌ایم که جنس‌های مرتبط با دیابت نوع 2 که باعث دیس‌بیوزیس می‌شوند، به‌ویژه Faecalibacterium، Bifidobacterium، Bacteroides و Akkermansia در سراسر مراحل CKD در مقادیر مشابهی از فراوانی نسبی وجود دارند (شکل 5A-D). جنس رومینوکوک مثبت در افراد مبتلا به دیابت نوع 2 نیز تفاوت معنی داری را در فراوانی نسبی آن در مراحل اولیه یا اواخر CKD دیابتی نشان نمی دهد (شکل 5A). باکتری های پروتئولیتیک فیلا Actinobacteria و Firmicutes که نشان داده شده است باعث رشد بیش از حد کولون می شوند، در سراسر مراحل CKD به فراوانی نسبی مشابهی وجود داشتند (شکل 6A). علاوه بر این، هنگامی که ما تنوع اکولوژیکی را در نمونه میکروبی هر مرحله از CKD دیابتی بررسی کردیم و آن را با هر یک از مراحل دیگر CKD دیابتی مقایسه کردیم، هنوز تفاوت معنی‌داری مشاهده نکردیم (شکل 3B). این یافته ها شواهد شناخته شده در مورد dysbiosis در حالات بیماری را تأیید می کند، اما علاوه بر این، شواهد جدیدی را ارائه می دهد که نشان می دهد دیس بیوز اکتسابی روده در مراحل اولیه CKD دیابتی، ثابت می ماند و تا مراحل بعدی پیشرفت بیماری ادامه می یابد. این داده ها بر اساس ادبیات موجود است که در آن ترکیب میکروبی دستگاه گوارش در دو گروه CKD مورد بررسی قرار گرفت. کای یو زو و همکاران میکروبیوم روده را در 15 بیمار در یک زیرگروه GFR بالا، تعریف شده به عنوان GFR بزرگتر از یا مساوی 7 میلی لیتر در دقیقه / 1.73 متر مربع، و یک زیر گروه GFR پایین، که به عنوان GFR کمتر یا برابر با 7 میلی لیتر در دقیقه / 1.73 متر مربع تعریف شده است، بررسی کرد. . در حالی که با داده های ما مطابقت دارد، نتیجه گیری بیش از حد از مطالعه آنها با توجه به تعداد کم در زیر گروه ها و استفاده از برش های GFR که طیف بالینی مراحل مختلف را منعکس نمی کند دشوار است.بیماری مزمن کلیوی، زیرا هر دو زیر گروه در مرحله 5 یا مرحله پایانی قرار می گیرندبیماری کلیوی.

داده‌های ما نشان داده‌اند که میانگین فراوانی نسبی فیلا و خانواده باکتریایی در مراحل 1-5 CKD دیابتی عمدتاً مشابه بود (شکل 4A, B). این با داده های حاصل از مطالعه یعقوب و همکاران، که میکروبیوم روده را در افراد مبتلا به پلی کیستیک ارزیابی کرد، مطابقت دارد.بیماری کلیویبا مراحل مختلف CKD. یعقوب و همکاران مطالعه ای را بر روی یک گروه بسیار منتخب از افراد تنها با پلی کیستیک انجام دادندبیماری کلیویو 3 گروه از CKD، بدون عوارض مخدوش کننده دیابت و فشار خون بالا، برای بررسی اثر درجات مختلف نارسایی کلیوی بر میکروبیوم روده انسان. با وجود تعداد کمی از شش بیمار در هر یک از 3 گروه CKD، آنها تفاوتی در واحدهای طبقه بندی عملیاتی (OTUs) در سطح فیلا در 3 گروه خود با اختلال عملکرد کلیوی متفاوت نشان ندادند.

یک میکروبیوم مجزای روده با کاهش خانواده Prevotellaceae با CKD مرتبط است. مطابق با این ادبیات، نتایج ما بیشتر نشان می دهد که میانگین فراوانی نسبی کم Prevotellaceae مفید در مراحل اولیه (1.66 ± 3.87 درصد) و اواخر (3.36 ± 0.98 درصد) CKD دیابتی (شکل 6B) . سویه های Prevotella به دلیل حضور گسترده در بدن انسان سالم به طور کلاسیک به عنوان باکتری مشترک در نظر گرفته می شوند. Prevotella یک جنس با تنوع ژنتیکی بالا در داخل و بین گونه‌ها است که می‌تواند فراوانی آن را در میکروبیوتای سالم انسان توضیح دهد. همانطور که قبلاً توضیح داده شد، این باکتری‌های مشترک اسیدهای چرب با زنجیره کوتاه (SCFAs)، به ویژه اسید بوتیریک تولید می‌کنند که برای حفظ سلامت روده حیاتی است. نقش SCFA ها شامل تولید مواد مغذی و انرژی اپیتلیال روده، حفظ عملکردهای سد روده و کاهش شدت التهاب است، اما محدود به آن نیست. مشابه مطالعه ما، وزیری و همکاران. کاهش فراوانی از خانواده Prevotelaceae در حیوانات اورمیک مشاهده شد.

در مطالعه ما، هیچ تفاوت قابل اثباتی در واحدهای طبقه بندی عملیاتی (OTUs)، در هیچ یک از سطوح طبقه بندی در تمام مراحل CKD دیابتی وجود نداشت که نشان می دهد دیس بیوز در مراحل اولیه CKD دیابتی ظاهر می شود و تا مراحل پایانی بیماری ادامه می یابد و بنابراین افزایش می یابد. این سوال که دیسبیوز روده چه نقشی در پیشرفت CKD دیابتی دارد. ما فرض می کنیم که دیسبیوز یکی از چندین عاملی است که ممکن است بر پیشرفت CKD دیابتی تأثیر بگذارد. بیماری های همراه مانند فشار خون بالا، دیابت و بیماری های عروقی، همراه با پروتئینوری و ژنتیک برخی از عواملی هستند که در پاتوژنز این بیماری نقش دارند.بیماری مزمن کلیوی. اخیراً، شواهد فزاینده‌ای وجود دارد که نشان می‌دهد تعامل ژن-محیط در تعیین فنوتیپ پیچیده، که به عنوان اپی ژنتیک شناخته می‌شود، نیز در پاتوژنز نقش دارد.بیماری مزمن کلیوی.ما فرض می کنیم که دیسبیوز روده، مشابه عوامل خطر ناهمگن فوق، ممکن است یک عامل حساسیت بالقوه در پیشرفت CKD ایجاد کند.

شناخته شده است که در دیس بیوز روده، باکتری های بیماری زا بیش از حد رشد می کنند و مقادیر بیشتری از لیپوپلی ساکاریدها، پپتیدوگلیکان ها و DNA باکتری را به سیستم گردش خون میزبان ترشح می کنند که برای نفوذپذیری روده مضر است. در نتیجه، این منجر به فعال شدن سیستم ایمنی روده-مخاط و آبشار التهابی با تولید عواملی مانند اینترلوکین (IL)-6، اینترفرون (IFN-) و فاکتور نکروز تومور (TNF) می شود. چنین فعال سازی مداوم ایمنی در حال حاضر به عنوان یک عامل خطر اصلی برای پیشرفت CKD و عوارض قلبی عروقی در نظر گرفته می شود. تاثیر دیس بیوز روده بر تولید عوامل التهابی درCKDتوسط Li F و همکاران مورد بررسی قرار گرفت. . و نتایج آنها نشان می دهد که دیس بیوز میکروبیوتا ممکن است التهاب سیستمیک مزمن را در آن ایجاد کندCKD.

دیابت بسیار شایع است و در سطح جهانی به نسبت های همه گیر در هنگام دیابت وجود داردبیماری مزمن کلیوییک عواقب رایج است با این حال، تنها نسبت نسبتاً کمی از این افراد باCKDپیشرفت بهمرحله نهایی بیماری کلیه (ESKD)در طول زندگی آنها ما فرض می کنیم که هر یک از عوامل خطر سنتی ممکن است در ایجاد CKD دخیل باشند، با این حال، ماهیت پیشرونده این بیماری، که در اقلیت همه افراد مبتلا به این بیماری رخ می دهد، ممکن است نتیجه تعامل پیچیده همه این عوامل حساسیت باشد. ، از جمله دیس بیوز روده (مواد تکمیلی شکل S1).

یکی از محدودیت های این مطالعه، حجم نمونه کوچک آن است، به ویژه وجود تنها 25 بیمار مبتلا به CKD دیابتی در مراحل پایانی (3b-5) که منجر به از دست دادن بالقوه توانایی تشخیص روندهای میکروبی می شود. یکی از دلایل این امر این است که افراد مورد مطالعه از یک کلینیک غدد سرپایی انتخاب شدند، جایی که تمایل کمتری برای مشاهده اختلال عملکرد کلیوی پیشرفته وجود دارد. ما تصدیق می‌کنیم که مشکل ذاتی اندازه نمونه کوچک در گروه CKD اواخر همراه با تعداد زیاد متغیرهای کمکی ما منجر به قدرت آماری محدودی برای تشخیص تفاوت‌های میکروبیوم و همچنین عدم دقت برآورد اثر و افزایش نرخ مثبت کاذب می‌شود. محدودیت‌های دیگر شامل ماهیت مقطعی این گروه مطالعه است، به این معنی که نمونه‌های بیمار تنها در یک نقطه جمع‌آوری شدند و به صورت طولی مورد مطالعه قرار نگرفتند. علاوه بر این، مجموعه داده‌های ما حاوی اطلاعاتی در مورد استفاده از آنتی‌بیوتیک نیست، که بر ترکیب میکروبیوم روده تأثیر دارد. محدودیت قابل توجه دیگر این است که عادات غذایی شرکت کنندگان ثبت نشده است که همیشه بر نتیجه نتایج تأثیر می گذارد. همچنین هیچ گروه سالمی وجود نداشت، با این حال، همانطور که قبلا توضیح داده شد، میکروبیوم بین گروه های سالم و بیمار به خوبی مشخص شده است و هدف این مطالعه نبود.

جهت‌های آتی در این حوزه تحقیقاتی باید شامل مطالعه طولی تعداد بیشتری از بیماران در هر یک از مراحل CKD دیابتی (1-5)، با تمرکز بر شکل غالب دیابت نوع 2 با اطلاعاتی شامل دریافت رژیم غذایی و داروها، به ویژه در مورد مصرف آنتی بیوتیک.

این مطالعه سؤالات غیرمنتظره و در عین حال جالبی را در مورد میکروبیوم در افراد مبتلا به دیابت مطرح می کند.اختلال عملکرد کلیه. ما از ادبیات فعلی می دانیم که تفاوت قابل توجهی در میکروبیوم روده بین افراد سالم و افراد مبتلا به CKD دیابتی وجود دارد. با این حال، با محدودیت های این مطالعه، ما تغییر قابل توجهی در میکروبیوم در هیچ یک از شش مرحله CKD دیابتی مشاهده نکردیم. ما پیشنهاد می‌کنیم که وقتی بیماران در CKD دیابتی اولیه به وضعیت دیسبیوز می‌رسند، این دیس‌بیوز نسبتاً یکسان باقی می‌ماند و می‌تواند یک عامل خطر حساسیت در نظر گرفته شود، که همراه با سایر عوامل خطر (سنتی و جدید)، بر پیشرفت به دیابت در مراحل پایانی تأثیر می‌گذارد. CKD.

5. نتیجه گیری ها

در نتیجه، داده‌های حاصل از گروه ما از افراد مبتلا به دیابت مرتبط با CKD، غلبه فیلا Firmicutes و Bacteroidetes را نشان می‌دهد. خانواده‌های Ruminococcaceae و Bacteroidaceae بالاترین فراوانی را نشان می‌دهند، در حالی که خانواده Prevotellaceae مفید از فراوانی کاهش یافته است. جالب‌ترین مشاهدات این است که فراوانی نسبی این میکروب‌های روده در مراحل (1 تا 5) CKD دیابتی تغییر نمی‌کند، که نشان می‌دهد این یک رویداد اولیه در ایجاد CKD مرتبط با دیابت است. جنس‌های مرتبط منفی Bifidobacterium، Bacteroides، Faecalibacterium و Akkermansia در مورد دیابت نوع 2 فراوانی نسبی مشابهی را بین گروه‌های CKD اولیه و اواخر نشان دادند، همانطور که Ruminococcus مرتبط با مثبت نشان داد. ما فرض می کنیم که میکروبیوم دیس بیوتیک به دست آمده در مراحل اولیه CKD دیابتی نسبتا ثابت باقی می ماند و تنها یکی از بسیاری از عوامل خطر است که بر روند پیشرونده تأثیر می گذارد.اختلال عملکرد کلیه. این یافته‌ها نیاز به بررسی بیشتر در گروه‌های بیماران بزرگ‌تر دارد که به‌طور طولی در طول زمان با نمونه‌گیری‌های متعدد و داده‌های بالینی شامل اطلاعات مربوط به دریافت رژیم غذایی و داروها دنبال می‌شوند. تنها در این صورت است که می توان به طور قوی آزمایش کرد که آیا ترکیب میکروبیوم دیس بیوتیک ثابت می ماند یا به طور قابل توجهی با پیشرفت بیماری مزمن دیابتی تغییر می کند.بیماری کلیوی؟

منابع مالی:این تحقیق هیچ بودجه فوق العاده ای دریافت نکرد.

بیانیه رضایت آگاهانه:رضایت آگاهانه از همه افراد درگیر در مطالعه اخذ شد.

قدردانی:نویسندگان مایلند از کیوکو هاسبه برای کمک به استخراج DNA و بررسی پروتکل تشکر کنند. نویسندگان از شرکت کنندگانی که سخاوتمندانه وقت خود را به مطالعه اختصاص دادند قدردانی می کنند.

تضاد علاقه:نویسندگان هیچ تضاد منافع را اعلام نمی کنند.

1. هوپر، LV; گوردون، JI Commensal روابط میزبان و باکتری در روده. Science 2001, 292, 1115-1118.

2. Bourlioux, P. کولتزکو، بی. گارنر، اف. Braesco، V. روده و میکرو فلور آن برای محافظت از میزبان شریک هستند: گزارش در مورد سمپوزیوم Danone "روده هوشمند"، که در پاریس، 14 ژوئن 2002 برگزار شد. جی. کلین. Nutr. 2003، 78، 675-683.

3. رودریگز، جی.ام. مورفی، ک. استانتون، سی. راس، RP; کوبر، OI; جوج، ن. اورشینا، ای. رودی، ک. نرباد، ع. جنمالم، ام سی؛ و همکاران ترکیب میکروبیوتای روده در طول زندگی، با تاکید بر زندگی اولیه. میکروب. Ecol. شفا دادن. دیس 2015, 26, 26050.

4. آرون ویسنیوسکی، ج. Clément، K. میکروبیوم روده، رژیم غذایی، و ارتباط با اختلالات قلبی و متابولیک و مزمن. نات. کشیش نفرول. 2015، 12، 169-181.

5. هاتنهاور، سی. گیورس، دی. نایت، آر. ابوباکر، اس. Badger, JH; چینوالا، AT; Creasy، HH; ارل، AM; فیتزجرالد، ام جی؛ فولتون، آر اس؛ و همکاران ساختار، عملکرد و تنوع میکروبیوم انسان سالم. طبیعت 2012، 486، 207-214.

6. لی، RE; Turnbaugh، PJ; کلاین، اس. گوردون، JI میکروب های روده انسان مرتبط با چاقی. طبیعت 2006، 444، 1022-1023.

7. کارلسون، FH; ترمارولی، وی. نوکائو، آی. برگستروم، جی. Behre, CJ; فاگربرگ، بی. متاژنوم نیلسن، جی. روده در زنان اروپایی با کنترل قند طبیعی، ناقص و دیابتی. طبیعت 2013، 498، 99-103.

8. فدراسیون بین المللی دیابت (IDF). اطلس دیابت، ویرایش هفتم. فدراسیون بین المللی دیابت: بروکسل، بلژیک، 2015.

9. سیستم داده های کلیوی ایالات متحده 2008. گزارش سالانه داده ها. اطلس بیماری مزمن کلیه و مرحله نهایی بیماری کلیوی در ایالات متحده؛ مؤسسه ملی بهداشت، مؤسسه ملی دیابت و بیماری های گوارشی و کلیوی: Bethesda، MD، ایالات متحده آمریکا، 2008.

10. Valmadrid، CT; کلاین، آر. ماس، SE; Klein، BE خطر مرگ و میر ناشی از بیماری های قلبی عروقی همراه با میکروآلبومینوری و پروتئینوری ناخالص در افراد مبتلا به دیابت شیرین با شروع مسن. قوس. کارآموز پزشکی 2000، 160، 1093-1100.

11. Carrero، JJ; Stenvinkel، P. التهاب مداوم به عنوان یک کاتالیزور برای سایر عوامل خطر در بیماری مزمن کلیه: یک پیشنهاد فرضیه. کلین مربا. Soc. نفرول. 2009، 4 (ضمیمه 1)، S49–S55.

12. لارسن، ن. ووژنسن، FK; ون دن برگ، FWJ; نیلسن، دی اس؛ آندریسن، ع. پدرسن، BK; ابوالعود، و. سورنسن، اس جی; هانسن، LH; Jakobsen، M. Microbiota روده در بزرگسالان انسان مبتلا به دیابت نوع 2 با بزرگسالان غیر دیابتی متفاوت است. PLoS ONE. 2010, 5, e9085.

13. کین، ج. لی، ی. کای، ز. لی، اس. ژو، جی. ژانگ، اف. لیانگ، اس. ژانگ، دبلیو. گوان، ی. شن، دی. و همکاران مطالعه ارتباط متاژنومی میکروبیوتای روده در دیابت نوع 2. طبیعت 2012، 490، 55-60.

14. هاچ، م. فریل، RW; وزیری، ND دفع اگزالات روده ای در نارسایی مزمن کلیه. مربا. Soc. نفرول. 1994، 5، 1339-1343.

15. وزیری، ن.د. فریل، RW; هچ، ام. اثر نارسایی مزمن تجربی کلیوی بر متابولیسم اورات. مربا. Soc. نفرول. 1995، 6، 1313-1317.

16. خو، ک.-ی. Xia، G.-H. لو، J.-Q. چن، M.-X. ژن، ایکس. وانگ، اس. شما، سی. نی، جی. ژو، اچ. یین، جی. اختلال در عملکرد کلیه و دیس بیوز میکروبیوتای روده به افزایش تری متیل آمین-N-اکسید در بیماران مبتلا به بیماری مزمن کلیوی کمک می کند. علمی Rep. 2017, 7, 1-12.

17. یعقوب، ر. نوجنت، م. کای، دبلیو. نادکارنی، GN; چاوز، LD; ابیض، س. هونان، AM; توماس، SA; ژنگ، دبلیو. Valiyaparambil، SA; و همکاران اثرات محدود کننده رژیم غذایی محصولات نهایی گلیکاسیون پیشرفته بر میکروبیوتای باکتریایی روده در بیماران دیالیز صفاقی. یک کارآزمایی با برچسب باز تصادفی کنترل شده. PLoS ONE 2017, 12, e0184789.

18. ساباتینو، آ. رگولیستی، جی. کوزولا، سی. گسوالدو، ال. فیاکادوری، E. میکروبیوتای روده در دیابت نوع 2 و بیماری مزمن کلیه. Curr. Diabetes Rep. 2017, 17, 16.

19. Felizardo، RJF; کاستولدی، ا. آندراد-اولیویرا، وی. Câmara, NOS میکروبیوتا و بیماری های مزمن کلیه: یک شمشیر دو لبه. کلین ترجمه ایمونول. 2016، 5، e{5}}. 20. وانگ، ج. Piceno، YM; DeSantis، TZ; پهل، م. اندرسن، جی ال. وزیری، ND گسترش اوره آز و اوریکاز، تشکیل ایندول و p-cresol و انقباض میکروبیوتای روده ای تولید کننده اسید چرب زنجیره کوتاه در ESRD. صبح. جی. نفرول. 2014، 39، 230-237.

21. Le Chatelier, E. نیلسن، تی. کوین، جی. پریفتی، ای. هیلدبراند، اف. فالونی، جی. آلمیدا، م. آروموگام، م. باتو، جی.-م. کندی، اس. و همکاران غنای میکروبیوم روده انسان با نشانگرهای متابولیک مرتبط است. طبیعت 2013، 500، 541-546.

22. de Andrade، LS; راموس، CI; Cuppari، L. گفتگوی متقابل بین کلیه و روده: پیامدهایی برای بیماری مزمن کلیه. Nutrire 2017, 42, 27.

23. وزیری، ن.د. وونگ، جی. پهل، ام وی; Piceno، YM; یوان، جی. DeSantis، TZ; نی، ز. نگوین، T.-H. اندرسن، GL بیماری مزمن کلیه فلور میکروبی روده را تغییر می دهد. کلیه های داخلی 2013، 83، 308-315.

24. مارتینز کاستلائو، آ. ناوارو-گونزالس، جی اف. گوریز، جی ال. de Alvaro, F. مفهوم و اپیدمیولوژی نفروپاتی دیابتی در سالهای اخیر تغییر کرده است. جی. کلین. پزشکی 2015، 4، 1207-1216.

25. بنیاد، NK ACR.

26. برو، ع. چرتو، جنرال موتورز; فن، دی. مک کالوچ، م. Hsu، C.-Y. بیماری مزمن کلیه و خطرات مرگ، حوادث قلبی عروقی و بستری شدن در بیمارستان. N. Engl. جی. مد. 2004، 351، 1296-1305.

27. ژانگ، ج. کوبرت، ک. فلوری، تی. Stamatakis، A. PEAR: A Illumina Paired-End ReAd mergeR سریع و دقیق. بیوانفورماتیک 2014، 30، 614-620.

28. Caporaso، JG; کوچینسکی، جی. استومباو، جی. بیتینگر، ک. بوشمن، FD; کاستلو، EK; فیرر، ن. پنیا، AG; گودریچ، جی کی. گوردون، جی. و همکاران QIIME امکان تجزیه و تحلیل داده های توالی یابی جامعه با توان بالا را فراهم می کند. نات. Methods 2010, 7, 335-336.

29. Edgar, RC جستجو و خوشه بندی سفارشات قدر سریعتر از BLAST. بیوانفورماتیک 2010، 26، 2460-2461.

30. ادگار، RC; هاس، بی جی; کلمنته، جی سی; کوینس، سی. Knight، R. UCHIME حساسیت و سرعت تشخیص وایمر را بهبود می بخشد. بیوانفورماتیک 2011، 27، 2194-2200.

31. Edgar, RC UPARSE: توالی های OTU بسیار دقیق از آمپلیکون میکروبی خوانده می شود. نات. Methods 2013, 10, 996-998.

32. DeSantis، TZ; هوگنهولتز، پی. لارسن، ن. روجاس، م. برودی، EL; کلر، ک. هوبر، تی. دلوی، د. هو، پی. Andersen، GL Greengenes، یک پایگاه داده ژن 16S rRNA بررسی شده و میز کار سازگار با ARB. Appl. محیط زیست میکروبیول. 2006، 72، 5069-5072.

33. مک مردی، پی جی; هولمز، S. phyloseq: یک بسته R برای تجزیه و تحلیل تعاملی تکرارپذیر و گرافیک داده‌های سرشماری میکروبیوم. PLoS ONE. 2013, 8, e61217.

34. شانون، CE یک نظریه ریاضی ارتباطات. بل سیست. فنی J. 1948, 27, 379-423.

35. Bauer, DF ساخت مجموعه های اطمینان با استفاده از آمار رتبه. مربا. آمار دانشیار 1972، 67، 687.

36. لوزوپون، سی. نایت، R. UniFrac: یک روش فیلوژنتیک جدید برای مقایسه جوامع میکروبی. Appl. محیط زیست میکروبیول. 2005، 71، 8228-8235.

37. لوزوپون، سی. Lladser، ME; شوالیه ها، دی. استومباو، جی. Knight, R. UniFrac: یک معیار فاصله موثر برای مقایسه جامعه میکروبی. ISME J. 2011, 5, 169-172.

38. اوکسانن، ج. کینت، آر. لژاندر، پ. اوهارا، بی. سیمپسون، جی ال. سولیموس، پی. استیونز، MHH; ادوارد شوکس، ای. واگنر، اچ. وگان: بسته اکولوژی جامعه. بسته R نسخه 1.{2}}. 2008.

39. گورونگ، م. لی، ز. شما، اچ. رودریگز، آر. پرش، DB; مورگان، ا. Shulzhenko، N. نقش میکروبیوتای روده در پاتوفیزیولوژی دیابت نوع 2. EBioMedicine 2020, 51, 102590.

40. سیرکانا، ع. فرامارین، ال. لئونه، ن. بروتی، م. کاستلینو، اف. پارنت، آر. دی میچیلی، اف. پاسکتا، ای. موسو، جی. میکروبیوتای روده تغییر یافته در دیابت نوع 2: فقط یک تصادف؟ Curr. Diabetes Rep. 2018, 18, 98.

41. وزیری، ن.د. یوان، جی. ناظرترانی، س. نی، ز. Liu, S. بیماری مزمن کلیه باعث اختلال در اتصال تنگ معده و اپیتلیال روده کوچک می شود. صبح. جی. نفرول. 2013، 38، 99-103.

42. رینینلا، ای. رائول، پ. سینتونی، ام. فرانچسکی، اف. Miggiano، GAD; گاسبارینی، ع. Mele, MC ترکیب میکروبیوتای سالم روده چیست؟ اکوسیستم در حال تغییر در سن، محیط، رژیم غذایی و بیماری ها. میکروارگانیسم ها 2019، 7، 14.

43. بامنس، بی. وربکه، ک. Vanrenterghem، Y.; Evepoel، P. شواهدی برای اختلال در جذب پروتئین در نارسایی مزمن کلیه. کلیه های داخلی 2003، 64، 2196-2203.

44. مورائس، سی. فوکو، دی. آمارال، AC؛ Mafra، D. Trimethylamine N-Oxide از میکروبیوتای روده در بیماران مبتلا به بیماری مزمن کلیه: تمرکز بر رژیم غذایی. جی. رن. Nutr. 2015، 25، 459-465.

45. مونتمورنو، ای. کوزولا، سی. دالفیفینو، جی. دایدون، جی. دی آنجلیس، م. گوبتی، ام. Gesualdo، L. چه چیزی دوست دارید بخورید، آقای CKD Microbiota؟ یک رژیم مدیترانه ای، لطفا! پرس خون کلیه. Res. 2014، 39، 114-123.

46. ​​Gradisteanu، G. استویکا، آر. پتکو، ال. پیکو، ا. سوسوئانو، آ. سلمن، تی. استفان، دی. سرافیفینچانو، سی. Chififiriuc، MC; امضاهای Stoian، AP Microbiota در بیماران دیابتی نوع-2 مبتلا به بیماری مزمن کلیه - یک مطالعه آزمایشی. J. Mind Med Sci. 2019، 6، 130–136.

47. لی، ف. وانگ، ام. وانگ، جی. لی، آر. Zhang، Y. تغییرات در میکروبیوتای روده و ارتباط آنها با عوامل التهابی در بیماری مزمن کلیه. جلو. سلول. آلوده کردن میکروبیول. 2019، 9، 206.

48. یعقوب، ر. نادکارنی، GN; McSkimming، DI; چاوز، LD; ابیض، س. Bryniarski، MA هونان، AM; توماس، SA; گودا، م. او، جی سی. و همکاران تجزیه و تحلیل میکروبیوتای مدفوع بیماران کلیوی پلی کیستیک با توجه به عملکرد کلیه: یک مطالعه مقدماتی. انقضا Biol. پزشکی 2019، 244، 505–513.

49. Precup، G. Vodnar، D.-C. Prevotella روده به عنوان یک نشانگر زیستی احتمالی رژیم غذایی و نقش یوبیوتیک آن در مقابل دیس بیوتیک: مروری بر ادبیات جامع. برادر J. Nutr. 2019، 122، 131-140.

50. den Besten، G. ون یونن، ک. گرون، AK; ونما، ک. ریجنگود، دی جی; باکر، BM نقش اسیدهای چرب با زنجیره کوتاه در تعامل بین رژیم غذایی، میکروبیوتای روده و متابولیسم انرژی میزبان. J. Lipid Res. 2013، 54، 2325-2340.

51. پنگ، ال. Li، ZR; سبز، RS; Holzman، IR; Lin, J. Butyrate با تسهیل مونتاژ اتصال محکم از طریق فعال‌سازی پروتئین کیناز فعال‌شده با AMP در تک‌لایه‌های سلولی Caco{2}} سد روده را تقویت می‌کند. J. Nutr. 2009، 139، 1619-1625.

52. Keku، TO; دولال، س. دوو، آ. جووف، بی. هان، ایکس. میکروبیوتای دستگاه گوارش و سرطان کولورکتال. صبح. جی. فیزیول. فیزیول کبد 2015، 308، G351–G363.

53. استیپلز، ا. Wong, C. عوامل خطر برای پیشرفت بیماری مزمن کلیه. Curr. نظر. اطفال 2010، 22، 161-169.

54. وینگ، MR; رمضانی، ع. گیل، HS; دوانی، جی.ام. راج، دی اس اپی ژنتیک پیشرفت بیماری مزمن کلیه: واقعیت یا خیال؟ سمین. نفرول. 2013، 33، 363-374.

55. ساباتینو، ا. رگولیستی، جی. بروساسکو، آی. کاباسی، ا. مورابیتو، اس. فیاکادوری، E. تغییرات سد روده و میکروبیوتا در بیماری مزمن کلیه. نفرول. شماره گیری کنید. پیوند. 2014، 30، 924-933.

56. دست، TW; Vujkovic-Cvijin، I.; Ridaura، VK؛ Belkaid، Y. پیوند میکروبیوتا، بیماری مزمن، و سیستم ایمنی. گرایش های اندوکرینول. متاب. 2016، 27، 831-843.

57. روسی، م. کمپبل، KL; جانسون، DW; استانتون، تی. Vesey، DA; کومبز، JS؛ وستون، KS; هاولی، سی ام. McWhinney، BC; Ungerer، JP; و همکاران سموم اورمیک متصل به پروتئین، التهاب و استرس اکسیداتیو: یک مطالعه مقطعی در مرحله 3-4 بیماری مزمن کلیه. قوس. Med Res. 2014، 45، 309-317.

58. دریسپودی، م.ن. Knauf, F. به روز رسانی در مورد نقش التهابی در پاتوژنز بیماری های کلیوی. اطفال نفرول. 2015، 31، 535-544.

59. تورین، تی سی; تونلی، م. Manns، BJ; احمد، SB; روانی، پ. جیمز، ام. Hemmelgarn، BR خطر مادام العمر ESRD. مربا. Soc. نفرول. 2012، 23، 1569-1578.

برای اطلاعات بیشتر:david.deng@wecistanche.com